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万見
- PDB-6zom: Oxidized thioredoxin 1 from the anaerobic bacteria Desulfovibrio ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zom
タイトルOxidized thioredoxin 1 from the anaerobic bacteria Desulfovibrio vulgaris Hildenborough
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin / desulfovibrio / enzyme / cystein / vulgaris / redox homeostasis / regulation / thiol / oxidized
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Garcin, E. / Bornet, O. / Nouailler, M. / Pieulle, L. / Guerlesquin, F. / Sebban-Kreuzer, C.
引用
ジャーナル: Extremophiles / 年: 2021
タイトル: Glutamate optimizes enzymatic activity under high hydrostatic pressure in Desulfovibrio species: effects on the ubiquitous thioredoxin system.
著者: Gaussier, H. / Nouailler, M. / Champaud, E. / Garcin, E.B. / Sebban-Kreuzer, C. / Bornet, O. / Garel, M. / Tamburini, C. / Pieulle, L. / Dolla, A. / Pradel, N.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2011
タイトル: 1H, 13C and 15N chemical shift assignments of the thioredoxin from the obligate anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough.
著者: Garcin, E.B. / Bornet, O. / Pieulle, L. / Guerlesquin, F. / Sebban-Kreuzer, C.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2751
ポリマ－12,2751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5680 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 12275.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oxidized
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
遺伝子: trx, DVU_1839 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72B01
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D 1H-1H NOESY
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D HNCA
1131isotropic13D HNHA
1121isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D HN(CO)CA
1141isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Thioredoxin 1, 90% H2O/10% D2O
詳細: oxidized thioredoxin, [U-99% 13C; U-99% 15N], 1 mM; H2O 90%; D2O 10%; NaCl 100 mM; Potassium phosphate 50 mM
Label: oxidized thioredoxin / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.0 mM / 構成要素: Thioredoxin 1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態詳細: oxidized thioredoxin, [U-99% 13C; U-99% 15N], 1 mM; H2O 90%; D2O 10%; NaCl 100 mM; Potassium phosphate 50 mM
イオン強度: 100 mM / Ionic strength err: 1 / Label: oxidized thioredoxin / pH: 5.5 / PH err: 0.01 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 290 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE DRX / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE DRX / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxchemical shift calculation
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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