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万見
- PDB-6zlr: Soaking competent crystal form of the SARS-CoV-2 Receptor Binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zlr
タイトルSoaking competent crystal form of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain (RBD):CR3022 complex.
要素
  • CR3022 FAB HEAVY CHAIN
  • CR3022 FAB LIGHT CHAIN
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-COV-2 / VIRAL PROTEIN COMPLEX / ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者de Nicola, G.F. / Nichols, C.E.
引用ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2020
タイトル: A New Crystal Form of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain: CR3022 Complex-An Ideal Target for In-Crystal Fragment Screening of the ACE2 Binding Site Surface.
著者: Nichols, C. / Ng, J. / Keshu, A. / Fraternali, F. / De Nicola, G.F.
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
EEE: Spike glycoprotein
HHH: CR3022 FAB HEAVY CHAIN
LLL: CR3022 FAB LIGHT CHAIN
AAA: Spike glycoprotein
BBB: CR3022 FAB HEAVY CHAIN
CCC: CR3022 FAB LIGHT CHAIN
DDD: Spike glycoprotein
FFF: CR3022 FAB HEAVY CHAIN
GGG: CR3022 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,44712
ポリマ－221,7839
非ポリマー6643
水00
1
EEE: Spike glycoprotein
HHH: CR3022 FAB HEAVY CHAIN
LLL: CR3022 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1494
ポリマ－73,9283
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
2
AAA: Spike glycoprotein
BBB: CR3022 FAB HEAVY CHAIN
CCC: CR3022 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1494
ポリマ－73,9283
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area28460 Å2
手法PISA
3
DDD: Spike glycoprotein
FFF: CR3022 FAB HEAVY CHAIN
GGG: CR3022 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1494
ポリマ－73,9283
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area28640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.130, 207.130, 199.866
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains E A
22Chains E D
33Chains H B
44Chains H F
55Chains L C
66Chains L G
77Chains A D
88Chains B F
99Chains C G

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 26095.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 CR3022 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23455.420 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 CR3022 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 24376.963 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.02 % / 解説: Thin Rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1 M SODIUM MALONATE, 0.1 M TRIS PH 7.7, 22% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 1,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→68.028 Å / Num. obs: 72060 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.933 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 3.09→3.16 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4356 / CC1/2: 0.415 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6W41

6w41


解像度: 3.1→68.028 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 19.006 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.908 / ESU R Free: 0.375 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 3669 5.123 %
Rwork0.2176 67946 -
all0.219 --
obs-71615 90.525 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 55.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.063 Å2-0 Å20 Å2
2--0.063 Å20 Å2
3----0.125 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→68.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14694 0 42 0 14736
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01315134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.6520619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2271.57331205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.62251902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.09923.393672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.873152364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.111551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023130
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.22181
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.212015
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.27262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.26876
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.210.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1870.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9925.8717635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9925.877634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.0478.7929528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.0478.7939529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1536.2247499
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1496.2237497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.2439.15711091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2439.15711091
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.544110.05759019
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other13.544110.05659019
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0250.056128
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0230.056134
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0230.056545
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0290.056557
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0310.056804
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0270.056770
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_70.0240.056153
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_80.030.056544
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_90.0390.056757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.180.3572910.355035X-RAY DIFFRACTION92.0498
3.18-3.2680.3452390.3194921X-RAY DIFFRACTION91.995
3.268-3.3620.3342570.2994791X-RAY DIFFRACTION92.0664
3.362-3.4660.3072620.2834616X-RAY DIFFRACTION91.8471
3.466-3.5790.3062580.2644498X-RAY DIFFRACTION91.8679
3.579-3.7050.2722660.2464323X-RAY DIFFRACTION91.6883
3.705-3.8450.2821950.234196X-RAY DIFFRACTION91.0052
3.845-4.0010.2521990.2184045X-RAY DIFFRACTION91.1121
4.001-4.1790.2642090.213836X-RAY DIFFRACTION90.8172
4.179-4.3830.1972050.1823671X-RAY DIFFRACTION90.6879
4.383-4.620.1891730.1593529X-RAY DIFFRACTION90.5135
4.62-4.90.1671670.163326X-RAY DIFFRACTION90.422
4.9-5.2380.2111500.1623124X-RAY DIFFRACTION89.6004
5.238-5.6570.181580.1722864X-RAY DIFFRACTION88.804
5.657-6.1960.221590.1762614X-RAY DIFFRACTION88.2559
6.196-6.9260.1941200.1612406X-RAY DIFFRACTION87.7083
6.926-7.9940.1871410.1642111X-RAY DIFFRACTION88.0375
7.994-9.7830.2161060.1741789X-RAY DIFFRACTION87.4078
9.783-13.8050.237820.2071423X-RAY DIFFRACTION86.5938
13.805-68.0280.36320.325828X-RAY DIFFRACTION83.2527

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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