PDB-6zi0: Crystal structure of the isolated H. influenzae VapD toxin (wildtype)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zi0

タイトル

Crystal structure of the isolated H. influenzae VapD toxin (wildtype)

要素

Endoribonuclease VapD

キーワード

TOXIN / Toxin-antitoxin / VapXD / RNase / Nucleic-Acid Binding Protein / Hydrolase

機能・相同性

Endoribonuclease VapD / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / Endoribonuclease VapD

機能・相同性情報

生物種

Haemophilus influenzae 86-028NP (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Bertelsen, M.B. / Senissar, M. / Nielsen, M.H. / Bisiak, F. / Cunha, M.V. / Molinaro, A.L. / Daines, D.A. / Brodersen, D.E.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for Toxin Inhibition in the VapXD Toxin-Antitoxin System.
著者: Bertelsen, M.B. / Senissar, M. / Nielsen, M.H. / Bisiak, F. / Cunha, M.V. / Molinaro, A.L. / Daines, D.A. / Brodersen, D.E.

履歴

登録	2020年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zi0.cif.gz	35.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zi0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zi0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zi0_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zi0_full_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示
XML形式データ	6zi0_validation.xml.gz	6.4 KB	表示
CIF形式データ	6zi0_validation.cif.gz	7.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6zi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6zi0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zi1C 6zn8C 6hkd PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n2y-5 3x0g-1 3w8g-d 6h5u-2 6gp6-d 2n82-d 4n2y-4 3akd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Endoribonuclease VapD

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Endoribonuclease VapD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
23.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.100, 99.100, 44.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-207- HOH
2	1	AAA-219- HOH
3	1	AAA-222- HOH
4	1	AAA-253- HOH

#1: タンパク質	Endoribonuclease VapD 分子量: 11870.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae 86-028NP (インフルエンザ菌) 遺伝子: vapD, NTHI0577 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q4QN95, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1 M LiCl, 0.1 M citrate, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.98021 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98021 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→85.882 Å / Num. obs: 4800 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.357 % / B_iso Wilson estimate: 44.739 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.212 / R_rim(I) all: 0.223 / Χ²: 0.785 / Net I/σ(I): 9.49

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.5-2.56	10.677	1.581	1.33	344	0.546	1.659	100
2.56-2.64	11.162	1.623	1.33	333	0.527	1.701	99.7
2.64-2.71	11.031	1.335	1.7	325	0.608	1.401	100
2.71-2.8	10.81	0.947	2.33	321	0.71	0.993	100
2.8-2.89	10.579	0.71	3.05	304	0.859	0.745	100
2.89-2.99	10.336	0.586	3.78	298	0.881	0.617	100
2.99-3.1	9.639	0.54	3.9	291	0.908	0.57	99.7
3.1-3.23	10.957	0.422	5.49	276	0.97	0.442	100
3.23-3.37	10.85	0.292	7.18	266	0.972	0.306	100
3.37-3.54	10.562	0.225	9.58	260	0.986	0.236	100
3.54-3.73	10.474	0.162	12.54	249	0.989	0.171	100
3.73-3.95	9.803	0.13	14.85	233	0.992	0.137	100
3.95-4.23	9.909	0.11	16.64	220	0.995	0.116	100
4.23-4.56	10.659	0.089	21.44	211	0.997	0.093	100
4.56-5	10.434	0.079	23.19	196	0.997	0.083	100
5-5.59	9.713	0.096	19.58	181	0.997	0.101	99.5
5.59-6.46	9.217	0.118	16.4	161	0.995	0.125	100
6.46-7.91	9.862	0.083	20.17	138	0.997	0.088	100
7.91-11.18	8.504	0.041	31.7	119	0.999	0.044	100
11.18-85.882	7.189	0.036	29.4	74	1	0.038	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6HKD

6hkd
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.5→85.882 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 11.962 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.41 / ESU R Free: 0.277 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2636	241	5.02 %
R_work	0.2202	4560	-
all	0.222	-	-
obs	-	4800	99.917 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.248 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.869 Å²	0.435 Å²	0 Å²
2-	-	0.869 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.821 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→85.882 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	722	0	0	55	777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.633	997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.24	1.58	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.513	5	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.995	23.256	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.109	15	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.709	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.256	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.859	7.842	359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.646	7.838	358
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.803	11.72	447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.815	11.735	448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.744	8.593	377
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.435	8.58	375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.133	12.603	550
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.13	12.612	550
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.647	147.271	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.564	147.192	2796

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.289	18	0.284	326	0.285	344	0.809	0.802	100	0.275
2.565-2.635	0.406	16	0.296	317	0.301	333	0.763	0.776	100	0.289
2.635-2.711	0.27	17	0.297	307	0.296	324	0.765	0.8	100	0.288
2.711-2.795	0.298	16	0.279	307	0.28	323	0.765	0.835	100	0.251
2.795-2.886	0.23	15	0.255	288	0.254	303	0.86	0.863	100	0.222
2.886-2.988	0.291	15	0.234	283	0.237	298	0.864	0.894	100	0.202
2.988-3.1	0.328	14	0.228	277	0.233	292	0.871	0.884	99.6575	0.199
3.1-3.227	0.32	14	0.214	263	0.219	277	0.875	0.909	100	0.187
3.227-3.37	0.35	13	0.203	252	0.21	265	0.881	0.923	100	0.162
3.37-3.534	0.255	13	0.2	248	0.202	261	0.927	0.937	100	0.169
3.534-3.725	0.176	13	0.189	235	0.188	248	0.93	0.946	100	0.162
3.725-3.95	0.255	12	0.193	220	0.196	232	0.957	0.944	100	0.165
3.95-4.222	0.305	10	0.19	210	0.194	220	0.892	0.953	100	0.159
4.222-4.56	0.174	11	0.162	200	0.163	211	0.958	0.966	100	0.137
4.56-4.994	0.266	10	0.176	186	0.181	196	0.938	0.963	100	0.155
4.994-5.581	0.162	9	0.209	174	0.207	184	0.935	0.952	99.4565	0.175
5.581-6.439	0.444	8	0.259	150	0.267	158	0.872	0.929	100	0.232
6.439-7.876	0.346	7	0.256	133	0.262	140	0.907	0.936	100	0.232
7.876-11.091	0.18	6	0.217	113	0.215	119	0.987	0.965	100	0.206
11.091-85.882	0.219	4	0.363	70	0.356	75	0.964	0.929	98.6667	0.358

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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