PDB-6zf1: Keap1 kelch domain bound to a small molecule inhibitor of the Kea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zf1

タイトル

Keap1 kelch domain bound to a small molecule inhibitor of the Keap1-Nrf2 protein-protein interaction

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Keap1 / Nrf2 / Oxidative stress / Small molecule complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Narayanan, D. / Bach, A. / Gajhede, M.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Deconstructing Noncovalent Kelch-like ECH-Associated Protein 1 (Keap1) Inhibitors into Fragments to Reconstruct New Potent Compounds.
著者: Pallesen, J.S. / Narayanan, D. / Tran, K.T. / Solbak, S.M.O. / Marseglia, G. / Sorensen, L.M.E. / Hoj, L.J. / Munafo, F. / Carmona, R.M.C. / Garcia, A.D. / Desu, H.L. / Brambilla, R. / ...

履歴

登録	2020年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6zf1.ent.gz	142.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zf1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zf1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zewC 6zexC 6zeyC 6zezC 6zf0C 6zf2C 6zf3C 6zf4C 6zf5C 6zf6C 6zf7C 6zf8C 5fnuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zf2-d 6sp1-1 6zey-d 5fnt-d 5nkp-1 7k2m-1 6zf4-d 5who-1 7k2a-2 5wiy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.430, 103.430, 55.613
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 分子量: 33362.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-QHK / 5-cyclopropyl-1-[3-[2-hydroxy-2-oxoethyl(phenylsulfonyl)amino]phenyl]pyrazole-4-carboxylic acid 分子量: 441.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₉N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 1.0 M Lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.980202 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月23日 / 詳細: KB mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.980202 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→19.55 Å / Num. obs: 34692 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 22.51 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07524 / R_pim(I) all: 0.02939 / R_rim(I) all: 0.08087 / Net I/σ(I): 14.99
反射シェル	解像度: 1.74→1.804 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.5364 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Num. unique obs: 3343 / CC_1/2: 0.934 / R_pim(I) all: 0.2151 / R_rim(I) all: 0.5792 / % possible all: 95.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	v Mar 15, 2019	データ削減
XDS	v Mar 15, 2019	データスケーリング
PHASER	1.13-2998	位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FNU

5fnu

解像度: 1.74→19.55 Å / SU ML: 0.1648 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.4018 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1842	1735	5 %	Random
R_work	0.1652	32945	-	-
obs	0.1662	34680	99.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→19.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2213	0	72	126	2411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087	2337
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0085	3177
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0652	329
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	415
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5594	1325

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.79	0.2667	137	0.2509	2602	X-RAY DIFFRACTION	95.1
1.79-1.85	0.2484	145	0.2068	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.85-1.92	0.2224	145	0.1861	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.92-1.99	0.1968	143	0.1638	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.99-2.08	0.1917	143	0.169	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.19	0.2189	145	0.168	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.19-2.33	0.1923	145	0.1633	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.33-2.51	0.2093	145	0.1708	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.51-2.76	0.2145	145	0.1715	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.16	0.1715	145	0.1773	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.16-3.98	0.1711	147	0.1647	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-19.55	0.1545	150	0.1404	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.27499596229	-0.749780859112	0.46248938952	1.38595718121	0.0395585146596	3.02576708529	0.0273980483641	0.0673430276337	-0.411029736332	-0.145109733867	-0.246968025283	0.139149872066	0.198908018096	-0.143820330889	0.194628621497	0.235779239344	0.017831367334	-0.0430090590935	0.229924920962	-0.0833743008934	0.369659313742	-42.1456396753	-22.0624317194	-7.46947184297
2	1.54489865954	-0.418786202434	0.466793665745	0.797336024642	0.0167177912403	0.976591192153	0.142565080329	0.273592365992	-0.409936285514	-0.275257294594	-0.153925682146	0.365380579018	-0.0910153988567	-0.0591890012123	0.00913080340636	0.298726188594	0.0605399694557	-0.0515631031833	0.277232026162	-0.0686236392323	0.354557525741	-40.0681958472	-17.6823158094	-12.194846261
3	2.58474719218	-0.138597463259	0.848699398053	1.38938658762	0.314172526501	2.39200498873	0.177841163384	0.175870472282	-0.491648138744	-0.172257547016	-0.0685485568431	0.0823394585132	0.339982656554	0.205980785976	-0.164663100523	0.303082470848	0.0540216623208	-0.034303274643	0.227909341637	-0.0420583549363	0.313130559552	-31.2961319368	-22.3015991634	-8.88487406176
4	1.5292619524	-0.585503042948	0.226483019707	1.59656363128	0.513341010496	0.498084065102	-0.0120746296526	-0.0168243985371	0.0119081783395	0.0268972730285	0.0604782386295	-0.153721501659	-0.0850244075994	0.100178747285	-0.0602209250758	0.228961038967	0.00133966657791	0.0134829062375	0.214465922943	0.0203800339996	0.193935124911	-27.1595570945	-8.3163152961	-0.0854219360246
5	1.84195363559	0.144279244078	-0.872409690448	1.55954050977	-0.75220535452	1.83078433967	-0.11887027182	-0.309853174485	0.0902443822629	0.234520821214	0.0580051684022	-0.146731866572	0.0170233030692	0.0247012211204	0.0443275881041	0.252379305952	0.0213798356719	-0.015403509073	0.249700743623	-0.00123970150906	0.194729520271	-30.6744840275	-1.79576552749	9.05985866028
6	1.9005201349	-0.196046828221	0.116004498174	1.47849288286	0.642186706734	0.785637346973	-0.0928340260839	-0.205287256026	-0.0305960541148	0.178918851072	0.0631770189946	0.140039337898	-0.0165356549213	0.0316075639458	0.0444780929346	0.276820323596	0.0197110198306	0.0618806198807	0.249700571985	0.0218644306566	0.219214643565	-45.1628049309	-2.55263242914	7.36252705563
7	1.93220067579	-0.603962522147	-0.49371112148	2.34382297057	-0.158498157268	2.61679485261	0.035549521736	0.187131287059	-0.323760319554	-0.114049078777	-0.0613130623848	0.608285426493	0.0191596493235	-0.242182846643	-0.0053502731322	0.202004121226	0.00530180841316	-0.0110310430716	0.248477889039	0.0105371089552	0.337286404136	-50.246332083	-9.79494322976	-1.84360221087
8	1.25026733223	0.139645368888	-0.11697424399	0.601801246421	0.797355805613	1.13141494434	-0.012739940172	0.0392777924259	-0.624875200835	0.102697559758	-0.154558097254	0.663149546894	0.12592158512	-0.139439722864	0.147792283286	0.260088429851	-0.0011743931867	0.0767717990653	0.228288681287	0.0151815932274	0.423531845389	-52.9956157501	-13.2786893347	0.498713691379
9	1.07247473961	-0.916366333398	0.267220410486	2.23731240726	0.449185952164	0.472909972673	0.0511648296438	0.267624645198	-0.436881820752	-0.281637259738	-0.160446451432	0.58764840225	0.0270432094815	-0.110006638697	0.0837990526671	0.240556106637	0.00621933242024	-0.0717430426526	0.276640932844	-0.0321237605633	0.402483850238	-48.5438631027	-15.33446268	-8.15097079661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 325 through 341 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 342 through 377 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 378 through 406 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 407 through 475 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 476 through 500 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 501 through 547 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 548 through 569 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 570 through 589 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 590 through 612 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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