PDB-6zak: Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zak

タイトル

Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in complex with the Fe(IV)=O mimic VO and ACV.

要素

Isopenicillin N synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / oxygen binding / XFEL / time-resolved crystallography

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. ...

資金援助

英国,

米国, 13件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	106244/Z/14/Z	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	106244/Z/14/Z	英国
Wellcome Trust	210734/Z/18/Z	英国
Royal Society	RSWF/R2/182017	英国
Wellcome Trust	102593	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	102593	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S50676X/1	英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM133081	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117126	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM110501	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM126289	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DOE BES DE-AC02-05CH11231	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DOE BES DE-AC02-76SF00515	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in complex with the Fe(IV)=O mimic VO and ACV.
著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. / Brem, J. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Hunter, M. ...

履歴

登録	2020年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zak.cif.gz	246.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zak.ent.gz	164.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6zak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6zak	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1blzS 6db2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1oc1-d 6zap-d 1odn-d 1w3x-d 2jb4-d 2ivj-d 2bjs-d 1hb1-d 4bb3-d 6zaq-d 6zaf-d 6zan-d 2ivi-d 6zal-d 6zah-d 2y60-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isopenicillin N synthase

ヘテロ分子

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.790, 75.564, 101.724
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isopenicillin N synthase / IPNS 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₅N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-VVO / oxovanadium(2+) 分子量: 66.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: OV / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.92 % / 解説: needles - size range 40-60um x 3 um x 3 um
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: 1.7 M Li2So4, 0.1 M TRIS pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: room-temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.23997 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.23997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→34.41 Å / Num. obs: 48446 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 35.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.66 Å² / CC_1/2: 0.936 / R split: 0.239 / Net I/σ(I): 32.942
反射シェル	解像度: 1.54→1.566 Å / 冗長度: 11.56 % / Mean I/σ(I) obs: 0.706 / Num. unique obs: 2360 / CC_1/2: 0.026 / R split: 1.269 / % possible all: 99.92
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
cctbx.xfel		データ削減
PHASER		位相決定
cxi.merge		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BLZ

