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- PDB-6zhc: PROTAC6 mediated complex of VHL:EloB:EloC and Bcl-xL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zhc
タイトルPROTAC6 mediated complex of VHL:EloB:EloC and Bcl-xL
要素
  • Bcl-2-like protein 1
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードTRANSCRIPTION / PROTAC complex / targeted degradation / ubiquitin ligase / bifunctional ligand / E3 ligase / Bcl-xL
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / regulation of cellular response to hypoxia / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members ...apoptotic process in bone marrow cell / regulation of cellular response to hypoxia / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / elongin complex / VCB complex / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of growth / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Bcl-2 family protein complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / BH domain binding / intracellular non-membrane-bounded organelle / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ectopic germ cell programmed cell death / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / response to cytokine / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / cellular response to amino acid stimulus / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / cell morphogenesis / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / RAS processing / endocytosis / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / spermatogenesis / protein-containing complex assembly / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Elongin B / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-QL8 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Bcl-2-like protein 1 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Chung, C.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into PROTAC-Mediated Degradation of Bcl-xL.
著者: Chung, C.W. / Dai, H. / Fernandez, E. / Tinworth, C.P. / Churcher, I. / Cryan, J. / Denyer, J. / Harling, J.D. / Konopacka, A. / Queisser, M.A. / Tame, C.J. / Watt, G. / Jiang, F. / Qian, D. / Benowitz, A.B.
履歴
登録2020年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
BBB: Elongin-B
CCC: Elongin-C
DDD: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,56143
ポリマ－65,8244
非ポリマー4,73639
水8,287460
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13990 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area23710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.990, 101.180, 106.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18012.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 12088.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / プラスミド: pCDFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / プラスミド: pCDFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 24879.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817

-
非ポリマー , 5種, 499分子

#5: 化合物 ChemComp-QL8 / 2-[8-(1,3-benzothiazol-2-ylcarbamoyl)-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl]-5-[3-[4-[3-[2-[2-[2-[2-[2-[3-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-1-[(2~{S},4~{R})-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-3-oxidanylidene-propoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]prop-1-ynyl]phenoxy]propyl]-1,3-thiazole-4-carboxylic acid


分子量: 1329.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C68H80N8O14S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Potassium iodide, 0.1 M MES pH 6.5, 23% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→47.27 Å / Num. obs: 59379 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.638 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3945 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LM8,1MAZ

1lm8

1maz


解像度: 1.92→47.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.726 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1957 2910 4.901 %
Rwork0.1694 56468 -
all0.171 --
obs-59378 99.802 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.019 Å20 Å2-0 Å2
2---0.039 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→47.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3957 0 227 460 4644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0134429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.6815991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.191.5999571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4185530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71821.529242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85815724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6741536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02951
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1750.23707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1610.22068
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.21765
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.3130.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2190.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1510.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.414.3042054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4064.3032053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6379.6332588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6369.6362589
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2964.8982375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2954.92376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.20510.5993392
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.20410.6023393
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.32940.1695102
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.1739.4724970
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.970.2792010.2434101X-RAY DIFFRACTION99.3993
1.97-2.0240.2462340.2264014X-RAY DIFFRACTION99.812
2.024-2.0820.232020.2063883X-RAY DIFFRACTION100
2.082-2.1460.2332420.193784X-RAY DIFFRACTION100
2.146-2.2170.1922280.1783638X-RAY DIFFRACTION99.9741
2.217-2.2950.2121870.1623592X-RAY DIFFRACTION99.9735
2.295-2.3810.2251570.1633464X-RAY DIFFRACTION99.9724
2.381-2.4780.2151750.1623317X-RAY DIFFRACTION99.8856
2.478-2.5880.1991570.1673215X-RAY DIFFRACTION99.8815
2.588-2.7140.1861640.1623039X-RAY DIFFRACTION99.9376
2.714-2.8610.1821460.1582929X-RAY DIFFRACTION99.8701
2.861-3.0340.2071340.1532765X-RAY DIFFRACTION99.8278
3.034-3.2430.1861230.1672621X-RAY DIFFRACTION99.6007
3.243-3.5030.2191110.1682439X-RAY DIFFRACTION99.6873
3.503-3.8360.1931150.1632236X-RAY DIFFRACTION99.8302
3.836-4.2870.15930.1482075X-RAY DIFFRACTION99.7699
4.287-4.9480.15770.1371833X-RAY DIFFRACTION99.5829
4.948-6.0530.185790.1791544X-RAY DIFFRACTION99.4485
6.053-8.5310.211500.1981247X-RAY DIFFRACTION99.6925
8.531-47.270.174350.174732X-RAY DIFFRACTION98.3333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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