+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zai | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in complex with Fe, O2 and ACV after exposure to dioxygen for 1600ms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Isopenicillin N synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / oxygen binding / XFEL / time-resolved crystallography | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. ...Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. / Brem, J. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Pettinati, I. / Clifton, I.J. / Alonso-Mori, R. / Gul, S. / Young, I. / Kim, I. / Bhowmick, A. / ORiordan, L. / Brewster, A.S. / Claridge, T.D.W. / Sauter, N.K. / Yachandra, V. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M. / Schofield, C.J. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray free-electron laser studies reveal correlated motion during isopenicillin N synthase catalysis. 著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / ...著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / Brem, J. / Gul, S. / Fuller, F.D. / Kim, I.S. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Bhowmick, A. / Young, I.D. / O'Riordan, L. / Brewster, A.S. / Pettinati, I. / Doyle, M. / Joti, Y. / Owada, S. / Tono, K. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Bergmann, U. / Owen, R.L. / Sauter, N.K. / Claridge, T.D.W. / Robinson, C.V. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M. / Schofield, C.J. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 248.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 165.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 404.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 403.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6y0pC ![]() 6zaeC ![]() 6zafC ![]() 6zagC ![]() 6zahC ![]() 6zajC ![]() 6zalC ![]() 6zamC ![]() 6zanC ![]() 6zaoC ![]() 6zapC ![]() 6zaqC ![]() 6zw8C ![]() 1blzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 171分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACV.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACV.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACV / | #4: 化合物 | ChemComp-OXY / | #5: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 % / 解説: needles - size range 40-60um x 3 um x 3 um |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: 1.7M Li2SO4, 0.1M TRIS pH8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.30454 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→20.27 Å / Num. obs: 48052 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 78.04 % / Biso Wilson estimate: 22.4944852641 Å2 / CC1/2: 0.959 / R split: 0.161 / Net I/σ(I): 32.663 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.577 Å / 冗長度: 24.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.855 / Num. unique obs: 2343 / CC1/2: 0.114 / R split: 1.109 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BLZ 解像度: 1.5501→20.2688 Å / SU ML: 0.183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3267 / 位相誤差: 21.973 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.5574 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5501→20.2688 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|