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万見
- PDB-6zll: Crystal Structure of UDP-Glucuronic acid 4-epimerase from Bacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zll
タイトルCrystal Structure of UDP-Glucuronic acid 4-epimerase from Bacillus cereus in complex with UDP-Galacturonic acid and NAD
要素Epimerase domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / epimerase / UDP-Galacturonic acid / NAD / UDP-sugar binding protein
機能・相同性NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / catalytic activity / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-UGB / Epimerase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus HuA2-4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Iacovino, L.G. / Savino, S. / Mattevi, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of Education イタリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystallographic snapshots of UDP-glucuronic acid 4-epimerase ligand binding, rotation, and reduction.
著者: Iacovino, L.G. / Savino, S. / Borg, A.J.E. / Binda, C. / Nidetzky, B. / Mattevi, A.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epimerase domain-containing protein
B: Epimerase domain-containing protein
C: Epimerase domain-containing protein
D: Epimerase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,08312
ポリマ－146,1084
非ポリマー4,9758
水4,378243
1
A: Epimerase domain-containing protein
B: Epimerase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5416
ポリマ－73,0542
非ポリマー2,4874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23580 Å2
手法PISA
2
C: Epimerase domain-containing protein
D: Epimerase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5416
ポリマ－73,0542
非ポリマー2,4874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.787, 62.652, 105.712
Angle α, β, γ (deg.)91.920, 99.860, 91.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Epimerase domain-containing protein


分子量: 36526.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus HuA2-4 (バクテリア)
遺伝子: IG7_05634 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J8BY31
#2: 化合物
ChemComp-UGB / (2S,3R,4S,5R,6R)-6-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-3,4,5-trihydroxy-oxane-2-carboxylic acid / ウリジン5′-二りん酸β-(α-D-ガラクトピラヌロノシル)


分子量: 580.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N2O18P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM potassium acetate, 14-24% PEG3350, 2 mM NAD+, 2 mM UDP-Galacturonic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.09 Å / Num. obs: 107680 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Num. unique obs: 7482 / CC1/2: 0.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U4Q

5u4q


解像度: 1.85→46.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.552 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2217 5595 4.9 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.1888 107680 92.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.18 Å2 / Biso mean: 37.109 Å2 / Biso min: 22.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å21.97 Å21.32 Å2
2---0.42 Å20.71 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→46.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9984 0 324 243 10551
Biso mean--37.29 38.46 -
残基数----1272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01310548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.64614354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3251.57522854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10751268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40823.407452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.229151822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.851536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022024
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 394 -
Rwork0.322 7482 -
all-7876 -
obs--86.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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