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- PDB-6zm3: The structure of an E2 ubiquitin-conjugating complex (UBC2-UEV1) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zm3
タイトルThe structure of an E2 ubiquitin-conjugating complex (UBC2-UEV1) essential for Leishmania amastigote differentiation
要素
  • Putative ubiquitin-conjugating enzyme e2
  • Ubiquitin-conjugating enzyme-like protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Leishmaniasis / Differentiation / Ubiquitin / Conjugation / UBC2-UEV1 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-protein ligase / ligase activity / transferase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative ubiquitin-conjugating enzyme e2 / Ubiquitin-conjugating enzyme-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Burge, R.J. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J. / Mottram, J.C.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N018230/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/K019384/1 英国
Wellcome Trust200807/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust101528/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Leishmania differentiation requires ubiquitin conjugation mediated by a UBC2-UEV1 E2 complex.
著者: Burge, R.J. / Damianou, A. / Wilkinson, A.J. / Rodenko, B. / Mottram, J.C.
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Putative ubiquitin-conjugating enzyme e2
BBB: Ubiquitin-conjugating enzyme-like protein
CCC: Putative ubiquitin-conjugating enzyme e2
DDD: Ubiquitin-conjugating enzyme-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1554
ポリマ－67,1554
非ポリマー00
水4,810267
1
AAA: Putative ubiquitin-conjugating enzyme e2

BBB: Ubiquitin-conjugating enzyme-like protein


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALLS showed clearly that each protein was monomeric with a heterodimer formed after their mixing., gel filtration, SEC-MALLS showed clearly that each protein was ...根拠: light scattering, SEC-MALLS showed clearly that each protein was monomeric with a heterodimer formed after their mixing., gel filtration, SEC-MALLS showed clearly that each protein was monomeric with a heterodimer formed after their mixing.
  • 33.6 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5782
ポリマ－33,5782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15580 Å2
手法PISA
2
CCC: Putative ubiquitin-conjugating enzyme e2

DDD: Ubiquitin-conjugating enzyme-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5782
ポリマ－33,5782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area1130 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.523, 72.568, 120.094
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.839, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative ubiquitin-conjugating enzyme e2


分子量: 17298.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (strain MHOM/GT/2001/U1103) (メキシコリーシュマニア)
株: MHOM/GT/2001/U1103 / 遺伝子: LMXM_04_0680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: E9AK51, ubiquitin-protein ligase
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme-like protein


分子量: 16279.417 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (strain MHOM/GT/2001/U1103) (メキシコリーシュマニア)
株: MHOM/GT/2001/U1103 / 遺伝子: LMXM_13_1580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: E9API2, ubiquitin-protein ligase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: UBC2 and UEV1 were mixed in a 1:1 molar ratio to a final concentration of 6.6 mg mL-1 and incubated on ice for 30 min. Crystals were grown using a sitting drop method with a 1:1 ratio of ...詳細: UBC2 and UEV1 were mixed in a 1:1 molar ratio to a final concentration of 6.6 mg mL-1 and incubated on ice for 30 min. Crystals were grown using a sitting drop method with a 1:1 ratio of protein to reservoir solution (0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5, 0.2 M sodium formate and 20% PEG) in the drop. Crystals took 2 days to appear.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.25 Å / Num. obs: 67149 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.2 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.04-46.250.0474460.9970.0380.061
1.7-1.731.44932670.3680.7471.635

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP11.7.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID: 1J7D

1j7d


解像度: 1.7→46.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.71 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.131
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 3018 4.912 %
Rwork0.2228 58422 -
all0.225 --
obs-61440 99.964 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.043 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.251 Å20 Å2-1.504 Å2
2--0.342 Å20 Å2
3----1.494 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4622 0 0 267 4889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.6586499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8875572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49621.969259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.90915844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9231536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.23225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.210.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2830.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6442.8742282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6584.2962850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4583.222496
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9814.6793647
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.37339.1627157
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.7440.3542140.3444286X-RAY DIFFRACTION99.9556
1.744-1.7920.3152030.3154219X-RAY DIFFRACTION99.9774
1.792-1.8440.3232020.2974087X-RAY DIFFRACTION100
1.844-1.9010.3352320.2773957X-RAY DIFFRACTION99.9523
1.901-1.9630.3192030.2883808X-RAY DIFFRACTION100
1.963-2.0320.291850.2533771X-RAY DIFFRACTION99.9747
2.032-2.1080.2741760.2333517X-RAY DIFFRACTION99.9729
2.108-2.1940.3191700.233494X-RAY DIFFRACTION99.7821
2.194-2.2920.3381770.2843287X-RAY DIFFRACTION100
2.292-2.4040.2561830.2383146X-RAY DIFFRACTION100
2.404-2.5340.3041740.2283018X-RAY DIFFRACTION100
2.534-2.6870.3171440.2372872X-RAY DIFFRACTION100
2.687-2.8730.303940.2332709X-RAY DIFFRACTION99.9643
2.873-3.1030.2421330.222495X-RAY DIFFRACTION100
3.103-3.3990.2451000.2232338X-RAY DIFFRACTION100
3.399-3.7990.2321240.1922078X-RAY DIFFRACTION99.9546
3.799-4.3860.208920.1681852X-RAY DIFFRACTION100
4.386-5.3690.2191000.1661568X-RAY DIFFRACTION100
5.369-7.5820.226750.1991199X-RAY DIFFRACTION99.8433
7.582-46.2910.164350.166701X-RAY DIFFRACTION99.729

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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