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- PDB-2orx: Structural Basis for Ligand Binding and Heparin Mediated Activati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2orx
タイトルStructural Basis for Ligand Binding and Heparin Mediated Activation of Neuropilin
要素Neuropilin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / Neuropilin / VEGF / Tuftsin
機能・相同性
機能・相同性情報


Neuropilin interactions with VEGF and VEGFR / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CRMPs in Sema3A signaling / trigeminal nerve morphogenesis / regulation of axon extension involved in axon guidance / basal dendrite development / otic placode development / basal dendrite arborization / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis ...Neuropilin interactions with VEGF and VEGFR / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CRMPs in Sema3A signaling / trigeminal nerve morphogenesis / regulation of axon extension involved in axon guidance / basal dendrite development / otic placode development / basal dendrite arborization / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / protein localization to early endosome / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / branchiomotor neuron axon guidance / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / axon extension involved in axon guidance / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / blood vessel endothelial cell migration / renal artery morphogenesis / Signal transduction by L1 / neurofilament / sympathetic neuron projection extension / vascular endothelial growth factor binding / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / motor neuron migration / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / postsynapse organization / retina vasculature development in camera-type eye / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / axonogenesis involved in innervation / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular endothelial growth factor receptor activity / endothelial cell chemotaxis / negative regulation of axon extension / neuropilin signaling pathway / sympathetic nervous system development / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / substrate-dependent cell migration, cell extension / coronary artery morphogenesis / semaphorin receptor activity / commissural neuron axon guidance / cell migration involved in sprouting angiogenesis / outflow tract septum morphogenesis / axonal fasciculation / motor neuron axon guidance / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / sprouting angiogenesis / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of Cdc42 protein signal transduction / retinal ganglion cell axon guidance / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / neural crest cell migration / branching involved in blood vessel morphogenesis / growth factor binding / positive chemotaxis / sorting endosome / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / dendrite development / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of focal adhesion assembly / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vasculogenesis / endothelial cell migration / neuron development / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / axon guidance / GTPase activator activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / integrin-mediated signaling pathway / wound healing / response to wounding / mitochondrial membrane / neuron migration / positive regulation of angiogenesis / nervous system development / heparin binding / heart development / growth cone / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain profile. ...Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / Spermadhesin, CUB domain superfamily / CUB domain profile. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Vander Kooi, C.W. / Jusino, M.A. / Perman, B. / Neau, D.B. / Bellamy, H.D. / Leahy, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for ligand and heparin binding to neuropilin B domains
著者: Vander Kooi, C.W. / Jusino, M.A. / Perman, B. / Neau, D.B. / Bellamy, H.D. / Leahy, D.J.
履歴
登録2007年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7261
ポリマ－35,7261
非ポリマー00
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.094, 92.221, 120.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 35725.516 Da / 分子数: 1 / 断片: F5/8 type C1 and C2 domains, residues 273-586 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nrp1 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami-2 / 参照: UniProt: Q9QWJ9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 100mM HEPES pH 7.6, 10% PEG 20K, 7% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月9日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16862

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KEX

1kex


解像度: 2.4→29.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 15.425 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25178 823 5 %RANDOM
Rwork0.20138 ---
obs0.20402 15556 94.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2510 0 0 198 2708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.9463478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3565313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82423.583120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.66115452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3221520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5631.51601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9222519
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30231131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9564.5959
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 43 -
Rwork0.314 838 -
obs--72.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9899-0.51650.38916.8449-3.47656.15860.13810.20640.32030.2498-0.3497-0.4633-0.23290.70710.2116-0.1949-0.10160.0044-0.39280.0999-0.27819.55-4.499-19.522
21.242-0.662-0.00199.298-0.47412.08020.16690.06480.40930.1625-0.3248-0.3871-0.61040.24660.1579-0.0702-0.0830.0232-0.44460.0323-0.27445.932-4.245-16.745
33.0495-0.798-0.02327.51-1.46063.40630.18690.18940.14640.4901-0.12490.3794-0.1979-0.0364-0.0621-0.1798-0.06280.0476-0.4681-0.017-0.34790.415-11.545-15.369
41.9776-0.36680.89542.4139-0.10233.34350.03750.3057-0.2097-0.06170.04060.204-0.04450.2681-0.0781-0.23670.02340.062-0.4102-0.0912-0.266410.859-41.148-17.641
53.2383-1.40771.85293.90180.0172.3861-0.0612-0.1589-0.32020.34340.05260.3917-0.0099-0.07850.0086-0.172-0.01720.1534-0.4002-0.0619-0.20026.676-40.043-9.092
60.62390.223-0.44442.38641.57721.62630.1639-0.1926-0.28460.32240.06740.10240.0217-0.0427-0.2313-0.1263-0.00830.0846-0.3552-0.0289-0.193110.287-40.78-9.698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA273 - 3241 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2AA325 - 35553 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3AA356 - 42584 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4AA426 - 486154 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5AA487 - 553215 - 281
6X-RAY DIFFRACTION6AA554 - 586282 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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