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- PDB-6zd3: Crystal structure of YTHDC1 M438A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zd3
タイトルCrystal structure of YTHDC1 M438A mutant
要素YTH domain containing 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / m6A / complex / inhibitor
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Bedi, R.K. / Li, Y. / Caflisch, A.
資金援助 スイス, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_189363 スイス
Swedish Research CouncilVR 2019-00608 スウェーデン
引用ジャーナル: J Chem Theory Comput / 年: 2021
タイトル: Atomistic and Thermodynamic Analysis of N6-Methyladenosine (m 6 A) Recognition by the Reader Domain of YTHDC1.
著者: Li, Y. / Bedi, R.K. / Wiedmer, L. / Sun, X. / Huang, D. / Caflisch, A.
履歴
登録2020年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: YTH domain containing 1
A: YTH domain containing 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,60310
ポリマ－41,8142
非ポリマー7898
水9,908550
1
B: YTH domain containing 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6008
ポリマ－20,9071
非ポリマー6937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: YTH domain containing 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0032
ポリマ－20,9071
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.710, 103.130, 42.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.422, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 YTH domain containing 1


分子量: 20907.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M bis-tris, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→40.79 Å / Num. obs: 88036 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.55 % / Biso Wilson estimate: 13.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.71
反射 シェル解像度: 1.25→1.33 Å / Num. unique obs: 13842 / CC1/2: 0.519

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4r3h

4r3h


解像度: 1.25→40.79 Å / SU ML: 0.1698 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.6324
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 4390 5 %
Rwork0.1921 83362 -
obs0.1931 87752 97.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→40.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2455 0 44 550 3049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00562692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80993675
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0826403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6303378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.260.39181350.3592568X-RAY DIFFRACTION90.07
1.26-1.280.35991440.34922730X-RAY DIFFRACTION93.65
1.28-1.290.33571380.32992640X-RAY DIFFRACTION95.27
1.29-1.310.39481450.32532742X-RAY DIFFRACTION94.97
1.31-1.330.32061430.31512712X-RAY DIFFRACTION94.69
1.33-1.350.29731440.30752736X-RAY DIFFRACTION95.62
1.35-1.370.31881430.28892728X-RAY DIFFRACTION95.48
1.37-1.390.28211440.28062719X-RAY DIFFRACTION95.88
1.39-1.410.32741430.27272733X-RAY DIFFRACTION95.74
1.41-1.430.31081450.26782748X-RAY DIFFRACTION96.11
1.43-1.460.28881450.26752759X-RAY DIFFRACTION96.74
1.46-1.480.25571460.24692760X-RAY DIFFRACTION96.54
1.48-1.510.28841470.23362793X-RAY DIFFRACTION97.25
1.51-1.540.25811430.21752725X-RAY DIFFRACTION96.73
1.54-1.570.22911470.20492798X-RAY DIFFRACTION97.36
1.57-1.610.2331480.19622798X-RAY DIFFRACTION97.61
1.61-1.650.20961480.19762808X-RAY DIFFRACTION97.69
1.65-1.70.2161470.19062788X-RAY DIFFRACTION97.9
1.7-1.750.21821460.19852786X-RAY DIFFRACTION97.99
1.75-1.80.21671490.19282834X-RAY DIFFRACTION98.25
1.8-1.870.22531480.19612814X-RAY DIFFRACTION98.77
1.87-1.940.21741490.18632817X-RAY DIFFRACTION98.54
1.94-2.030.21381490.18092829X-RAY DIFFRACTION98.84
2.03-2.140.22021490.1742840X-RAY DIFFRACTION98.81
2.14-2.270.20871500.17332840X-RAY DIFFRACTION99.17
2.27-2.450.20241490.17852839X-RAY DIFFRACTION99.07
2.45-2.690.21411500.18112846X-RAY DIFFRACTION99.21
2.69-3.080.21221510.18282873X-RAY DIFFRACTION99.51
3.08-3.880.16061510.15682857X-RAY DIFFRACTION99.37
3.88-40.790.15771540.16232902X-RAY DIFFRACTION99.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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