PDB-6zht: Uba1-Ubc13 disulfide mediated complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zht

タイトル

Uba1-Ubc13 disulfide mediated complex

要素

Ubiquitin-activating enzyme E1 1
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

キーワード

LIGASE / Ubiquitin / E1 / Ubc13

機能・相同性

機能・相同性情報

protein targeting to vacuolar membrane / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / free ubiquitin chain polymerization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / ubiquitin conjugating enzyme complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Schaefer, A. / Misra, M. / Schindelin, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: ATP induced conformational changes facilitate E1-E2 disulfide bridging in the ubiquitin system.
著者: Misra, M. / Schaefer, A. / Kuhn, M. / Pluska, L. / Tessmer, I. / Sommer, T. / Schindelin, H.

履歴

登録	2020年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zht.cif.gz	803.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zht.ent.gz	552.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6zht_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zht_full_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示
XML形式データ	6zht_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	6zht_validation.cif.gz	62.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/6zht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/6zht	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zhsC 3cmmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zhu-4 6zhu-1 6zhu-3 7k5j-1 6q0w-d 5hoi-d 6z5h-d 3kq4-3 3kq4-2 4yao-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (15) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (4) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (6) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (7) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (15)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (4)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (6)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (7)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.390, 58.270, 137.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.720, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1113- CL
2	1	C-1425- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 分子量: 111847.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBA1, YKL210W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22515, E1 ubiquitin-activating enzyme
#2: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 13 / Ubiquitin carrier protein 13 / Ubiquitin-protein ligase 13 分子量: 17417.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBC13, YDR092W, YD6652.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52490, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium nitrate, CHES, PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 60597 / % possible obs: 71.3 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.69
反射シェル	解像度: 2.301→2.383 Å / Num. unique obs: 483 / CC_1/2: 0.404

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CMM

3cmm

解像度: 2.3→24.71 Å / SU ML: 0.2989 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.156
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2632	2177	5.04 %
R_work	0.2062	41021	-
obs	0.2091	43198	71.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8977	0	76	335	9388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	9274
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6816	12547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	1390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	1639
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.8566	3478

