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- PDB-3w8g: MamM V260R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w8g
タイトルMamM V260R
要素Magnetosome protein MamM
キーワードMETAL TRANSPORT / Cation diffusion facilitator (CDF) / Metal ion transport
機能・相同性
機能・相同性情報


magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux transmembrane domain / Alpha-Beta Plaits ...: / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux transmembrane domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Magnetosome protein MamM / Magnetosome protein MamM
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zeytuni, N. / Davidov, G. / Zarivach, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Bacterial Magnetosome Biomineralization - A Novel Platform to Study Molecular Mechanisms of Human CDF-Related Type-II Diabetes
著者: Zeytuni, N. / Uebe, R. / Maes, M. / Davidov, G. / Baram, M. / Raschdorf, O. / Friedler, A. / Miller, Y. / Schuler, D. / Zarivach, R.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnetosome protein MamM
B: Magnetosome protein MamM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9372
ポリマ－23,9372
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area9350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.481, 68.481, 56.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

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要素

#1: タンパク質 Magnetosome protein MamM / Magnetosome protein MamM / Cation efflux protein family / MamM protein


分子量: 11968.462 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 215-318 / 変異: V260R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
株: MSR-1 / 遺伝子: mamM, mgI491, MGR_4095 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta / 参照: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M TRIS pH 7, 0.2M MgCl, 15% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→25 Å / Num. obs: 8884 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.05-2.0950.513199.8
2.09-2.125.80.5981100
2.12-2.166.10.4761100
2.16-2.216.30.4691100
2.21-2.265140.5
2.26-2.315.80.647172.7
2.31-2.376.50.3631100
2.37-2.436.70.3171100
2.43-2.56.60.281100
2.5-2.586.60.258199.8
2.58-2.676.70.2091100
2.67-2.786.70.202199.8
2.78-2.916.70.152199.8
2.91-3.066.70.137199.8
3.06-3.256.60.1071100
3.25-3.56.60.1111100
3.5-3.855.70.111169.7
3.85-4.416.10.101182.1
4.41-5.556.30.0951100
5.55-256.20.079199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W5X

3w5x


解像度: 2.05→22.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.104 / SU ML: 0.158 / SU R Cruickshank DPI: 0.3011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25962 421 4.8 %RANDOM
Rwork0.18378 ---
obs0.1875 8349 91.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.472 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0.76 Å2-0 Å2
2---0.76 Å2-0 Å2
3---2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→22.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1336 0 0 88 1424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6811.9241894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84933112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.875181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14322.70374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.72115245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.41520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1772.298703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1782.298702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5253.426879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1922.671695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
463MEDIUM POSITIONAL0.380.5
705LOOSE POSITIONAL1.025
463MEDIUM THERMAL5.252
705LOOSE THERMAL6.5810
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 32 -
Rwork0.173 623 -
obs--94.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0387-0.7214-0.11411.21120.19370.0387-0.0560.00360.06880.07030.063-0.04820.02730.0067-0.0070.0480.0017-0.02130.03490.00090.0253-16.460642.9433-4.8324
21.02420.2936-0.02831.57470.3180.0761-0.020.0194-0.1051-0.04740.0357-0.0763-0.00050.007-0.01570.0249-0.0039-0.0080.0322-0.02480.0392-17.123742.1322-25.3315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A211 - 291
2X-RAY DIFFRACTION2B212 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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