PDB-6zfm: Structure of alpha-Cobratoxin with a peptide inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zfm

タイトル

Structure of alpha-Cobratoxin with a peptide inhibitor

要素

Alpha-cobratoxin
peptide 12

キーワード

TOXIN / cobratoxin / inhibitor / three-finger toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Naja kaouthia (コブラ)

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kiontke, S. / Kummel, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Peptide Inhibitors of the alpha-Cobratoxin-Nicotinic Acetylcholine Receptor Interaction.
著者: Lynagh, T. / Kiontke, S. / Meyhoff-Madsen, M. / Gless, B.H. / Johannesen, J. / Kattelmann, S. / Christiansen, A. / Dufva, M. / Laustsen, A.H. / Devkota, K. / Olsen, C.A. / Kummel, D. / Pless, S.A. / Lohse, B.

履歴

登録	2020年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年12月23日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6zfm.ent.gz	108.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6zfm_validation.pdf.gz	963 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zfm_full_validation.pdf.gz	973 KB	表示
XML形式データ	6zfm_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	6zfm_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zfm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ntnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hor-d 5zz6-1 5e9o-d 1k05-5 1wst-d 2bb3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Alpha-cobratoxin

B: Alpha-cobratoxin

C: peptide 12

D: Alpha-cobratoxin

E: Alpha-cobratoxin

F: peptide 12

ヘテロ分子

34.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.438, 49.438, 289.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain D
1	2	(chain C and (resid 1 through 2 or resid 4 through 9))
2	2	(chain F and (resid 1 through 2 or resid 4 through 9))
1	3	(chain B and (resid 1 through 32 or resid 34 through 35 or resid 37 through 66))
2	3	(chain E and (resid 1 through 32 or resid 34 through 35 or resid 37 through 66))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	1 - 71
2	1	1	chain D	D	1 - 71
1	1	2	(chain C and (resid 1 through 2 or resid 4 through 9))	C	0
2	1	2	(chain F and (resid 1 through 2 or resid 4 through 9))	F	0
1	1	3	(chain B and (resid 1 through 32 or resid 34 through 35 or resid 37 through 66))	B	1 - 32
1	2	3	(chain B and (resid 1 through 32 or resid 34 through 35 or resid 37 through 66))	B	34 - 35
1	3	3	(chain B and (resid 1 through 32 or resid 34 through 35 or resid 37 through 66))	B	37 - 66
2	1	3	(chain E and (resid 1 through 32 or resid 34 through 35 or resid 37 through 66))	E	1 - 32
2	2	3	(chain E and (resid 1 through 32 or resid 34 through 35 or resid 37 through 66))	E	34 - 35
2	3	3	(chain E and (resid 1 through 32 or resid 34 through 35 or resid 37 through 66))	E	37 - 66

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Alpha-cobratoxin / alpha-Cbtx / Alpha-elapitoxin-Nk2a / Alpha-EPTX-Nk2a / Long neurotoxin 1 / Siamensis 3 分子量: 7842.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / 参照: UniProt: P01391
#2: タンパク質・ペプチド	peptide 12 分子量: 1151.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-QJE / 3-[2-[2-[2-[2-[2-(2-azanylethoxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propan-1-ol 分子量: 339.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₃NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Carboxylic acids (sodium formate / ammonium acetate / sodium citrate / sodium potassium tartrate / sodium oxamate), 0.1 M HEPES / MOPS pH7.5, 30.0 % v/v PEG 500 MME / PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→27.645 Å / Num. obs: 45445 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 34.57 Å² / CC_1/2: 0.969 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / Num. unique obs: 2353 / CC_1/2: 0.515

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NTN

1ntn

解像度: 1.9→27.645 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2303	1562	5 %
R_work	0.2011	29662	-
obs	0.2027	31224	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.1 Å² / B_iso mean: 54.08 Å² / B_iso min: 26.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→27.645 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2236	0	16	217	2469
B_iso mean	-	-	57.28	53.75	-
残基数	-	-	-	-	290

