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- PDB-6zcd: VEGF-A 13:107 crystallized with 1C bicyclic peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zcd
タイトルVEGF-A 13:107 crystallized with 1C bicyclic peptide
要素
  • Derived from V114 peptide
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / growth factor / peptide ligand / lactam bridge / alpha-helix stabilization / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / lung vasculature development / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / endothelial cell chemotaxis / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of protein localization to early endosome / eye photoreceptor cell development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / neuropilin binding / coronary artery morphogenesis / induction of positive chemotaxis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of blood vessel branching / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / endothelial cell proliferation / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / epithelial cell maturation / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of positive chemotaxis / cardiac muscle cell development / sprouting angiogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / positive chemotaxis / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / monocyte differentiation / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / mammary gland alveolus development / neuroblast proliferation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / heart morphogenesis / cell maturation / ovarian follicle development / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gaucher, J.-F. / Broussy, S. / Reille-Seroussi, M.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2022
タイトル: Structural and ITC Characterization of Peptide-Protein Binding: Thermodynamic Consequences of Cyclization Constraints, a Case Study on Vascular Endothelial Growth Factor Ligands.
著者: Gaucher, J.F. / Reille-Seroussi, M. / Broussy, S.
履歴
登録2020年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Derived from V114 peptide
V: Vascular endothelial growth factor A
W: Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8829
ポリマ－24,1963
非ポリマー6866
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Kd VEGF:peptide 1C = 38nM in hepes/NaOH 50mM pH 7.5 NaCl 150mM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.644, 55.699, 77.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Derived from V114 peptide


分子量: 1938.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: DERIVED FROM V114 PEPTIDE FROM GENENTECH INC.; CG of ASP 14 and NZ of LYS 10 covalently linked by lactam bridge;
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11128.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGFA, VEGF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P15692
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: (VEGF)2:2 PEPTIDE_1C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 13.5MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. MIX 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : NAOAC/HCL 100MM PH 4.5 / MPD 35% (V/V) / (NH4)2PO4 150MM

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.272 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→53.64 Å / Num. obs: 22094 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 23.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.902 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1271 / CC1/2: 0.957 / Rpim(I) all: 0.419 / Rrim(I) all: 0.951 / Χ2: 0.76 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.18_3855位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FLT

