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- PDB-6zh7: Crystal structure of fatty acid photodecarboxylase in the dark st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zh7
タイトルCrystal structure of fatty acid photodecarboxylase in the dark state determined by serial femtosecond crystallography at room temperature
要素Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / photoenzyme / XFEL / radiation damage free
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid photodecarboxylase / choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / lyase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / STEARIC ACID / Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorella variabilis (植物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hadjidemetriou, K. / Coquelle, N. / Weik, M. / Schlichting, I. / Barends, T.R.M. / Colletier, J.P.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-18-CE11-0021 フランス
French National Research AgencyANR-15-CE32-0004 フランス
引用
ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism and dynamics of fatty acid photodecarboxylase.
著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, ...著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / Carbajo, S. / Cuine, S. / Doak, R.B. / Foucar, L. / Gorel, A. / Grunbein, M. / Hartmann, E. / Hienerwadel, R. / Hilpert, M. / Kloos, M. / Lane, T.J. / Legeret, B. / Legrand, P. / Li-Beisson, Y. / Moulin, S.L.Y. / Nurizzo, D. / Peltier, G. / Schiro, G. / Shoeman, R.L. / Sliwa, M. / Solinas, X. / Zhuang, B. / Barends, T.R.M. / Colletier, J.P. / Joffre, M. / Royant, A. / Berthomieu, C. / Weik, M. / Domratcheva, T. / Brettel, K. / Vos, M.H. / Schlichting, I. / Arnoux, P. / Muller, P. / Beisson, F.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism and dynamics of fatty acid photodecarboxylase
著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, ...著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / Carbajo, S. / Cuine, S. / Doak, R.B. / Foucar, L. / Gorel, A. / Grunbein, M. / Hartmann, E. / Hienerwadel, R. / Hilpert, M. / Kloos, M. / Lane, T.J. / Legeret, B. / Legrand, P. / Li-Beisson, Y. / Moulin, S. / Nurizzo, D. / Peltier, G. / Schiro, G. / Shoeman, R.L. / Sliwa, M. / Solinas, X. / Zhuang, B. / Barends, T.R.M. / Colletier, J.P. / Joffre, M. / Royant, A. / Berthomieu, C. / Weik, M. / Domratcheva, T. / Brettel, K. / Vos, M.H. / Schlichting, I. / Arnoux, P. / Muller, P. / Beisson, F.
履歴
登録2020年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic
B: Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,9428
ポリマ－122,2332
非ポリマー2,7096
水7,098394
1
A: Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4714
ポリマ－61,1171
非ポリマー1,3553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4714
ポリマ－61,1171
非ポリマー1,3553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.390, 60.010, 182.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 77 - 643 / Label seq-ID: 1 - 567

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic / CvFAP


分子量: 61116.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella variabilis (植物) / 遺伝子: FAP, CHLNCDRAFT_28598 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A248QE08, fatty acid photodecarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-STE / STEARIC ACID


分子量: 284.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: batch mode / pH: 5.5
詳細: 19% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 10 mM spermidine

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データ収集

回折平均測定温度: 277.15 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 93061 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 355 % / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.996 / R split: 0.151 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 236 % / Num. unique obs: 6086 / CC1/2: 0.548 / CC star: 0.841 / R split: 0.685 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFEL0.8.0データ削減
CrystFEL0.8.0データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YRU

6yru


解像度: 2→24.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.893 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 4364 4.8 %RANDOM
Rwork0.1963 ---
obs0.198 85938 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.15 Å2 / Biso mean: 29.803 Å2 / Biso min: 11.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.13 Å20 Å2-1.56 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→24.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8417 0 166 394 8977
Biso mean--26.63 32.23 -
残基数----1125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0139001
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.64812244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2861.59719265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.20651174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36521.473455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.944151412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9781571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0210361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021906
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18263 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 340 -
Rwork0.308 6292 -
all-6632 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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