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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zj7 | ||||||
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タイトル | Trehalose transferase (TreT) from Thermoproteus uzoniensis soaked with Mg | ||||||
要素 | Trehalose phosphorylase/synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / trehalose transferase / retaining glycosyltransferase / glycosidic bond formation | ||||||
機能・相同性 | : / : / Trehalose synthase, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / glucose metabolic process / THIOCYANATE ION / Trehalose phosphorylase/synthase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoproteus uzoniensis (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Bento, I. / Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.-H. / Hanefeld, U. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020 タイトル: Anomeric Selectivity of Trehalose Transferase with Rare l-Sugars. 著者: Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.L. / Bento, I. / Hanefeld, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zj7.cif.gz | 171.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zj7.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6zj7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zj7_validation.pdf.gz | 457 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zj7_full_validation.pdf.gz | 458.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6zj7_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zj7_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zj7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45503.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoproteus uzoniensis (strain 768-20) (古細菌) 株: 768-20 / 遺伝子: TUZN_0976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2L613 | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SCN / #3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Bis-Tris Propane, PEG 3350, potassium thiocyanate, PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月2日 |
放射 | モノクロメーター: double-crystal monochromator FMB-OXFORD (Oxford, UK) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→110.45 Å / Num. obs: 25646 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Num. unique obs: 2477 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.028 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: apo-TreT 解像度: 2.15→58.757 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.257 / WRfactor Rwork: 0.193 / SU B: 7.635 / SU ML: 0.188 / Average fsc free: 0.862 / Average fsc work: 0.8837 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.554 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→58.757 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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