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- PDB-6zdu: Structure of telomerase from Candida albicans in complexe with TW... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zdu
タイトルStructure of telomerase from Candida albicans in complexe with TWJ fragment of telomeric RNA
要素
  • Chains: C,D
  • Telomerase reverse transcriptase
キーワードREPLICATION / Telomerase / catalytic core / RNA binding / telomere
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase catalytic core complex / : / telomere capping / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
Candida albicans SC5314 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Zhai, L. / Rety, S. / Chen, W.F. / Auguin, D. / Xi, X.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of N-terminally truncated telomerase reverse transcriptase from fungi‡.
著者: Zhai, L.T. / Rety, S. / Chen, W.F. / Song, Z.Y. / Auguin, D. / Sun, B. / Dou, S.X. / Xi, X.G.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
B: Telomerase reverse transcriptase
C: Chains: C,D
D: Chains: C,D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,2364
ポリマ－222,2364
非ポリマー00
水00
1
A: Telomerase reverse transcriptase
B: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,1852
ポリマ－180,1852
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Chains: C,D
D: Chains: C,D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0512
ポリマ－42,0512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.884, 245.836, 72.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALILEA1 - 693
d_21ens_1VALILEB1 - 693
d_11ens_2GCC
d_21ens_2GCD

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.15930908192, 0.93087034645, -0.328787187278), (0.911593073871, -0.266551268728, -0.312967232804), (-0.378970558338, -0.249861600171, -0.891038998402)-6.10346580538, 31.0038088744, 61.1230053164
2given(0.159679207912, 0.97307020529, -0.166243574723), (0.94172764454, -0.200659164073, -0.269972115935), (-0.296060119012, -0.113447236414, -0.94840820878)-12.6357104084, 25.7622518703, 54.4290271389

-
要素

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase / Telomerase catalytic subunit


分子量: 90092.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: TERT, orf19.5089, CAALFM_C108130CA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1D8PEA0, RNA-directed DNA polymerase
#2: RNA鎖 Chains: C,D


分子量: 21025.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Candida albicans SC5314 (酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M imidazole 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5 0.02 M sodium formate 0.02 M ammonium acetate 0.02 M sodium citrate tribasic dihydrate 0.02 M sodium potassium tartrate tetrahydrate 0.02 M ...詳細: 0.1 M imidazole 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5 0.02 M sodium formate 0.02 M ammonium acetate 0.02 M sodium citrate tribasic dihydrate 0.02 M sodium potassium tartrate tetrahydrate 0.02 M sodium oxamate 12% glycerol and 7 % PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980109 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980109 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→71.9 Å / Num. obs: 23166 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 141.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 3.45→3.788 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.824 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1158 / CC1/2: 0.617 / Rpim(I) all: 0.735 / Rrim(I) all: 1.94 / % possible all: 53.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZDP