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	720	X-RAY DIFFRACTION	3.779	TORSIONAL
1	2	D	720	X-RAY DIFFRACTION	3.779	TORSIONAL
2	1	C	594	X-RAY DIFFRACTION	3.779	TORSIONAL
2	2	F	594	X-RAY DIFFRACTION	3.779	TORSIONAL
3	1	B	68	X-RAY DIFFRACTION	3.779	TORSIONAL
3	2	E	68	X-RAY DIFFRACTION	3.779	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9-1.9613	0.3054	139	0.2793	2660	100
1.9613-2.0314	0.3001	140	0.257	2671	99
2.0314-2.1127	0.2758	152	0.2479	2692	100
2.1127-2.2088	0.2719	173	0.2349	2647	100
2.2088-2.3252	0.2887	142	0.2292	2715	100
2.3252-2.4708	0.3081	128	0.2298	2754	100
2.4708-2.6615	0.2703	141	0.2261	2671	100
2.6615-2.929	0.2516	122	0.2173	2721	100
2.929-3.3523	0.2168	141	0.2104	2701	100
3.3523-4.2211	0.2002	135	0.1725	2722	100
4.2211-27.645	0.1948	149	0.1762	2708	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4818	-1.0748	-2.7545	5.8614	3.2337	3.5278	0.2258	0.2492	0.046	0.5877	-0.0586	0.6096	0.7244	-1.3307	-0.2206	0.5348	-0.013	0.0007	0.4263	0.0834	0.3881	9.5202	-17.7342	37.0018
2	0.3465	-0.1391	0.0221	0.116	0.2268	0.9548	0.1701	0.0516	-0.3313	-0.1099	-0.0121	0.0034	0.5929	0.3242	0.2604	1.1196	0.4952	-0.2057	0.4578	0.0064	0.5072	20.1273	-25.8757	29.0154
3	7.055	-0.045	-0.7618	6.1088	1.1714	0.3058	0.0608	-0.0758	-0.347	0.3413	-0.093	-0.2772	0.2035	1.1003	0.1483	0.3299	0.2135	-0.0621	0.6434	0.0282	0.2948	23.6494	-14.7227	34.8001
4	6.0204	5.4854	6.1495	5.1185	5.7045	6.367	0.4155	-1.95	0.0304	1.1578	-0.8608	0.8776	1.1106	-0.772	0.4938	0.3916	0.0299	0.0585	0.7694	0.0526	0.4599	-8.242	-16.9024	9.6698
5	3.2986	5.1481	2.4255	8.0354	3.7855	1.7834	1.0091	-1.8895	-0.4094	2.6734	-0.8833	0.2299	2.0931	-0.7657	-0.0866	0.9216	-0.0434	0.0394	1.053	0.1479	0.3678	-3.7555	-16.9323	16.5504
6	3.452	-4.7155	2.8887	8.3091	-5.7767	5.773	0.1866	-1.1063	-0.2982	0.2912	-0.1961	0.9582	0.0918	-1.5242	-0.0178	0.3202	0.0411	0.0206	1.0902	-0.0392	0.4496	-13.1038	-12.0593	7.0481
7	5.4428	1.6437	5.3589	0.6231	1.6115	5.3836	-0.1026	0.0103	0.2028	0.0675	0.0523	-0.0734	0.2102	0.0177	0.1153	0.218	0.1269	0.0116	0.3982	0.0486	0.3418	9.6486	-12.2341	12.0471
8	3.8927	-0.6739	4.1281	0.1161	-0.714	4.3764	-0.1312	0.3427	1.1958	0.2698	-0.304	-0.2372	-0.7124	0.1828	0.4058	0.3082	0.06	-0.0081	0.4666	0.1131	0.5339	2.5215	-7.6343	6.9897
9	3.8462	2.2781	2.2682	5.4244	4.6502	4.1242	0.1422	1.0434	-0.7047	-0.7718	-0.1364	-0.7676	-0.7949	0.6963	0.0262	0.3409	0.0313	0.0476	0.5219	0.0595	0.3202	1.8577	-12.6017	1.7102
10	2.265	1.3755	2.0669	6.2093	2.6366	2.2421	0.1841	-0.8061	-0.4172	0.4869	-0.6225	-0.1042	0.8453	-0.3454	0.3976	0.3795	-0.0425	-0.0104	0.6016	0.1223	0.3867	-3.3777	-19.6731	6.2255
11	8.8998	-7.9508	5.0385	8.29	-5.9736	4.6794	0.6869	0.1114	-0.452	-0.5147	-0.1399	-0.0811	1.3159	0.3965	-0.5074	0.5202	0.1773	-0.1543	0.4313	0.0095	0.4289	14.3945	-18.8166	18.45
12	1.9466	3.0517	2.0522	6.3444	2.9356	2.7516	-0.3207	-0.3124	0.2071	0.2504	0.0947	1.0586	-0.7525	-0.8499	0.267	0.3662	0.0528	0.1043	0.5524	0.0405	0.5223	19.0235	-1.1877	13.2809
13	3.2123	2.8016	-4.7085	2.5218	-4.1732	6.9581	-0.3973	1.0306	0.5282	-0.838	0.4151	-0.3579	-1.4991	0.6909	0.0173	0.7385	-0.2688	0.0293	0.6869	-0.0051	0.4318	21.6129	3.0936	5.4367
14	1.2128	0.022	-0.0963	0.2902	0.1437	0.324	0.0222	-0.2233	0.1245	0.0086	0.1168	-0.1276	-0.0896	0.3623	0.1243	0.268	-0.1169	0.0696	1.1888	-0.1327	0.4282	30.7551	-3.7482	21.3377
15	1.609	-0.3048	-0.3422	0.5415	0.2607	0.1518	0.015	-0.7638	0.2329	0.2137	0.1719	-0.3107	-0.2228	0.7526	-0.1434	0.3885	-0.1038	0.1772	1.4076	-0.2452	0.785	35.4702	-5.7529	11.9399
16	6.6851	-1.2965	2.1536	6.8738	-0.6539	0.7032	0.0376	0.2601	-0.4773	-0.3488	-0.0433	-0.2411	0.8184	0.7456	0.1437	0.337	0.2476	0.0533	0.5545	-0.0096	0.4092	24.5863	-13.1057	12.1523
