[日本語] English
万見
- PDB-6zk8: Native crystal structure of anaerobic F420H2-Oxidase from Methano... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zk8
タイトルNative crystal structure of anaerobic F420H2-Oxidase from Methanothermococcus thermolithotrophicus at 1.8A resolution
要素Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidase / four electron reduction / Oxygen / anaerobic
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / F420H2 oxidase (FprA)
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Engilberge, S. / Wagner, T. / Carpentier, P. / Girard, E. / Shima, S.
資金援助 フランス, ドイツ, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyLn23 ANR- 13-BS07-0007-01 フランス
Max Planck SocietyMax Planck Gessellschaft ドイツ
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Krypton-derivatization highlights O 2 -channeling in a four-electron reducing oxidase.
著者: Engilberge, S. / Wagner, T. / Carpentier, P. / Girard, E. / Shima, S.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
O: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,65827
ポリマ－92,4842
非ポリマー3,17425
水9,458525
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area32250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.871, 156.609, 76.065
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 137.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

PEG

21A-952-

HOH

31O-629-

HOH

41O-691-

HOH

51O-817-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...
21(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...
12chain D
22chain Y

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...A1 - 27
121(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...A29 - 30
131(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...A32 - 84
141(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...A86 - 135
151(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...A1 - 410
161(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...A1 - 410
171(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...A291 - 334
181(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...A1 - 410
191(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...A1 - 410
1101(chain A and (resid 1 through 27 or resid 29...A601 - 701
211(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...O1 - 27
221(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...O29 - 30
231(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...O32 - 84
241(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...O86 - 135
251(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...O1 - 410
261(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...O1 - 410
271(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...O291 - 334
281(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...O1 - 410
291(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...O1 - 410
2101(chain O and (resid 1 through 27 or resid 29...O501 - 601
112chain DD1
212chain YY1

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AO

#1: タンパク質 Coenzyme F420H2 oxidase (FprA) / F420H2 oxidase (FprA)


分子量: 46242.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)
発現宿主: Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)
参照: UniProt: A0A452CSW8

-
非ポリマー , 6種, 550分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5, 40% PEG 400, 0.2M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.83 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.83 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→43.04 Å / Num. obs: 47259 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.83→1.99 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2363 / CC1/2: 0.621 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 0.815

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FRM

6frm


解像度: 1.83→42.89 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 2467 5.22 %
Rwork0.1778 44785 -
obs0.1792 47252 67.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.43 Å2 / Biso mean: 35.9281 Å2 / Biso min: 19.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→42.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6500 0 180 535 7215
Biso mean--42.14 39.52 -
残基数----820
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3838X-RAY DIFFRACTION5.17TORSIONAL
12O3838X-RAY DIFFRACTION5.17TORSIONAL
21A14X-RAY DIFFRACTION5.17TORSIONAL
22O14X-RAY DIFFRACTION5.17TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.83-1.870.233260.270190962
1.87-1.90.2829200.29893173379
1.9-1.950.2864320.295165468618
1.95-1.990.3088450.27061025107028
1.99-2.040.3018760.25441361143737
2.04-2.10.2398900.24411718180847
2.1-2.160.2611140.2372156227058
2.16-2.230.24971310.22912593272470
2.23-2.310.26241660.22552884305079
2.31-2.40.22911620.22613226338887
2.4-2.510.25442100.21653457366795
2.51-2.640.25331770.20733611378898
2.64-2.810.262060.19683603380998
2.81-3.020.22322040.17963570377498
3.02-3.330.22651970.16863619381698
3.33-3.810.16191980.14473610380899
3.81-4.80.14762200.13293625384599
4.8-42.890.19032130.17613666387999

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る