PDB-6zin: Crystal structure of the neurotensin receptor 1 in complex with t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zin

タイトル

Crystal structure of the neurotensin receptor 1 in complex with the small molecule inverse agonist SR48692

要素

Neurotensin receptor type 1,DARPin,HRV 3C protease recognition sequence

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / GPCR ligand complex / NTSR1 / SR48692 / inverse agonist

機能・相同性

機能・相同性情報

Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of locomotion / G protein-coupled neurotensin receptor activity / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / D-aspartate import across plasma membrane / regulation of membrane depolarization / positive regulation of arachidonate secretion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.639 Å

データ登録者

Deluigi, M. / Klipp, A. / Hilge, M. / Merklinger, L. / Klenk, C. / Plueckthun, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Complexes of the neurotensin receptor 1 with small-molecule ligands reveal structural determinants of full, partial, and inverse agonism.
著者: Deluigi, M. / Klipp, A. / Klenk, C. / Merklinger, L. / Eberle, S.A. / Morstein, L. / Heine, P. / Mittl, P.R.E. / Ernst, P. / Kamenecka, T.M. / He, Y. / Vacca, S. / Egloff, P. / Honegger, A. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2020年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年3月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zin.cif.gz	290.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zin.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zin.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zin_validation.pdf.gz	770 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zin_full_validation.pdf.gz	773.7 KB	表示
XML形式データ	6zin_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	6zin_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6zin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6zin	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yvrSC 6z4qC 6z4sC 6z4vC 6z66C 6z8nC 6za8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cor-2 3puf-2 1qz7-d 3puf-4 5kho-d 5ws3-d 3k8h-1 5wqc-d 3p56-1 3puf-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (5) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (5) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (5) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (5) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (5) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (5) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (5)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (5)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (5)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (5)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (5)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (5)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Neurotensin receptor type 1,DARPin,HRV 3C protease recognition sequence

ヘテロ分子

53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	212.980, 37.150, 91.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.600, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Neurotensin receptor type 1,DARPin,HRV 3C protease recognition sequence / NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH 分子量: 53089.223 Da / 分子数: 1 変異: S83G,A86L,T101R,H103D,H105Y,L119F,M121L,E124D,R143K,D150E,A161V,R167L,R213L,V234L,K235R,V240L,I253A,I260A,N262R,K263R,H305R,C332V,F342A,T354S,F358V,S362A 由来タイプ: 組換発現詳細: Residues 61-371 represent the rat neurotensin receptor 1 mutant H4 (NTSR1-H4). Residues 273 to 290 were deleted for crystallisation purposes. Residues 372 to 380 form a linker connecting ...詳細: Residues 61-371 represent the rat neurotensin receptor 1 mutant H4 (NTSR1-H4). Residues 273 to 290 were deleted for crystallisation purposes. Residues 372 to 380 form a linker connecting NTSR1 with the DARPin crystallisation chaperone. Residues 381 to 536 represent the DARPin crystallisation chaperone that is related to 5LW2. Residues 537 to 539 represent a short linker connecting the DARPin crystallisation chaperone with the HRV 3C protease recognition sequence. Residues 540 to 544 are part of the HRV 3C protease recognition sequence visible in the electron density.,Residues 61-371 represent the rat neurotensin receptor 1 mutant H4 (NTSR1-H4). Residues 273 to 290 were deleted for crystallisation purposes. Residues 372 to 380 form a linker connecting NTSR1 with the DARPin crystallisation chaperone. Residues 381 to 536 represent the DARPin crystallisation chaperone that is related to 5LW2. Residues 537 to 539 represent a short linker connecting the DARPin crystallisation chaperone with the HRV 3C protease recognition sequence. Residues 540 to 544 are part of the HRV 3C protease recognition sequence visible in the electron density.,Residues 61-371 represent the rat neurotensin receptor 1 mutant H4 (NTSR1-H4). Residues 273 to 290 were deleted for crystallisation purposes. Residues 372 to 380 form a linker connecting NTSR1 with the DARPin crystallisation chaperone. Residues 381 to 536 represent the DARPin crystallisation chaperone that is related to 5LW2. Residues 537 to 539 represent a short linker connecting the DARPin crystallisation chaperone with the HRV 3C protease recognition sequence. Residues 540 to 544 are part of the HRV 3C protease recognition sequence visible in the electron density. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) synthetic construct (人工物) 遺伝子: Ntsr1, Ntsr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20789
#2: 化合物	ChemComp-Q6Q / 2-[[1-(7-chloranylquinolin-4-yl)-5-(2,6-dimethoxyphenyl)pyrazol-3-yl]carbonylamino]adamantane-2-carboxylic acid 分子量: 587.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₁ClN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 100 mM Bis-Tris 500 mM K citrate 30% (v/v) PEG400 10 uM SR48692 PH範囲: 6.4-6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999879 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999879 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.639→28.569 Å / Num. obs: 12018 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 2.639→2.965 Å / R_merge(I) obs: 1.206 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 601 / CC_1/2: 0.512 / R_pim(I) all: 0.612

