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万見
- PDB-6zit: bovine ATP synthase Stator domain, state 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zit
タイトルbovine ATP synthase Stator domain, state 2
要素
  • (ATP synthase ...) x 12
  • ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / ATP synthase / mitochondria / mammalian / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / : / : / proton-transporting ATP synthase complex / : / : / Mitochondrial protein degradation / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis ...Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / : / : / proton-transporting ATP synthase complex / : / : / Mitochondrial protein degradation / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / ADP binding / lipid binding / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase membrane subunit K / ATP synthase regulation / ATP synthase, F0 complex, subunit G, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit E, mitochondrial / ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase subunit g, animal / Mitochondrial ATP synthase g subunit / ATP synthase E chain / Mitochondrial proteolipid / ATP synthase protein 8, metazoa ...ATP synthase membrane subunit K / ATP synthase regulation / ATP synthase, F0 complex, subunit G, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit E, mitochondrial / ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase subunit g, animal / Mitochondrial ATP synthase g subunit / ATP synthase E chain / Mitochondrial proteolipid / ATP synthase protein 8, metazoa / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F, predicted / ATP synthase protein 8, mammals / ATP synthase protein 8 / Mitochondrial F1F0-ATP synthase, subunit f / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATP synthase-coupling factor 6 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6 / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit a / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATP synthase protein 8 / ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit O, mitochondrial / ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase subunit e, mitochondrial ...ATP synthase subunit a / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATP synthase protein 8 / ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit O, mitochondrial / ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase subunit e, mitochondrial / ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP synthase subunit g, mitochondrial / ATP synthase membrane subunit K, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Spikes, T.E. / Montgomery, M.G. / Walker, J.E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M009858/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105663150 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure of the dimeric ATP synthase from bovine mitochondria.
著者: Tobias E Spikes / Martin G Montgomery / John E Walker /
要旨: The structure of the dimeric ATP synthase from bovine mitochondria determined in three rotational states by electron cryo-microscopy provides evidence that the proton uptake from the mitochondrial ...The structure of the dimeric ATP synthase from bovine mitochondria determined in three rotational states by electron cryo-microscopy provides evidence that the proton uptake from the mitochondrial matrix via the proton inlet half channel proceeds via a Grotthus mechanism, and a similar mechanism may operate in the exit half channel. The structure has given information about the architecture and mechanical constitution and properties of the peripheral stalk, part of the membrane extrinsic region of the stator, and how the action of the peripheral stalk damps the side-to-side rocking motions that occur in the enzyme complex during the catalytic cycle. It also describes wedge structures in the membrane domains of each monomer, where the skeleton of each wedge is provided by three α-helices in the membrane domains of the b-subunit to which the supernumerary subunits e, f, and g and the membrane domain of subunit A6L are bound. Protein voids in the wedge are filled by three specifically bound cardiolipin molecules and two other phospholipids. The external surfaces of the wedges link the monomeric complexes together into the dimeric structures and provide a pivot to allow the monomer-monomer interfaces to change during catalysis and to accommodate other changes not related directly to catalysis in the monomer-monomer interface that occur in mitochondrial cristae. The structure of the bovine dimer also demonstrates that the structures of dimeric ATP synthases in a tetrameric porcine enzyme have been seriously misinterpreted in the membrane domains.
履歴
登録2020年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11229
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11229
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
8: ATP synthase protein 8
a: ATP synthase subunit a
d: ATP synthase subunit d, mitochondrial
e: ATP synthase subunit e, mitochondrial
f: ATP synthase subunit f, mitochondrial
g: ATP synthase subunit g, mitochondrial
j: ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial
k: ATP synthase membrane subunit DAPIT, mitochondrial
R: ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial
K: ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial
L: ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial
b: ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial
h: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
S: ATP synthase subunit O, mitochondrial
C: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,10615
ポリマ－227,10615
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, gel filtration, mass spectrometry, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ATP synthase ... , 12種, 14分子 8adefgjkRKLbSC

