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万見
- PDB-6zb8: Exo-beta-1,3-glucanase from moose rumen microbiome, active site m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zb8
タイトルExo-beta-1,3-glucanase from moose rumen microbiome, active site mutant E167Q/E295Q
要素Exo-beta-1,3-glucanase variant E167Q/E295Q
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / Exo-beta-1 / 3-glucanase / family GH5_44 / active-site mutant
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Kalyani, D.C. / Reichenbach, T. / Aspeborg, H. / Divne, C.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-03877 スウェーデン
引用ジャーナル: Enzyme.Microb.Technol. / 年: 2021
タイトル: A homodimeric bacterial exo-beta-1,3-glucanase derived from moose rumen microbiome shows a structural framework similar to yeast exo-beta-1,3-glucanases.
著者: Kalyani, D.C. / Reichenbach, T. / Aspeborg, H. / Divne, C.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exo-beta-1,3-glucanase variant E167Q/E295Q
B: Exo-beta-1,3-glucanase variant E167Q/E295Q
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8194
ポリマ－90,7592
非ポリマー3,0602
水11,241624
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The dimeric state was confirmed deduced from gel filtration, chemical cross-linking, ThermoFluor, PISA analysis and from the crystal-structure analysis.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area26910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.630, 87.790, 70.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Exo-beta-1,3-glucanase variant E167Q/E295Q


分子量: 45379.711 Da / 分子数: 2 / 変異: E167Q, E295Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: An active-site loop is disordered in the model and has therefore not been modeled.
由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1R / 参照: glucan 1,3-beta-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TrisHCl pH 8.5, 0.2M MgCl, 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.826561 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez mirror pair
放射モノクロメーター: Si (111), double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.826561 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→29.35 Å / Num. obs: 139214 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 10636 / CC1/2: 0.373 / % possible all: 70.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Wild-type structure solved by MR-SAD

解像度: 1.35→29.35 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1625 2000 1.44 %
Rwork0.1528 --
obs0.1529 139209 95.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6088 0 41 624 6753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086343
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0078572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0442368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.38380.26271020.31027028X-RAY DIFFRACTION69
1.3838-1.42120.30821170.297974X-RAY DIFFRACTION78
1.4212-1.4630.281330.26929142X-RAY DIFFRACTION89
1.463-1.51020.27781480.237310162X-RAY DIFFRACTION99
1.5102-1.56420.22731490.209910196X-RAY DIFFRACTION100
1.5642-1.62680.20561490.187810227X-RAY DIFFRACTION100
1.6268-1.70080.19521490.178510243X-RAY DIFFRACTION100
1.7008-1.79050.17861500.161910299X-RAY DIFFRACTION100
1.7905-1.90270.15461500.147110258X-RAY DIFFRACTION100
1.9027-2.04950.16531490.134610282X-RAY DIFFRACTION100
2.0495-2.25570.14481510.129410332X-RAY DIFFRACTION100
2.2557-2.5820.14841500.131410289X-RAY DIFFRACTION100
2.582-3.25230.16381500.140710349X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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