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YVR

6yvr

解像度: 2.639→28.567 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 48.599 / SU ML: 0.403 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.518 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3098	605	5.038 %
R_work	0.266	11403	-
all	0.268	-	-
obs	-	12008	60.509 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.498 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.428 Å²	0 Å²	1.514 Å²
2-	-	-2.161 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.427 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.639→28.567 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3117	0	42	0	3159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.197	1.619	4445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.123	1.559	6680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.608	5	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.971	21.636	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.939	15	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.391	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.035	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	787
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.16	0.2	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.151	0.2	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.103	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.12	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.75	6.257	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.75	6.26	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.341	9.378	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.341	9.378	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.6	6.364	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.6	6.367	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.106	9.544	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.106	9.548	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.305	118.854	13482
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.305	118.857	13483

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work	Fsc free
2.639-2.707		0	0.627	22	0.627	1422	0.388	1.5471	0.557
2.707-2.78	0.294	6	0.39	83	0.384	1393	0.488	6.3891	0.423	0.431
2.78-2.86	0.4	10	0.35	160	0.353	1398	0.539	12.1602	0.361	0.469
2.86-2.947	0.608	11	0.36	246	0.369	1282	0.606	20.0468	0.367	0.472
2.947-3.043	0.398	14	0.336	361	0.338	1289	0.659	29.0923	0.345	0.507
3.043-3.148	0.391	18	0.333	450	0.335	1266	0.717	36.9668	0.34	0.526
3.148-3.265	0.354	32	0.337	561	0.338	1188	0.727	49.9158	0.327	0.723
3.265-3.397	0.339	37	0.309	796	0.31	1180	0.752	70.5932	0.303	0.749
3.397-3.546	0.263	52	0.312	950	0.309	1088	0.781	92.0956	0.296	0.809
3.546-3.716	0.361	63	0.296	1013	0.3	1097	0.829	98.0857	0.29	0.804
3.716-3.913	0.322	50	0.267	935	0.269	994	0.884	99.0946	0.254	0.855
3.913-4.146	0.289	48	0.248	944	0.25	1000	0.906	99.2	0.239	0.886
4.146-4.425	0.235	30	0.24	846	0.24	883	0.928	99.2072	0.232	0.932
4.425-4.77	0.274	38	0.234	817	0.236	864	0.933	98.9583	0.236	0.924
4.77-5.211	0.302	43	0.243	742	0.246	795	0.925	98.7421	0.25	0.881
5.211-5.802	0.494	36	0.31	671	0.318	720	0.862	98.1944	0.311	0.824
5.802-6.654	0.432	45	0.348	596	0.354	649	0.849	98.7673	0.365	0.799
6.654-8.041	0.257	35	0.238	501	0.24	556	0.93	96.4029	0.266	0.905
8.041-10.947	0.165	16	0.188	440	0.188	462	0.963	98.7013	0.223	0.976
10.947-28.569	0.29	21	0.299	269	0.298	298	0.914	97.3154	0.321	0.924

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.0894 Å / Origin y: 4.5328 Å / Origin z: 18.3224 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.076 Å²	-0.0585 Å²	-0.0141 Å²	-	0.201 Å²	-0.0333 Å²	-	-	0.0395 Å²
L	0.9671 °²	0.2741 °²	0.9284 °²	-	0.4873 °²	0.0948 °²	-	-	1.1124 °²
S	-0.1623 Å °	0.1606 Å °	0.0771 Å °	-0.134 Å °	0.1108 Å °	-0.0479 Å °	-0.1068 Å °	0.2715 Å °	0.0515 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)