PDB-6zfa: Structure of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zfa

タイトル

Structure of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase MANEA in complex with GlcIFG, alpha-1,2-mannobiose and hexatungstotellurate(VI) TEW

要素

Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase

キーワード

HYDROLASE / Golgi / mannosidase / retaining

機能・相同性

機能・相同性情報

glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase activity / N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi / alpha-mannosidase activity / Golgi membrane / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. ...

資金援助

英国,

オーストラリア, 4件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	322942	英国
Australian Research Council (ARC)	DP120101396	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	FT130100103	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP180101957	オーストラリア

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure of human endo-alpha-1,2-mannosidase (MANEA), an antiviral host-glycosylation target.
著者: Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2020年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zfa.cif.gz	101 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zfa.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zdcC 6zdfC 6zdkSC 6zdlC 6zfnC 6zfqC 6zj1C 6zj5C 6zj6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zdl-d 4k7v-d 1oya-d 1bwl-d 4k7y-d 2vnw-d 1oyb-d 4b4f-1 6zdf-1 3qzx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4288341 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.891, 127.891, 48.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / hEndo / Mandaselin 分子量: 44783.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MANEA / プラスミド: pCold-I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SRI9, glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 2alpha-alpha-mannobiose

#7: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 5種, 142分子

#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI) 分子量: 1614.626 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂₄TeW₆
#6: 化合物	ChemComp-IFM / 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / Afegostat / isofagomine / (3R,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-3,4-DIOL / イソファゴミン分子量: 147.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 % / 解説: hexagonal
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM MgCl2, 30% v/v PEG 400 (Alfa Aesar), 1 mM Anderson-Evans polyoxotungstate TEW. Protein at 10 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl buffer.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→110.76 Å / Num. obs: 42149 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.59 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.148 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 16.6 % / R_merge(I) obs: 0.939 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2447 / CC_1/2: 0.782 / R_pim(I) all: 0.237 / R_rim(I) all: 0.969 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS	1.8.4-g04a6c08a-release	データ削減
Aimless	0.6.2	データスケーリング
REFMAC	5.8.0189	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZDK

6zdk

解像度: 1.8→110.757 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2166	2094	4.973 %
R_work	0.1855	40010	-
all	0.187	-	-
obs	-	42104	99.936 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.343 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.893 Å²	-0.447 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.893 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.898 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→110.757 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2942	0	153	136	3231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.215	1.791	4696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.732	1.596	6425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	19.834	5.577	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.832	22.012	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.767	15	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.142	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	702
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.356	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.519	2.42	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.518	2.42	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.291	3.624	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.291	3.626	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.09	2.887	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.09	2.887	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.06	4.501	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.059	4.5	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.036	28.302	3637
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.018	28.181	3613

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.344	156	0.325	2905	0.326	3067	0.665	0.687	99.8044	0.315
1.847-1.897	0.295	165	0.28	2854	0.281	3019	0.776	0.791	100	0.265
1.897-1.952	0.267	137	0.261	2785	0.261	2922	0.841	0.849	100	0.244
1.952-2.012	0.24	153	0.234	2719	0.234	2872	0.872	0.887	100	0.217
2.012-2.078	0.268	132	0.211	2609	0.214	2741	0.874	0.898	100	0.194
2.078-2.151	0.244	124	0.199	2545	0.201	2669	0.898	0.916	100	0.18
2.151-2.233	0.269	133	0.192	2449	0.196	2582	0.904	0.92	100	0.174
2.233-2.324	0.239	111	0.181	2395	0.183	2506	0.927	0.943	100	0.164
2.324-2.427	0.213	125	0.171	2258	0.174	2383	0.935	0.945	100	0.156
2.427-2.545	0.244	119	0.17	2184	0.174	2303	0.924	0.948	100	0.155
2.545-2.683	0.174	109	0.157	2062	0.158	2171	0.958	0.961	100	0.143
2.683-2.846	0.229	127	0.165	1934	0.169	2061	0.935	0.956	100	0.154
2.846-3.042	0.235	82	0.167	1852	0.17	1934	0.936	0.954	100	0.158
3.042-3.285	0.156	83	0.172	1716	0.171	1799	0.969	0.959	100	0.165
3.285-3.599	0.197	93	0.17	1576	0.172	1669	0.961	0.959	100	0.166
3.599-4.023	0.205	64	0.175	1459	0.176	1523	0.954	0.958	100	0.173
4.023-4.644	0.191	54	0.156	1271	0.157	1325	0.97	0.969	100	0.156
4.644-5.685	0.167	60	0.172	1086	0.172	1146	0.968	0.963	100	0.173
5.685-8.03	0.236	35	0.19	869	0.192	904	0.942	0.955	100	0.19
8.03-110.757	0.185	32	0.18	482	0.18	514	0.962	0.968	100	0.192

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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