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万見
- PDB-6zma: Structure of the tRNA-Monooxygenase enzyme MiaE frozen under 140 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zma
タイトルStructure of the tRNA-Monooxygenase enzyme MiaE frozen under 140 bar of krypton using the soak and freeze methodology
要素tRNA hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / tRNA-monooxygenase metallo-enzyme tRNA-modifying enzyme hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA 2-(methylsulfanyl)-N(6)-isopentenyladenosine(37) hydroxylase activity / tRNA modification / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA-hydroxylase MiaE / tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase (MiaE) / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / KRYPTON / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / tRNA-(Ms[2]io[6]A)-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Carpentier, P. / Atta, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE21-0020 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural, biochemical and functional analyses of tRNA-monooxygenase enzyme MiaE from Pseudomonas putida provide insights into tRNA/MiaE interaction.
著者: Carpentier, P. / Lepretre, C. / Basset, C. / Douki, T. / Torelli, S. / Duarte, V. / Hamdane, D. / Fontecave, M. / Atta, M.
履歴
登録2020年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: tRNA hydroxylase
C: tRNA hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,44728
ポリマ－46,2372
非ポリマー2,20926
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7840 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area16470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.622, 52.300, 79.407
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-305-

CA

21B-421-

HOH

31B-444-

HOH

41B-479-

HOH

51B-480-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BC

#1: タンパク質 tRNA hydroxylase / tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase (MiaE) / tRNA-(Ms[2]io[6]A)-hydroxylase


分子量: 23118.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: AYO08_21560, CBL13_00280, CBP06_18695 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A179QS89

-
非ポリマー , 9種, 238分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-KR / KRYPTON


分子量: 83.798 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Kr / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 % / 解説: elongated
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: MiaE:20 mg/ml in 100 mM HEPES, pH 7.5, 30 mM NaCl reservoir solution: 0.5 M CaCl2, 42% PEG 6k, 2 M Tris-Cl pH 8 frozen under 140 bar of krypton Krypton atoms were located in anomalous map

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→80 Å / Num. obs: 25240 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 48.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3108 / CC1/2: 0.69 / Rrim(I) all: 0.095 / % possible all: 72.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ITB

2itb


解像度: 2.15→79.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.535 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY KR atoms (low occupancies) have been located in anomalous map
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2439 1290 5.1 %RANDOM
Rwork0.1796 ---
obs0.1828 23939 94.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.02 Å2 / Biso mean: 48.887 Å2 / Biso min: 27.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.27 Å20 Å2-1.51 Å2
2--0.92 Å2-0 Å2
3---1.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→79.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3131 0 101 212 3444
Biso mean--67.58 58.89 -
残基数----398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193288
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4351.994425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97737403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4895406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15222.897145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.03815547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0031531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02736
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.202 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 67 -
Rwork0.32 1185 -
obs--64.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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