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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zj5 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase MANEA in complex with GlcDMJ and hexatungstotellurate(VI) TEW | |||||||||||||||
![]() | Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase | |||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Golgi / mannosidase / retaining | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase activity / N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi / alpha-mannosidase activity / Golgi membrane / Golgi apparatus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. ...Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of human endo-alpha-1,2-mannosidase (MANEA), an antiviral host-glycosylation target. 著者: Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6zdcC ![]() 6zdfC ![]() 6zdkC ![]() 6zdlC ![]() 6zfaSC ![]() 6zfnC ![]() 6zfqC ![]() 6zj1C ![]() 6zj6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 AAA![](data/chem/img/GLC.gif)
![](data/chem/img/GLC.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 44783.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SRI9, glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase |
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#6: 糖 | ChemComp-GLC / |
-非ポリマー , 5種, 102分子 ![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/TEW.gif)
![](data/chem/img/DMJ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/TEW.gif)
![](data/chem/img/DMJ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-DMJ / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 % / 解説: hexagonal, flat |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5 - 8.1, 200 mM MgCl2, 25-27.5% v/v PEG 400, 1 mM TEW Protein in 25 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl buffer at 10 mg/ml. PH範囲: 7.5-8.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.269→111.327 Å / Num. obs: 11089 / % possible obs: 51.9 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.276 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.295 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.269→2.536 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 925 / CC1/2: 0.569 / Rpim(I) all: 0.547 / Rrim(I) all: 1.617 / % possible all: 15.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ZFA 解像度: 2.269→111.327 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.174 / SU B: 10.303 / SU ML: 0.246 / Average fsc free: 0.8681 / Average fsc work: 0.8925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.408 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.269→111.327 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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