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- PDB-6zpa: Cyanophage S-2L HD phosphohydrolase (DatZ) bound to dA and one ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zpa
タイトルCyanophage S-2L HD phosphohydrolase (DatZ) bound to dA and one catalytic Zn2+ ion
要素DatZ
キーワードVIRAL PROTEIN / S-2L / HD phosphohydrolase / DatZ
機能・相同性Chem-3D1 / :
機能・相同性情報
生物種Cyanophage S-2L (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.860002552904 Å
データ登録者Czernecki, D. / Legrand, P. / Delarue, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: How cyanophage S-2L rejects adenine and incorporates 2-aminoadenine to saturate hydrogen bonding in its DNA.
著者: Czernecki, D. / Legrand, P. / Tekpinar, M. / Rosario, S. / Kaminski, P.A. / Delarue, M.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DatZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9364
ポリマ－20,6131
非ポリマー3243
水3,927218
1
A: DatZ
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,61724
ポリマ－123,6766
非ポリマー1,94218
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area21630 Å2
ΔGint-332 kcal/mol
Surface area39720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.489, 141.489, 53.601
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-347-

HOH

21A-418-

HOH

31A-461-

HOH

41A-466-

HOH

51A-467-

HOH

61A-482-

HOH

71A-512-

HOH

81A-513-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DatZ


分子量: 20612.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanophage S-2L (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-3D1 / (2R,3S,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-tetrahydro-2-(hydroxymethyl)furan-3-ol / 2'-DEOXYADENOSINE / 2′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.5 M LiSO4; 100 mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.729309 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.729309 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.86→49.11 Å / Num. obs: 172371 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 61.2 % / Biso Wilson estimate: 7.42892855759 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 0.86→0.87 Å / 冗長度: 51.8 % / Rmerge(I) obs: 4.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 8517 / CC1/2: 0.689 / Rpim(I) all: 0.667 / Rrim(I) all: 4.796 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 1 / Frame hits: 3 / Frames total: 9800

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.860002552904→40.8443561187 Å / SU ML: 0.0783588348951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33649116274 / 位相誤差: 13.1095824723
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.134769670725 8593 4.98595831593 %
Rwork0.129225627388 163751 -
obs0.129509197469 172344 99.9860763019 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.2059493131 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.860002552904→40.8443561187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1395 0 20 218 1633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005917327096581517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9452304052142079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0646888183896237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00950995085662279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.429674008585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.860002552904-0.86980.2950975533272900.2624582170135427X-RAY DIFFRACTION99.9300821535
0.8698-0.880.2469111757992730.2532516734595468X-RAY DIFFRACTION100
0.88-0.89070.2294996201392810.2348218219015428X-RAY DIFFRACTION99.9649798634
0.8907-0.9020.2189595613582830.2237021873675404X-RAY DIFFRACTION99.9648444366
0.902-0.91390.2095945244242720.2178421081025453X-RAY DIFFRACTION99.9825358016
0.9139-0.92640.1894408618542740.1986135385535450X-RAY DIFFRACTION99.9301675978
0.9264-0.93960.1910506410862750.1817622620815492X-RAY DIFFRACTION99.9653319466
0.9396-0.95370.2051621718542660.1779528552795411X-RAY DIFFRACTION99.9823881648
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1.5627-1.68340.127531910972750.1074240546545512X-RAY DIFFRACTION100
1.6834-1.85280.1121995202923030.1112366251575472X-RAY DIFFRACTION100
1.8528-2.12090.1078835132992750.106161860675512X-RAY DIFFRACTION100
2.1209-2.6720.1192650972443350.1111490480855467X-RAY DIFFRACTION100
2.672-40.84435611870.1584109258583200.1428418926515605X-RAY DIFFRACTION99.9662561161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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