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万見
- PDB-6zl4: the structure of glutamate transporter homologue GltTk in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zl4
タイトルthe structure of glutamate transporter homologue GltTk in complex with the photo switchable compound (cis)
要素Proton/glutamate symporter, SDF family
キーワードTRANSPORT PROTEIN / glutamate transporter / amino acid transporter / photoisomerization / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid transport / symporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-QM5 / Proton/glutamate symporter, SDF family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Arkhipova, V. / Slotboom, D.J. / Guskov, A.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Structural Aspects of Photopharmacology: Insight into the Binding of Photoswitchable and Photocaged Inhibitors to the Glutamate Transporter Homologue.
著者: Arkhipova, V. / Fu, H. / Hoorens, M.W.H. / Trinco, G. / Lameijer, L.N. / Marin, E. / Feringa, B.L. / Poelarends, G.J. / Szymanski, W. / Slotboom, D.J. / Guskov, A.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton/glutamate symporter, SDF family
B: Proton/glutamate symporter, SDF family
C: Proton/glutamate symporter, SDF family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,04442
ポリマ－140,0563
非ポリマー5,98839
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16020 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area50950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.210, 117.210, 309.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))
21(chain B and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))
31(chain C and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGLEULEU(chain A and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))AA8 - 1868 - 186
12VALVALSERSER(chain A and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))AA188 - 430188 - 430
21ARGARGLEULEU(chain B and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))BB8 - 1868 - 186
22VALVALSERSER(chain B and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))BB188 - 430188 - 430
31ARGARGLEULEU(chain C and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))CC8 - 1868 - 186
32VALVALSERSER(chain C and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))CC188 - 430188 - 430

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Proton/glutamate symporter, SDF family


分子量: 46685.363 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 8His tag at C-terminus
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: TK0986 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JID0
#3: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 36分子

#2: 化合物 ChemComp-QM5 / (2~{S},3~{S})-2-azanyl-3-[[4-[2-(4-methoxyphenyl)hydrazinyl]phenyl]methoxy]butanedioic acid


分子量: 375.376 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21N3O6
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.92 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 23% PEG 400, 100 mM sodium acetate, 50 mM NaCl, 20 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.225 Å / Num. obs: 50233 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.12
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.31 / Num. unique obs: 3663 / CC1/2: 0.124 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E9S

5e9s


解像度: 3→48.225 Å / SU ML: 0.82 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 41.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2876 2495 5 %
Rwork0.2545 47357 -
obs0.2562 49852 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 418.84 Å2 / Biso mean: 172.7568 Å2 / Biso min: 109.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→48.225 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9463 0 402 0 9865
Biso mean--194.91 --
残基数----1270
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5782X-RAY DIFFRACTION10.581TORSIONAL
12B5782X-RAY DIFFRACTION10.581TORSIONAL
13C5782X-RAY DIFFRACTION10.581TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3-3.05770.6151210.5369232990
7.8516-48.22050.3021510.252284799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.021.56840.22551.6051.56932.1754-0.05260.105-0.14560.2892-0.2980.23610.98140.045-0.06212.09180.24940.32531.881-0.00320.977740.503819.8686-23.7818
21.1631-0.11090.55563.40020.09981.54740.11660.14430.3775-0.5209-0.2793-0.27-0.1947-0.4928-0.13221.5260.1637-0.04022.03030.0840.90876.644146.9394-32.2415
32.2109-1.5064-0.52112.09320.46380.44570.0743-0.4022-0.2184-0.6218-0.06870.194-0.54480.5864-0.16511.8985-0.18730.25271.43280.2250.845147.21663.4016-26.9017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 8 through 501)A8 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 8 through 501)B8 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 8 through 501)C8 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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