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.35	0.3992	12	0.2919	181	X-RAY DIFFRACTION	5.16
2.35-2.41	0.4066	30	0.2947	520	X-RAY DIFFRACTION	14.68
2.41-2.47	0.3723	48	0.2758	1035	X-RAY DIFFRACTION	28.97
2.47-2.53	0.2986	85	0.2766	1498	X-RAY DIFFRACTION	41.54
2.53-2.61	0.3108	77	0.2667	1827	X-RAY DIFFRACTION	51.71
2.61-2.69	0.3159	111	0.2677	2175	X-RAY DIFFRACTION	60.44
2.69-2.79	0.3437	123	0.2617	2492	X-RAY DIFFRACTION	69.55
2.79-2.9	0.3003	146	0.2669	2836	X-RAY DIFFRACTION	79.31
2.9-3.03	0.3183	181	0.2609	3183	X-RAY DIFFRACTION	89.92
3.03-3.19	0.302	182	0.248	3556	X-RAY DIFFRACTION	98.65
3.19-3.39	0.3126	202	0.2246	3577	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.39-3.65	0.2769	194	0.1978	3594	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.65-4.02	0.2328	192	0.1735	3561	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.02-4.59	0.2175	201	0.1519	3606	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.59-5.77	0.2206	190	0.1665	3654	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.78-24.71	0.2217	203	0.1949	3726	X-RAY DIFFRACTION	99.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0537798167569	0.0424355500383	0.0172814040809	0.0316848727734	0.0213403291275	0.0916814940158	-0.0477558936726	-0.0321442220329	0.108675208144	0.0458934143262	-0.0657943278816	0.0322770524211	-0.207056603372	0.0235865196519	-0.213091758155	0.203699590377	-0.0884633182098	-0.00332696126336	-0.0600387404335	0.0725848784694	0.205444884474	-1.80249724737	33.8522213845	54.9059279
2	0.00855334528217	-0.0188820348047	0.00439345672503	0.057694401459	-0.0118014141035	0.00299223161144	0.135101160914	0.0247840171659	-0.107203609152	-0.0502389857616	0.0251392788995	0.100026846342	-0.033344003089	0.0343647202137	0.0017352578071	0.186324594061	-0.0803753269067	-0.0263930473667	0.288783766665	-0.0188676161189	0.242693248492	-27.4333304036	3.28113674322	54.1398898557
3	0.18087255351	0.230725344422	0.159109257374	0.387261656523	0.135910188567	0.145826859738	-0.0763538608707	0.135488597439	-0.196127895403	0.0209378646026	0.191219843453	-0.223225525867	0.093155149537	0.0231869410838	0.207269149488	0.0655580146163	-0.119654278382	-0.0143287963244	0.0725447788567	0.103783535474	0.19572955892	1.71558463918	17.7370598804	46.5684030962
4	0.107786678511	-0.0420408148767	-0.063106737981	0.102954366119	0.0697333653533	0.0643494088703	-0.140958136213	0.153999832427	0.045923175071	-0.06966689947	0.0232046649829	0.0400404840593	-0.123702948568	-0.0905471693379	-0.0627244494568	0.381327963436	-0.12703456113	-0.130281810155	0.401882766255	0.172010896583	0.290340148301	-10.6153986766	33.7345190018	25.8265601339
5	0.0394630366278	0.0381591918381	-0.0218046692824	0.0441692324563	-0.0138737823734	0.0101990546388	-0.0144548329394	0.138004253057	-0.013336519883	-0.102459701912	0.0672069458439	-0.068195343137	-0.0748505330606	0.0953458185074	0.169685789512	0.0499370083324	-0.187296576082	0.11222271358	0.274554769433	-0.0268163410999	0.0390411413635	-29.4957250772	18.8133940639	25.8636485869
6	0.0367853915681	0.0143007488944	0.00599476115918	0.0306243887246	0.000837727654425	0.117827647915	-0.124201281069	0.0125093924177	-0.0412722329769	-0.0324658828541	0.109833904177	0.0249830774967	-0.189894085934	-0.23007008841	-0.00632751838641	0.218734487065	0.0304432518723	-0.0314834808214	0.213881669475	-0.00221050228221	0.180181297389	-55.6992948188	23.7998570207	38.2108893434
7	0.107784587096	-0.0231733982124	0.0195074047526	0.0153512519679	-0.0325404956187	0.0384848218086	-0.101671487002	0.0204202946014	0.026297311698	-0.11206559898	0.0825065561856	-0.0419355587436	-0.182347706891	0.052773144286	-0.0185308544322	0.15106062766	-0.0977679390833	-0.0247025253545	0.155849474757	-0.0254937641061	0.178117551321	-30.2565014242	25.8606249865	38.8629062669
8	-0.00627495770303	0.00838250963779	0.00795838886642	0.00540878655229	-0.00979291257125	0.0202234197762	-0.0616530766133	0.358609228138	-0.11610658051	-0.235991740842	0.0276461123511	-0.0719342541041	0.102153429802	-0.0260278596183	-0.00401768890179	0.306972796359	-0.248310264621	0.144805258898	0.561323843472	-0.172506609993	0.15773747893	-11.7723344367	7.25737619142	8.31088985213
9	0.026592733908	0.0222530768908	0.00320611367467	0.0241636098183	-0.00164948990977	0.00394660875115	-0.0148554126418	0.0227563578135	0.038152075943	-0.0519502417766	0.0364151045243	-0.00626191225867	-0.0574358659984	0.0808364845452	0.0144371684354	0.23868483784	-0.196859915829	0.0693532261082	0.434168256076	-0.161161153812	0.225252800221	-36.3075417278	3.00627855333	15.2112653263
10	0.000983765389468	6.57318203163E-6	9.5751543367E-5	0.00104658373936	0.00122108428976	0.00111930891794	-0.00300797691712	-0.0014166914963	-0.012201813964	0.0239663793669	-0.0134496212792	0.00740718664885	0.00988870802473	0.00150771918459	-4.97186645658E-7	0.409523154325	-0.127342675636	0.00739305515816	0.469970589678	-0.0400324951599	0.42502864152	-31.7698360597	1.23711167102	26.9087333801
11	0.00141605800028	0.00176702559328	0.00175563158719	0.00617082539799	-0.00606754383538	0.0124047977995	0.0132352707657	-0.0279071286411	0.00295940357315	-0.0493209217374	0.00586759377858	-0.00923587296308	0.0690025477151	-0.0188587589243	0.00043531710083	0.234082933351	-0.148752732371	0.0759839855086	0.325756396991	-0.0752275124994	0.258773575563	-47.3269771334	-1.85768018223	26.5885579886
12	0.00218216818537	0.00199363173509	0.00086805191492	0.00182602428346	0.00161550429842	0.00183798712229	-0.0117576646364	-0.00972202434353	-0.0138967268388	-0.00576864536879	-0.0291835516803	0.0281424130593	0.011450073231	-0.0241739000424	9.45186857422E-7	0.25461886093	-0.182208194655	0.0200368284838	0.413902916119	-0.0818777115722	0.376058975902	-56.6665878825	-3.22102811442	15.6178347167

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 24 through 166 )	C	A	24 - 166	1 - 146
2	2	chain 'A' and (resid 167 through 219 )	C	A	167 - 219	147 - 199
3	3	chain 'A' and (resid 220 through 474 )	C	A	220 - 474	200 - 457
4	4	chain 'A' and (resid 475 through 545 )	C	A	475 - 545	458 - 534
5	5	chain 'A' and (resid 546 through 650 )	C	A	546 - 650	535 - 639
6	6	chain 'A' and (resid 651 through 810 )	C	A	651 - 810	640 - 781
7	7	chain 'A' and (resid 811 through 885 )	C	A	811 - 885	782 - 856
8	8	chain 'A' and (resid 886 through 1024 )	C	A	886 - 1024	857 - 995
9	9	chain 'B' and (resid 0 through 86 )	B	B	0 - 86	1 - 90
10	10	chain 'B' and (resid 87 through 100 )	B	B	87 - 100	91 - 104
11	11	chain 'B' and (resid 101 through 132 )	B	B	101 - 132	105 - 136
12	12	chain 'B' and (resid 133 through 152 )	B	B	133 - 152	137 - 156

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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