17	7.4791	-4.1873	-2.6158	3.3394	2.6858	2.4141	0.4864	0.8199	0.9562	-1.9161	-0.6549	-0.0363	-1.3101	-0.0616	0.2064	0.6904	0.2076	0.0327	0.3893	0.0427	0.4349	10.564	15.622	37.2913
18	2.4203	2.8257	2.9786	3.3393	3.4072	3.79	0.0842	1.3163	0.8523	-3.1014	-0.1743	-1.3238	-2.5202	1.3494	0.064	0.9508	0.0784	0.1769	0.7317	0.214	0.7834	12.6813	11.7452	30.3519
19	4.9713	-1.9373	-4.877	0.8511	2.4357	7.7694	0.2379	0.2858	0.453	-1.1127	-0.3965	0.1689	-1.6564	-0.7932	0.1534	0.9158	0.3884	-0.0772	0.6142	0.0136	0.4918	3.9142	17.3907	39.9118
20	0.293	-1.0484	-1.0876	6.3977	5.4205	5.3418	-0.1869	0.0453	-0.1099	0.3299	0.1619	0.2197	0.1538	0.2375	0.1324	0.2268	0.1087	0.0282	0.4014	0.0328	0.3091	15.4501	-2.2318	34.9526
21	0.3698	-0.9089	-0.7438	7.6988	6.2916	5.1414	-0.079	0.1952	-0.123	-0.4592	-0.0556	0.6224	-0.5932	-0.6271	0.1127	0.2951	0.1009	0.0222	0.3377	0.0603	0.3245	10.5462	4.0335	35.4456
22	2.5132	-4.1089	0.027	7.0151	0.3182	0.4374	-0.3843	0.2702	-0.7768	0.317	0.0073	0.8249	0.6085	-0.4467	0.3789	0.4884	0.1191	0.2109	0.5105	0.0796	0.5396	5.5878	-0.4468	43.9349
23	8.3563	-5.2238	-5.6842	3.7226	2.4776	6.766	-0.2094	-0.6827	-0.4975	1.2711	-0.0476	-0.9524	0.8953	0.6434	0.2648	0.4803	0.104	-0.0119	0.4229	0.0502	0.4093	11.8936	4.718	45.2972
24	7.2793	-4.7704	-3.4223	5.3292	4.8737	4.7533	-0.2955	0.1918	0.0819	-0.6504	-0.2118	-0.7333	-0.2941	0.6239	0.3288	0.525	0.042	0.1396	0.3431	0.0775	0.4373	15.3559	12.7526	40.7769
25	8.1179	-4.6036	-6.1044	6.9849	4.2561	6.1614	0.1265	-0.3555	0.2129	-0.2446	0.2716	-0.7898	-0.2324	0.9897	-0.4285	0.2872	0.0699	0.0802	0.6493	-0.064	0.3277	23.4944	-3.0742	28.5276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 18 )	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 57 )	A	19 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 71 )	A	58 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 5 )	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 11 )	B	6 - 11
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 12 through 18 )	B	12 - 18
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 19 through 35 )	B	19 - 35
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 36 through 52 )	B	36 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 57 )	B	53 - 57
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 58 through 66 )	B	58 - 66
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 2 through 9 )	C	2 - 9
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 10 )	D	1 - 10
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 11 through 18 )	D	11 - 18
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 19 through 42 )	D	19 - 42
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 43 through 57 )	D	43 - 57
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 58 through 71 )	D	58 - 71
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 1 through 5 )	E	1 - 5
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 6 through 11 )	E	6 - 11
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 12 through 18 )	E	12 - 18
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 19 through 35 )	E	19 - 35
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 36 through 42 )	E	36 - 42
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 43 through 52 )	E	43 - 52
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 53 through 57 )	E	53 - 57
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 58 through 66 )	E	58 - 66
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 2 through 9 )	F	2 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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