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- PDB-6zie: Crystal structure of MCL-1 in complex with a neutralizing Alphabo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zie
タイトルCrystal structure of MCL-1 in complex with a neutralizing Alphabody CMPX-383B
要素
  • CMPX-383B
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードANTITUMOR PROTEIN / de novo protein design / 3 helical antiparallel coiled coil / cell penetrating Alphabody MCL-1 neutralizing Alphabody
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pannecoucke, E. / Savvides, S.N. / Desmet, J. / Lasters, I.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cell-penetrating Alphabody protein scaffolds for intracellular drug targeting.
著者: Pannecoucke, E. / Van Trimpont, M. / Desmet, J. / Pieters, T. / Reunes, L. / Demoen, L. / Vuylsteke, M. / Loverix, S. / Vandenbroucke, K. / Alard, P. / Henderikx, P. / Deroo, S. / Baatz, F. / ...著者: Pannecoucke, E. / Van Trimpont, M. / Desmet, J. / Pieters, T. / Reunes, L. / Demoen, L. / Vuylsteke, M. / Loverix, S. / Vandenbroucke, K. / Alard, P. / Henderikx, P. / Deroo, S. / Baatz, F. / Lorent, E. / Thiolloy, S. / Somers, K. / McGrath, Y. / Van Vlierberghe, P. / Lasters, I. / Savvides, S.N.
履歴
登録2020年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMPX-383B
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6287
ポリマ－33,3012
非ポリマー3275
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.699, 69.699, 261.289
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 CMPX-383B


分子量: 14950.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18350.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2% (w/v) PEG 3000 0.1 M sodium acetate pH 5.5 0.2 M zinc acetate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.33 Å / Num. obs: 17660 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1112 / Rpim(I) all: 0.03928 / Rrim(I) all: 0.1181 / Net I/σ(I): 14.61
反射 シェル解像度: 2.301→2.383 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 1693 / CC1/2: 0.398 / CC star: 0.754 / % possible all: 97.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
Coot0.9.4モデル構築
PHENIXモデル構築
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MK8

3mk8


解像度: 2.3→44.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.287 / SU Rfree Blow DPI: 0.213 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2592 1060 -RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.2412 17660 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5365 Å20 Å20 Å2
2---4.5365 Å20 Å2
3---9.0731 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2151 0 5 31 2187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0062187HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.82938HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d812SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes371HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2187HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion308SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1604SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.16
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.32 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1974 21 -
Rwork0.2604 --
obs0.2567 354 91.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.91960.6442-0.37034.01960.42492.18820.1251-0.2554-0.0347-0.2554-0.1114-0.0937-0.0347-0.0937-0.01370.17740.01770.0277-0.08320.0138-0.074517.91691.0832-14.2105
20.6202-0.11.15681.61570.07472.02530.110.0271-0.27780.0271-0.0346-0.2309-0.2778-0.2309-0.07540.22350.0220.0757-0.15290.0355-0.045320.257124.4409-4.0811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|6 - A|144 }A6 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|171 - B|322 }B171 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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