1flt


解像度: 1.8→45.17 Å / SU ML: 0.2205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4028
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 1127 5.14 %
Rwork0.1899 20819 -
obs0.1924 21946 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1669 0 45 124 1838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14172408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0629247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0496687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.880.34751360.29342533X-RAY DIFFRACTION99.44
1.88-1.980.29671420.25072565X-RAY DIFFRACTION99.23
1.98-2.110.25811400.20962545X-RAY DIFFRACTION99.59
2.11-2.270.26071400.19492586X-RAY DIFFRACTION99.74
2.27-2.50.21791390.18972580X-RAY DIFFRACTION99.31
2.5-2.860.27651530.19852598X-RAY DIFFRACTION99.85
2.86-3.60.2591520.18062608X-RAY DIFFRACTION99.14
3.6-45.170.19031250.1682804X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.303324042360.63523265238-5.158564990795.90039908263-1.068240391245.04849332713-0.1492436938460.287799532559-0.00557581299887-0.253174694182-0.1799505001290.657313253388-0.20107467819-0.8089246003680.3023952491010.3811800783490.00410739738414-0.03802667363770.27711814397-0.02991824514720.30097847925821.16799441956.951366186038.05202862445
24.863609678425.00831476032-4.910978153645.1552907764-5.03664085755.015044487770.303362152678-0.383574296321-0.4104411615210.86101399529-0.494426759307-0.684364676174-0.2348625419380.1713151741560.2846513065710.446569769601-0.0221854190137-0.0239956665120.2202491217310.02553761070220.26954392988330.998259523322.0063808867-6.99147110945
31.014435725871.3620060094-0.9910542169869.19088607882-3.579931809113.65699063127-0.0224663916239-0.0537695558858-0.162029527177-0.0988984506458-0.38856888814-0.9256290518650.3672900599790.4539704410260.4354953663320.3451921915070.0480784224586-0.02072554456580.3163955540080.02952633017670.2654401154733.418082714320.1517920309-7.85758231221
40.8872354240670.632479576335-0.6152624095118.09291369005-3.115001959323.573881342160.09307692482050.03206719779380.00140025931665-0.381562465025-0.248756105241-0.2396877369770.005656475505040.235345590.1677482570730.3452283012480.02695639346070.009161282964310.235387384010.02812651440150.16918778230430.509329625326.8281062217-15.0391764036
53.66943449214-2.57997262801-3.062275956094.127409730970.01584175533374.53518462970.1515227382460.178194208617-0.419531545057-0.315031210519-0.299897760182-0.01412356385062.165718797220.57475372903-0.1062984284780.8337371174490.1014763479610.008595620480530.354824521107-0.01513284138920.31116851643829.02000288914.63791484497-9.59928517604
68.412493807281.732479313375.743338226246.372216714321.883674221754.53524716927-0.149938450136-0.2696413065640.1325035557950.328253773594-0.1162550191330.507730345086-0.406540634393-1.043845189120.3319214820650.3845962037370.02846755314760.0655958384170.256790640856-0.04808998586110.26988900134722.812801429833.0526514186-7.79638975616
77.50553888161-5.78575109835.308166766279.68580610891-6.249625562958.762962069020.1763437379930.4736378018130.00370348671844-0.270929347245-0.17675933046-0.0734230312896-0.07481612410280.8723179870410.05624140534110.416198307914-0.04209474934850.06427905717530.319805781023-0.04646322011010.19383417445331.019836535616.18238390116.24324739462
88.705464921061.39864875143-5.46438798951.57356124436-3.445322585938.3144764371-0.7948949867850.283963839133-0.773497895915-0.725165804801-0.4371047154470.6485735230460.878868896626-0.7019437234350.527188672860.7179579290790.102729080441-0.09904468206980.881843203631-0.4644041621080.73114558147340.33957371996.1764937159714.1756710733
91.0299632774-0.8880246319390.3824238925713.11160506059-3.519110685084.629129304220.07541420893460.05968954090430.177222547765-0.0865726518383-0.170159126405-0.270200788322-0.3797160620070.3829506165930.1222076838320.399757798149-0.01433192181630.02968416291560.296006288050.003670058058180.18743164846431.280540905119.70042639175.13788816749
102.314025242711.67311956647-0.6563943189274.242418698570.02731371188482.77829901730.0511051498441-0.0556501215317-0.2399733836610.3551138727840.00426934369001-0.2338166054570.2014809262470.506121020845-0.05415665440720.4150846204650.053248059624-0.04377274786430.327010730693-0.006891077908430.18855300163730.864501561911.935563404313.8042922482
111.164828546560.94992097895-0.3462676717814.22854966707-3.986289005264.60330216030.0760711783911-0.09075043097470.08534838681860.305438842668-0.008189134945780.176963369346-0.3704662365770.343515058429-0.01096958801240.390840212044-0.01644949517910.01668069728070.294820543308-0.03063075131350.18741247713229.643030904519.74313892613.1572726326
128.11214560038-4.711603303613.998568237147.24605000633-3.347840920579.30271839809-0.1630538556320.4154572004971.73200070073-0.576419757433-0.576417381919-0.714713050809-2.96078504132-0.1914679564080.78482275541.44064428885-0.007660361245870.08422154245840.587215091954-0.05062595130740.65622646943727.436484301843.00181015781.00138870767
133.754177867371.28852738283-2.245983998490.442132258402-0.7709479293951.34347828483-0.2671956812350.7010144927562.180482564870.3035533406980.0791135228290.502578094856-3.154230240790.002775688048620.2663173050591.718689266580.0496811151182-0.3706477885550.6272892647160.08851089830540.82277151401224.479933613146.3040843586-8.21855185435
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'V' and (resid 13 through 26 )VB13 - 261 - 14
22chain 'V' and (resid 27 through 38 )VB27 - 3815 - 26
33chain 'V' and (resid 39 through 65 )VB39 - 6527 - 56
44chain 'V' and (resid 66 through 99 )VB66 - 9957 - 90
55chain 'V' and (resid 100 through 107 )VB100 - 10791 - 98
66chain 'W' and (resid 13 through 26 )WC13 - 261 - 14
77chain 'W' and (resid 27 through 38 )WC27 - 3815 - 26
88chain 'W' and (resid 39 through 45 )WC39 - 4527 - 33
99chain 'W' and (resid 46 through 65 )WC46 - 6534 - 53
1010chain 'W' and (resid 66 through 88 )WC66 - 8854 - 78
1111chain 'W' and (resid 89 through 107 )WC89 - 10779 - 97
1212chain 'P' and (resid 1 through 8 )PA1 - 81 - 8
1313chain 'P' and (resid 9 through 15 )PA9 - 159 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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