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- PDB-6zdk: Structure of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zdk
タイトルStructure of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase MANEA in complex with HEPES and hexatungstotellurate(VI) TEW
要素Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase
キーワードHYDROLASE / Golgi / mannosidase / retaining
機能・相同性
機能・相同性情報


glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase activity / N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi / alpha-mannosidase activity / Golgi membrane / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 99 / Glycosyl hydrolase family 99 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-tungstotellurate(VI) / Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. ...Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J.
資金援助 英国, オーストラリア, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)322942 英国
Australian Research Council (ARC)DP120101396 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130100103 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP180101957 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure of human endo-alpha-1,2-mannosidase (MANEA), an antiviral host-glycosylation target.
著者: Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2020年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8906
ポリマ－44,7831
非ポリマー5,1065
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.968, 128.968, 48.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / hEndo / Mandaselin


分子量: 44783.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MANEA / プラスミド: pCold-I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SRI9, glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI)


分子量: 1614.626 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O24TeW6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM MgCl2, 30% v/v PEG 400 (Alfa Aesar), 1 mM Anderson-Evans polyoxotungstate TEW. Protein at 10 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl buffer.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→64.48 Å / Num. obs: 31607 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2282 / CC1/2: 0.411 / Rpim(I) all: 0.45 / Rrim(I) all: 0.869 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALS1.8.3-g908a951f-releaseデータ削減
Aimless0.6.1データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZDF

6zdf


解像度: 2→64.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.159 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1554 4.936 %
Rwork0.1956 29927 -
all0.198 --
obs-31481 99.592 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.779 Å2-0.89 Å2-0 Å2
2---1.779 Å20 Å2
3---5.772 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→64.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2986 0 109 165 3260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0133284
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0172716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9631.8024764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3181.5736328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.135365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78922.139173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8815489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7551517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1960.22604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21520
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.21439
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0330.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2320.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2660.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1850.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8043.281451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7753.2781450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7934.9121813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7984.9161814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2453.9441833
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2243.5321663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4596.22853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6175.2012434
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.31738.2533682
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.2937.9963642
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.0520.3351220.3562216X-RAY DIFFRACTION99.2781
2.052-2.1090.3671150.342101X-RAY DIFFRACTION99.6403
2.109-2.170.324980.3042082X-RAY DIFFRACTION99.6344
2.17-2.2370.3031150.2832042X-RAY DIFFRACTION99.9537
2.237-2.310.293980.2651948X-RAY DIFFRACTION99.9023
2.31-2.3910.263860.2461930X-RAY DIFFRACTION99.7526
2.391-2.4810.257940.2241832X-RAY DIFFRACTION99.7411
2.481-2.5820.254980.2071763X-RAY DIFFRACTION99.8926
2.582-2.6970.274970.2191699X-RAY DIFFRACTION99.7778
2.697-2.8290.2931010.2111603X-RAY DIFFRACTION99.4746
2.829-2.9820.25760.1941534X-RAY DIFFRACTION99.6904
2.982-3.1620.273680.2081478X-RAY DIFFRACTION99.9354
3.162-3.380.217840.1891374X-RAY DIFFRACTION99.5222
3.38-3.6510.241640.1831277X-RAY DIFFRACTION99.7026
3.651-3.9990.22550.1581198X-RAY DIFFRACTION99.6818
3.999-4.470.17390.1251093X-RAY DIFFRACTION98.951
4.47-5.1610.147540.131916X-RAY DIFFRACTION97.5855
5.161-6.3170.208340.15833X-RAY DIFFRACTION99.8848
6.317-8.9190.177280.139645X-RAY DIFFRACTION100
8.919-64.480.151280.154363X-RAY DIFFRACTION99.2386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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