6zdp


解像度: 3.45→71.9 Å / SU ML: 0.6035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 40.9535
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3008 1097 4.74 %
Rwork0.2477 22055 -
obs0.2503 23152 63.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 166.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→71.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11450 2788 0 0 14238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.513720592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03712414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00272070
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.89635928
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.64252284518
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.22021669453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.610.695180.3692248X-RAY DIFFRACTION5.77
3.61-3.80.4035620.3362920X-RAY DIFFRACTION22.03
3.8-4.030.3382940.31912030X-RAY DIFFRACTION47.74
4.04-4.350.31441450.28382681X-RAY DIFFRACTION63.43
4.35-4.780.3431530.26093303X-RAY DIFFRACTION76.9
4.78-5.480.32361780.26423991X-RAY DIFFRACTION92.3
5.48-6.90.37832270.29884343X-RAY DIFFRACTION100
6.9-71.90.24712300.20784539X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.35441722434.29302535186-2.260046948426.39423440456-1.49262099872.16699059312-0.252305879052-0.06529482932850.561484827166-0.1954980485820.3516063402990.09783934979070.517857848851-0.111264715247-0.07161276272660.7588473399910.130429595174-0.02706452598520.618758646305-0.04018571726250.27026219811963.222735112614.794457740840.6242742268
22.62135461855-1.20397495032.921242430081.902635435510.1432371592311.964143823350.2863555634-0.611168667109-0.513383238957-0.0456247907975-0.1659180365550.1209729749130.390048177162-0.120235541911-0.0809572714090.815394463794-0.1470637962560.1271362545460.8318774604060.2909657879010.99605535458730.01339135064.6361221660531.7070792128
32.60995506433-1.78100447806-0.2938743971875.3370166465-3.160891257074.699901808820.6944468322780.662156701117-0.426621721872-0.540539669001-0.711288466789-0.7508420803880.7210398713970.980500025141-0.002029115291021.105647200050.05804353487420.02878056930510.793037328334-0.116435036520.78343014876127.03633181235.3686743951918.9158153678
42.717705688761.10271523293-0.3739237288534.22247864928-0.4291023180660.8050929237480.254375498848-1.164507950640.4615980088310.68911281166-0.3683754170540.649777586960.0577357411299-0.4167778850.1060364632550.7363212237410.038306707254-0.0775526307431.18504431314-0.02735154630240.69314076623923.266109376924.702259539542.4473786743
51.975820456920.379739922034-2.555343535522.21327534645-1.263970678542.06480843586-0.3601359171890.06024257820350.434880627911-0.3955757035720.1813909590260.787604461359-0.281453224516-0.6318969746560.1852053339131.358540921450.114941971897-0.6449981393771.230945094710.131748649791.6621031630.011012623598468.99257897380.897282950036
61.85887475888-1.186340798991.630729823760.5363362452420.269156511240.06966509155-0.464586242605-0.2836832506670.880850817853-0.6632566174910.2459247557680.85085523225-0.416701439372-0.1763577828690.2402771097321.183960767920.023737985224-0.3205927439541.154240680670.1051889828971.83019374711-2.1216353293445.16715462726.7921545129
74.56140492985-0.54963619185-0.2218615213914.52864244079-0.2281942878552.188066243960.1061989327510.515708484266-0.0890639230061-1.16796459709-0.1647142331110.3588472415880.562855355177-0.426165971235-0.01909460499661.27514280314-0.0162733109524-0.5164701128830.7899342225530.1609414340450.5699957226956.3649522790232.63484133818.45835980615
81.60547093797-0.900578913473-1.130447742413.83208490485-3.134935969985.312402914561.424319717510.4272108073510.7505893800971.28495278747-3.3961912374-1.48568962011-0.535667829082.057101133161.712671913941.610657114910.2301095271880.3157972910612.215594867690.5422464725981.2208382511187.254326231250.376429470628.8456984724
93.48010510571.97319164971-0.9463640846941.63841785349-2.559654329278.87595046149-1.45239542572-0.9766959842071.93770313821.565627680760.134906335241-4.568989410631.486301585392.610313150231.216855116921.344694255440.357744322379-0.3953206971131.431057659980.04269168435031.5689921128188.440354044924.96474204925.1683076066
104.72503173012-3.12747637025-3.19935163331.99131613255-0.6003356836133.46868990763-0.8638357369662.14753672251-3.35122392106-3.363368004040.301795480771.082001753923.015034167451.786670259010.818277440511.790379156570.669369768905-0.009968637021252.05254692174-0.2503979609991.2589622817785.28084620257.1753800593132.5197362366
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124.36942920803-1.33683987363-1.103838302930.5880483942190.565926542650.51010787947-0.5122259112310.247877007130.0529546794172-0.8809037863160.660347819883-1.38159674727-0.8651904022720.1459737640610.02821818909160.923478314074-0.1851662904160.2322761669170.982197498146-0.01462647000681.804902970558.783724753843.082004354928.7203659278
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 155 through 362 )AA155 - 3621 - 208
22chain 'A' and (resid 363 through 509 )AA363 - 509209 - 355
33chain 'A' and (resid 510 through 619 )AA510 - 619356 - 445
44chain 'A' and (resid 620 through 867 )AA620 - 867446 - 693
55chain 'B' and (resid 155 through 408 )BB155 - 4081 - 254
66chain 'B' and (resid 409 through 619 )BB409 - 619255 - 445
77chain 'B' and (resid 620 through 867 )BB620 - 867446 - 693
88chain 'C' and (resid 1259 through 1264 )CC1259 - 1264
99chain 'C' and (resid 1265 through 1274 )CC1265 - 1274
1010chain 'C' and (resid 1275 through 1279 )CC1275 - 1279
1111chain 'C' and (resid 1280 through 1290 )CC1280 - 1290
1212chain 'C' and (resid 1291 through 1300 )CC1291 - 1300
1313chain 'C' and (resid 1301 through 1310 )CC1301 - 1310
1414chain 'C' and (resid 1311 through 1320 )CC1311 - 1320
1515chain 'C' and (resid 1321 through 1326 )CC1321 - 1326
1616chain 'D' and (resid 1259 through 1269 )DD1259 - 1269
1717chain 'D' and (resid 1270 through 1279 )DD1270 - 1279
1818chain 'D' and (resid 1280 through 1295 )DD1280 - 1295
1919chain 'D' and (resid 1296 through 1300 )DD1296 - 1300
2020chain 'D' and (resid 1301 through 1305 )DD1301 - 1305
2121chain 'D' and (resid 1306 through 1310 )DD1306 - 1310
2222chain 'D' and (resid 1311 through 1320 )DD1311 - 1320
2323chain 'D' and (resid 1321 through 1326 )DD1321 - 1326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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