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- PDB-6zn8: Crystal structure of the H. influenzae VapXD toxin-antitoxin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zn8
タイトルCrystal structure of the H. influenzae VapXD toxin-antitoxin complex
要素
  • Endoribonuclease VapD
  • VapX
キーワードTOXIN / Toxin-antitoxin / VapXD / RNase / Nucleic-Acid Binding Protein / Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5397 / Family of unknown function (DUF5397) / Endoribonuclease VapD / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2
類似検索 - ドメイン・相同性
VapX / Endoribonuclease VapD
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.211 Å
データ登録者Bertelsen, M.B. / Senissar, M. / Nielsen, M.H. / Bisiak, F. / Cunha, M.V. / Molinaro, A.L. / Daines, D.A. / Brodersen, D.E.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Danish National Research FoundationDNRF 120 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0030646 デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for Toxin Inhibition in the VapXD Toxin-Antitoxin System.
著者: Bertelsen, M.B. / Senissar, M. / Nielsen, M.H. / Bisiak, F. / Cunha, M.V. / Molinaro, A.L. / Daines, D.A. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease VapD
B: Endoribonuclease VapD
D: Endoribonuclease VapD
E: Endoribonuclease VapD
C: VapX
F: VapX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8426
ポリマ－65,8426
非ポリマー00
水00
1
A: Endoribonuclease VapD
B: Endoribonuclease VapD
C: VapX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9213
ポリマ－32,9213
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
2
D: Endoribonuclease VapD
E: Endoribonuclease VapD
F: VapX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9213
ポリマ－32,9213
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)256.750, 256.750, 256.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質
Endoribonuclease VapD


分子量: 11915.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain 86-028NP) (インフルエンザ菌)
遺伝子: vapD, NTHI0577 / 細胞株 (発現宿主): B834 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4QN95, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 VapX


分子量: 9089.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain 86-028NP) (インフルエンザ菌)
遺伝子: vapX, NTHI0578 / 細胞株 (発現宿主): B834 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QN94
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.03 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 10% (v/v) 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→46.88 Å / Num. obs: 23799 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 100.67 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.21-3.327.61.40723050.5240.5421.513100
12.44-46.885.60.0764680.9950.0330.08496.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
SHELXDE位相決定
PHENIX1.18精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.211→46.876 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2989 2351 9.89 %
Rwork0.2583 --
obs0.2623 23774 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.25 Å2 / Biso mean: 85.5947 Å2 / Biso min: 46.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.211→46.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3939 0 0 0 3939
残基数----489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014021
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1055440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.092372
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.211-3.27640.40951270.37211262100
3.2764-3.34760.39161290.32071223100
3.3476-3.42550.34741460.30291256100
3.4255-3.51110.32511340.26571218100
3.5111-3.6060.28771370.26721247100
3.606-3.71210.29451380.25731249100
3.7121-3.83180.28251390.2491124999
3.8318-3.96870.28381340.2597121999
3.9687-4.12750.32061390.24281263100
4.1275-4.31530.24891360.21341236100
4.3153-4.54260.29541380.21661255100
4.5426-4.82690.26181390.22261267100
4.8269-5.19920.28781390.2271125399
5.1992-5.72160.29081410.24511276100
5.7216-6.54760.29661420.26111287100
6.5476-8.2420.31491410.29121294100
8.242-46.8760.311520.2909136999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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