#1: タンパク質 ATP synthase protein 8 / A6L / F-ATPase subunit 8


分子量: 7944.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P03929
#2: タンパク質 ATP synthase subunit a / F-ATPase protein 6


分子量: 24801.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00847
#3: タンパク質 ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATPase subunit d / ATP synthase peripheral stalk subunit d


分子量: 18588.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13620
#4: タンパク質 ATP synthase subunit e, mitochondrial / ATPase subunit e / ATP synthase membrane subunit e


分子量: 8205.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q00361
#5: タンパク質 ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP synthase membrane subunit f


分子量: 10184.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q28851
#6: タンパク質 ATP synthase subunit g, mitochondrial / ATPase subunit g / ATP synthase membrane subunit g


分子量: 11298.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q28852
#7: タンパク質 ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial / 6.8 kDa mitochondrial proteolipid / 6.8 kDa mitochondrial proteolipid protein / MLQ


分子量: 6846.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P14790
#8: タンパク質 ATP synthase membrane subunit DAPIT, mitochondrial / Diabetes-associated protein in insulin-sensitive tissues / Up-regulated during skeletal muscle ...Diabetes-associated protein in insulin-sensitive tissues / Up-regulated during skeletal muscle growth protein 5


分子量: 6312.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3ZBI7
#9: タンパク質 ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial / ATP synthase lipid-binding protein / ATP synthase membrane subunit c locus 2 / ATP synthase ...ATP synthase lipid-binding protein / ATP synthase membrane subunit c locus 2 / ATP synthase proteolipid P2 / ATPase protein 9 / ATPase subunit c


分子量: 7653.034 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residue 43 is trimethyl-lysine. A post translational modification.
由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07926
#10: タンパク質 ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial / ATP synthase peripheral stalk-membrane subunit b / ATP synthase subunit b / ATPase subunit b


分子量: 24702.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13619
#12: タンパク質 ATP synthase subunit O, mitochondrial / ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP / Oligomycin sensitivity conferral protein / OSCP


分子量: 20959.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13621
#13: タンパク質 ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit alpha


分子量: 55332.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P19483

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タンパク質 , 1種, 1分子 h

#11: タンパク質 ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATPase subunit F6 / ATP synthase peripheral stalk subunit F6


分子量: 8971.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02721

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1bovine dimeric ATP synthaseCOMPLEXThe imaged sample was intact dimeric ATP synthase. A focussed map was generated for the stator domain.all0MULTIPLE SOURCES
2ATP synthase stator domain, state 2COMPLEXThe stator domain of ATP synthase. 3 c subunits from the rotor domain have been included to define the state.all1NATURAL
3ATP synthase peripheral stalkCOMPLEXMembrane extrinsic part of the stator of the enzyme#3, #10-#131NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
111.2 MDaYES
210.143 MDaYES
310.0731 MDaYES
41.007441 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bos taurus (ウシ)9913
23Bos taurus (ウシ)9913
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Nickel affinity purified filled by gel filtration
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 294 K
詳細: The sample was allowed to penetrate through the holey support and to distribute to both sides of the grid surface for ca. 15 sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 4.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4RELION3.1CTF補正
5CTFFIND4.1CTF補正
8Cootモデルフィッティング
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14PHENIX1.17モデル精密化
15PHENIX1.18モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90850 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
12V7Q

2v7q

A1
22V7Q

2v7q

B1
32V7Q

2v7q

C1
42V7Q

2v7q

D1
52V7Q

2v7q

E1
62V7Q

2v7q

F1
72V7Q

2v7q

G1
82V7Q

2v7q

H1
92V7Q

2v7q

I1
102V7Q

2v7q

J1
112CLY

2cly

A1
122CLY

2cly

B1
132CLY

2cly

C1
142WSS

2wss

S1
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 101.09 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005310404
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.718314063
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421629
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00551740
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.58361392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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