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- PDB-6zmy: Crystal structure of hemoglobin from turkey (Meleagiris gallopova... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zmy
タイトルCrystal structure of hemoglobin from turkey (Meleagiris gallopova) crystallized in monoclinic form at 1.66 Angstrom resolution
要素
  • Hemoglobin beta chain
  • Hemoglobin subunit alpha-A
キーワードOXYGEN STORAGE/OXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / turkey / heme / meleagiris gallopova / monoclinic form / OXYGEN TRANSPORT / OXYGEN STORAGE / OXYGEN STORAGE-OXYGEN TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle ...hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin domain-containing protein / Hemoglobin subunit alpha-A / Hemoglobin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.655 Å
データ登録者Pandian, R. / Shobana, N. / Sundaresan, S.S. / Thangaraj, V. / Sayed, Y. / Ponnuswamy, M.N.
資金援助 英国, ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Science and Technology Funding CouncilST/R002754/1 英国
Foundation for Science and Technology (FCT)UIDB/04378/2020 ポルトガル
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural studies of hemoglobin from two flightless birds, ostrich and turkey: insights into their differing oxygen-binding properties.
著者: Ramesh, P. / Sundaresan, S.S. / Shobana, N. / Vinuchakkaravarthy, T. / Sivakumar, K. / Yasien, S. / Ponnuswamy, M.N.G.
履歴
登録2020年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct_conn / struct_keywords
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-A
B: Hemoglobin beta chain
C: Hemoglobin subunit alpha-A
D: Hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7958
ポリマ－63,3294
非ポリマー2,4664
水10,431579
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10830 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.580, 80.520, 64.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha-A / Alpha-A-globin / Hemoglobin alpha-A chain


分子量: 15334.737 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
参照: UniProt: P81023
#2: タンパク質 Hemoglobin beta chain


分子量: 16329.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
参照: UniProt: P84479, UniProt: G1U9Q8*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 % / 解説: Block
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 50% of PEG3350 in 50mM phosphate buffer at pH7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.655→64.031 Å / Num. obs: 70052 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 29.552 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.655→1.684 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3465 / CC1/2: 0.484 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FAW

1faw


解像度: 1.655→64.031 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 3536 5.05 %
Rwork0.2 66514 -
obs0.2025 70050 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.05 Å2 / Biso mean: 26.0865 Å2 / Biso min: 6.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.655→64.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4405 0 172 579 5156
Biso mean--22.74 36.14 -
残基数----566
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.655-1.67770.38251690.3819265299
1.6777-1.70160.40171580.36372604100
1.7016-1.7270.38531490.36152649100
1.727-1.7540.36461530.34622669100
1.754-1.78280.36091200.32492698100
1.7828-1.81350.34671210.30122690100
1.8135-1.84650.31981560.29772665100
1.8465-1.8820.33961350.289268299
1.882-1.92040.30831390.2622267299
1.9204-1.96220.30441510.25042647100
1.9622-2.00790.26761420.23792692100
2.0079-2.05810.29131300.22162677100
2.0581-2.11370.24391480.21792678100
2.1137-2.17590.27081500.20282681100
2.1759-2.24620.23521470.1852664100
2.2462-2.32640.24851430.19272662100
2.3264-2.41960.24811410.181269499
2.4196-2.52970.25311360.1864266499
2.5297-2.66310.27131440.1817269299
2.6631-2.82990.28321400.193264899
2.8299-3.04840.24921330.1913267098
3.0484-3.35520.23471320.1763265098
3.3552-3.84070.21221380.1513258295
3.8407-4.83860.15461260.1394256594
4.8386-64.0310.20971350.1721266796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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