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- PDB-6zja: Helicobacter pylori urease with inhibitor bound in the active site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zja
タイトルHelicobacter pylori urease with inhibitor bound in the active site
要素
  • Urease subunit alpha
  • Urease subunit beta
キーワードHYDROLASE / dodecamer / bi nickel center / enzyme / cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, gamma-beta subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit ...Urease, gamma-beta subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DJM / NICKEL (II) ION / Urease subunit beta / Urease subunit alpha / Urease subunit alpha / Urease subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å
データ登録者Luecke, H. / Cunha, E.
資金援助 ノルウェー, 米国, 2件
組織認可番号国
Research Council of Norway275207 ノルウェー
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI78000 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of Helicobacter pylori urease with an inhibitor in the active site at 2.0 Å resolution.
著者: Eva S Cunha / Xiaorui Chen / Marta Sanz-Gaitero / Deryck J Mills / Hartmut Luecke /
要旨: Infection of the human stomach by Helicobacter pylori remains a worldwide problem and greatly contributes to peptic ulcer disease and gastric cancer. Without active intervention approximately 50% of ...Infection of the human stomach by Helicobacter pylori remains a worldwide problem and greatly contributes to peptic ulcer disease and gastric cancer. Without active intervention approximately 50% of the world population will continue to be infected with this gastric pathogen. Current eradication, called triple therapy, entails a proton-pump inhibitor and two broadband antibiotics, however resistance to either clarithromycin or metronidazole is greater than 25% and rising. Therefore, there is an urgent need for a targeted, high-specificity eradication drug. Gastric infection by H. pylori depends on the expression of a nickel-dependent urease in the cytoplasm of the bacteria. Here, we report the 2.0 Å resolution structure of the 1.1 MDa urease in complex with an inhibitor by cryo-electron microscopy and compare it to a β-mercaptoethanol-inhibited structure at 2.5 Å resolution. The structural information is of sufficient detail to aid in the development of inhibitors with high specificity and affinity.
履歴
登録2020年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11233
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urease subunit alpha
B: Urease subunit beta
C: Urease subunit alpha
E: Urease subunit alpha
G: Urease subunit alpha
I: Urease subunit alpha
K: Urease subunit alpha
M: Urease subunit alpha
O: Urease subunit alpha
Q: Urease subunit alpha
S: Urease subunit alpha
U: Urease subunit alpha
W: Urease subunit alpha
J: Urease subunit beta
D: Urease subunit beta
F: Urease subunit beta
H: Urease subunit beta
L: Urease subunit beta
N: Urease subunit beta
P: Urease subunit beta
R: Urease subunit beta
T: Urease subunit beta
V: Urease subunit beta
X: Urease subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,066,47660
ポリマ－1,061,73924
非ポリマー4,73736
水57,4863191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area203100 Å2
ΔGint-1004 kcal/mol
Surface area269030 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Urease subunit alpha / Urea amidohydrolase subunit alpha


分子量: 26645.703 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: ureA, BGL58_00110, D2C78_00705, DD749_00755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A293SGE9, UniProt: P14916*PLUS, urease
#2: タンパク質
Urease subunit beta / Urea amidohydrolase subunit beta


分子量: 61832.531 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
遺伝子: ureC, ureB, ACM26_03100, ACM31_01665, AEY53_07315, AEY54_04500, BB390_03210, BB400_00890, BB458_02040, BB472_00115, BB483_06885, BCM300_00080, BGL59_06905, BGL62_00955, BGL74_08355, BGL78_ ...遺伝子: ureC, ureB, ACM26_03100, ACM31_01665, AEY53_07315, AEY54_04500, BB390_03210, BB400_00890, BB458_02040, BB472_00115, BB483_06885, BCM300_00080, BGL59_06905, BGL62_00955, BGL74_08355, BGL78_03465, BGL80_00980, BZK19_03120, BZK22_02015, BZK28_01040, C2R48_07340, C2R49_05480, C2R51_07515, C2R54_00600, C2R57_07640, C2R76_03750, C2R81_00275, C2R85_01915, C2R92_02560, CV727_07335, CV730_01155, D2C74_07740, D2C77_03985, D2C79_06860, DD741_00890, DD749_00750, DD779_00665, DD783_00075, DDP32_00750, DDP35_00500, EC528_04020, EC532_02160, EC572_01665, EC592_02340, EC594_04345, EC598_01685, ECB88_00905, ECB90_01230, ECC11_01355, ECC14_06065, ECC20_02355, ECC23_04175, ECC26_01225, ECC27_04455, ECC29_00335, ECC38_01340, ECC45_00115, ECE48_05900, EDB75_03310, EPC84_05055, HPY1198_04550, NCTC13207_01207, NCTC13338_01433, NCTC13345_00234
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A086RWB6, UniProt: P69996*PLUS, urease
#3: 化合物...
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-DJM / 2-{[1-(3,5-dimethylphenyl)-1H-imidazol-2-yl]sulfanyl}-N-hydroxyacetamide


分子量: 277.342 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15N3O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: UMAB41 / 細胞内の位置: Cytoplasm
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pHP808, pHP902
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHepes1
21 mMEDTA1
31 mMBME1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 956 / 詳細: Used 718 movies

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4RELION3.0 betaCTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION3.0 beta初期オイラー角割当
10RELION3.0 beta最終オイラー角割当
11RELION3.0 beta分類
12RELION3.0 beta３次元再構成
13PHENIX1.18モデル精密化
CTF補正詳細: Relion 3.0 beta per image and per particle / タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 203000
対称性点対称性: T (正4面体型対称)
3次元再構成解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 187461 / 詳細: Relion was used for resconstruction / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
11E9Z

1e9z

A1
21E9Z

1e9z

B1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00576092
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.854102648
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.08928296
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05711400
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00613440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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