PDB-6zj7: Trehalose transferase (TreT) from Thermoproteus uzoniensis soaked...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zj7

タイトル

Trehalose transferase (TreT) from Thermoproteus uzoniensis soaked with Mg

要素

Trehalose phosphorylase/synthase

キーワード

TRANSFERASE / trehalose transferase / retaining glycosyltransferase / glycosidic bond formation

機能・相同性

: / : / Trehalose synthase, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / glucose metabolic process / THIOCYANATE ION / Trehalose phosphorylase/synthase

機能・相同性情報

生物種

Thermoproteus uzoniensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Bento, I. / Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.-H. / Hanefeld, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Anomeric Selectivity of Trehalose Transferase with Rare l-Sugars.
著者: Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.L. / Bento, I. / Hanefeld, U.

履歴

登録	2020年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zj7.cif.gz	171.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zj7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zj7_validation.pdf.gz	457 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zj7_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	6zj7_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	6zj7_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zj4C 6zjhC 6zmzC 6zn1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zjh-d 2h7j-d 7c6k-d 7c0t-2 2gha-2 2vnn-d 7c19-2 3vf3-d 5m70-2 7c6t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDHH9associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Trehalose phosphorylase/synthase

ヘテロ分子

46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.574, 69.277, 110.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trehalose phosphorylase/synthase 分子量: 45503.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoproteus uzoniensis (strain 768-20) (古細菌) 株: 768-20 / 遺伝子: TUZN_0976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2L613
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Bis-Tris Propane, PEG 3350, potassium thiocyanate, PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月2日
放射	モノクロメーター: double-crystal monochromator FMB-OXFORD (Oxford, UK) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→110.45 Å / Num. obs: 25646 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.024 / Num. unique obs: 2477 / CC_1/2: 0.7 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.028

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo-TreT

解像度: 2.15→58.757 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.257 / WR_factor R_work: 0.193 / SU B: 7.635 / SU ML: 0.188 / Average fsc free: 0.862 / Average fsc work: 0.8837 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2612	1311	5.112 %
R_work	0.1985	24335	-
all	0.202	-	-
obs	-	25646	98.779 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.601 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.509 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.092 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→58.757 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3162	0	37	88	3287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3281
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.299	1.644	4431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.151	1.578	7269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.645	5	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.393	21.006	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.688	15	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.298	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	622
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.21	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.268	5.358	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.262	5.357	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.927	8.026	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.926	8.027	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.54	5.84	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.539	5.84	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.767	8.56	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.766	8.56	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.808	61.34	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.814	61.278	3519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.206	0.348	96	0.302	1754	X-RAY DIFFRACTION	98.2475
2.206-2.266	0.295	97	0.286	1685	X-RAY DIFFRACTION	98.0738
2.266-2.332	0.295	79	0.265	1710	X-RAY DIFFRACTION	98.0274
2.332-2.404	0.336	79	0.239	1633	X-RAY DIFFRACTION	98.2778
2.404-2.483	0.315	84	0.242	1566	X-RAY DIFFRACTION	98.4487
2.483-2.57	0.323	83	0.222	1541	X-RAY DIFFRACTION	98.6035
2.57-2.667	0.32	72	0.222	1474	X-RAY DIFFRACTION	98.6599
2.667-2.775	0.256	83	0.203	1447	X-RAY DIFFRACTION	98.9651
2.775-2.899	0.272	68	0.19	1376	X-RAY DIFFRACTION	98.9041
2.899-3.04	0.254	86	0.203	1299	X-RAY DIFFRACTION	99.212
3.04-3.204	0.3	64	0.219	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.2464
3.204-3.399	0.286	71	0.221	1198	X-RAY DIFFRACTION	99.2181
3.399-3.633	0.273	51	0.202	1142	X-RAY DIFFRACTION	99.3339
3.633-3.924	0.259	64	0.195	1045	X-RAY DIFFRACTION	99.3728
3.924-4.298	0.235	48	0.166	986	X-RAY DIFFRACTION	99.3276
4.298-4.804	0.217	38	0.155	905	X-RAY DIFFRACTION	99.2632
4.804-5.545	0.181	54	0.159	784	X-RAY DIFFRACTION	98.9374
5.545-6.787	0.311	30	0.19	683	X-RAY DIFFRACTION	99.4421
6.787-9.581	0.207	36	0.162	536	X-RAY DIFFRACTION	99.6516

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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