1blz

解像度: 1.54→34.41 Å / SU ML: 0.369 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3259 / 位相誤差: 28.9474
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	1974	4.1244 %
R_work	0.1966	45887	-
obs	0.1978	47861	98.6784 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.4261 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→34.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2583	0	31	195	2809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.010258	2739
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.00168	3747
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059667	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007271	499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.483413	1613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5401-1.5786	0.5216	119	0.4716	2761	X-RAY DIFFRACTION	85.0059
1.5786-1.6212	0.4001	138	0.3935	3191	X-RAY DIFFRACTION	97.5674
1.6212-1.6689	0.2816	141	0.3275	3294	X-RAY DIFFRACTION	98.9628
1.6689-1.7228	0.3265	139	0.2766	3240	X-RAY DIFFRACTION	99.8522
1.7228-1.7844	0.2498	141	0.2545	3275	X-RAY DIFFRACTION	99.9707
1.7844-1.8558	0.2732	141	0.2371	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8558-1.9403	0.2742	141	0.226	3294	X-RAY DIFFRACTION	99.9709
1.9403-2.0426	0.2571	142	0.2051	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0426-2.1705	0.2361	143	0.1897	3314	X-RAY DIFFRACTION	99.9711
2.1705-2.3381	0.2203	144	0.1798	3330	X-RAY DIFFRACTION	99.9425
2.3381-2.5733	0.2388	142	0.1846	3313	X-RAY DIFFRACTION	99.9711
2.5733-2.9455	0.2227	144	0.1854	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9455-3.7103	0.1955	146	0.1715	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7103-34.41	0.1776	153	0.163	3553	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5352453122	-0.561114009176	0.596413711796	4.59660707661	3.07248543757	6.53059433187	-0.00920758674882	-0.171481703267	0.0699692835308	0.225695076581	-0.0319615819031	-0.0762857498935	0.062624678753	-0.133186151718	0.0384364085299	0.124652403024	-0.0347225799325	0.0261609469572	0.173164214341	0.0341791359269	0.142330167484	-15.9089563505	-3.31855586422	15.3005635916
2	1.98730558946	-0.188855414869	0.13446041636	0.811544990552	-0.345249133539	5.18668668261	0.0255583115262	0.0760434637875	0.0212348403661	-0.0754231270486	0.0878462124616	0.146055665916	-0.343469551261	-0.445208510766	-0.117111202686	0.154260565458	-0.0307711025043	-0.0112863139218	0.166458656595	0.00678152453667	0.206108424031	-22.4699513752	0.46609847045	-1.8965191575
3	2.04684671243	0.545012205226	-0.663231244783	5.47596002017	0.811027034552	7.79190862677	0.0400350639283	0.241886554335	0.0775088009633	-0.121690898017	0.0424819418564	0.0520875990687	-0.35407891531	-0.118456478251	-0.0841144806633	0.246311421249	-0.00340679474447	0.00968914150333	0.180010117984	0.0280260506303	0.146973821305	-11.3266444682	6.49944973723	-24.4429618867
4	1.62197512439	0.596270634275	0.347468632872	2.67709720863	0.491177881383	2.79054459526	-0.0193565135345	0.224114887429	0.138133167935	-0.208355782548	0.0241373758645	-0.0618844890777	-0.523463509558	0.0578985606149	0.000812447371386	0.289911561186	-0.00826906709753	0.020182043411	0.187536151959	0.046875343431	0.162564497092	-9.67136531192	10.5157274279	-14.1395147524
5	2.8211203671	-2.05995587988	3.28900518609	2.89785343957	-3.00348627998	4.52717856381	0.0332081169355	-0.046481235499	0.174475251494	-0.0230503790127	-0.0353356757465	0.0719585034557	-0.394845767678	-0.0533976877782	0.0434330809404	0.218978913105	0.00519202922435	0.0103335126867	0.16477288905	-0.0150835586984	0.166189076962	-14.857925293	8.78436897243	2.98852554775
6	0.672166718444	-0.614894353667	0.982951393595	2.34092612301	-2.77636440942	3.74454478597	0.00976812919666	-0.10524152417	0.176336498788	0.253231764976	0.0287804452664	-0.0822370099075	-0.965450518344	0.534560792499	0.099383908202	0.28325038372	-0.0848920185576	0.00375598641273	0.230207914709	-0.0209303087227	0.209165463837	-4.81678937572	10.6865378232	8.64902441337
7	1.41051236783	0.0519277585537	0.504099596258	1.28980583278	0.288348750031	2.63186281435	0.0201489862123	0.0352956556599	-0.129952638261	-0.0363415070097	0.0207720758339	0.0119794534285	0.107559449853	0.0757363146062	-0.0500737251132	0.117885461049	-0.00226713349316	0.0132547058815	0.136783149813	0.00532389513271	0.158575918293	-11.5606480006	-9.2130771541	-3.28811050612
8	1.75785118592	0.465474773486	0.179195503255	2.36171954856	0.199976198664	2.1223862541	0.0452552883805	0.0533525787963	0.0467486656389	-0.0381213142885	-0.0614127807197	-0.0767157169834	-0.158603693708	0.10488351712	-0.00112521030671	0.127684608491	-0.00933116193629	0.0144362666615	0.137501577024	0.0202886020915	0.121834092576	-9.57250315917	-1.60927875057	-3.93801525551
9	4.41991716807	3.6421840837	-4.84441363206	7.41369288405	-5.02629186768	5.56260519608	0.417296811022	-0.566394111635	-0.231490362448	0.584924447074	-0.62492268503	-0.179493490994	0.0758097042267	1.94506819213	0.294245027675	0.285464060203	-0.0381844311591	-0.0464634320845	0.554233091487	0.0161066413908	0.270378700125	7.36480999033	-1.50746583999	13.8334241766
10	9.62280906211	6.08517867908	6.88800561323	8.00562201085	7.76868098455	9.2919822882	-0.144322919003	0.587135697551	-0.097933469196	-0.373288836859	0.251481708674	-0.303169533805	0.173534923545	0.703848099858	-0.135032007514	0.260247617726	-0.0200880361049	0.0386136003265	0.298950119986	0.0575828944721	0.203196995975	0.753354563696	-1.11871779935	-8.58448202055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 138 through 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 165 through 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 183 through 269 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 270 through 295 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 296 through 312 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 313 through 331 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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