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Yorodumi- PDB-6za2: Crystal structure of dimeric latent PorU from Porphyromonas gingivalis -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6za2 | ||||||
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Title | Crystal structure of dimeric latent PorU from Porphyromonas gingivalis | ||||||
Components | Por secretion system protein porU | ||||||
Keywords | HYDROLASE / sortase / transpeptidase / type-IX secretion system / periodontopathogen / virulence factor | ||||||
Function / homology | Gingipain / Peptidase family C25 / Caspase-like domain superfamily / cysteine-type peptidase activity / Por secretion system protein porU Function and homology information | ||||||
Biological species | Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.35 Å | ||||||
Authors | Gomis-Ruth, F.X. / Goulas, T. / Guevara, T. / Rodriguez-Banqueri, A. / Potempa, J. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2021 Title: Intermolecular latency regulates the essential C-terminal signal peptidase and sortase of the Porphyromonas gingivalis type-IX secretion system. Authors: Mizgalska, D. / Goulas, T. / Rodriguez-Banqueri, A. / Veillard, F. / Madej, M. / Malecka, E. / Szczesniak, K. / Ksiazek, M. / Widziolek, M. / Guevara, T. / Eckhard, U. / Sola, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6za2.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6za2.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6za2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6za2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6za2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 128308.961 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (bacteria) Gene: porU, PGN_0022 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B2RGP6 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.65 Å3/Da / Density % sol: 66.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: The best crystals of full-length native and selenomethionine-derivatized PorU were obtained at 20 degrees in drops with 1 microL of protein solution (at 5-10 mg per mL in 20 mM Tris-HCl, 150 ...Details: The best crystals of full-length native and selenomethionine-derivatized PorU were obtained at 20 degrees in drops with 1 microL of protein solution (at 5-10 mg per mL in 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, pH 7.5) and 1 microL of reservoir solution (100 mM HEPES, 200 mM calcium chloride, 28-32 per cent v/v PEG600, pH 7.5). Crystals were cryoprotected by rapid passage through drops containing increasing amounts of glycerol (5-to-20 per cent v/v). |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.9817 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9817 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.35→88.48 Å / Num. obs: 56055 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 38.5 % / Biso Wilson estimate: 107 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 22.71 |
Reflection shell | Resolution: 3.35→3.55 Å / Redundancy: 39.626 % / Rmerge(I) obs: 1.899 / Mean I/σ(I) obs: 3.12 / Num. unique obs: 8750 / CC1/2: 0.844 / Rrim(I) all: 1.923 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.35→88.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.432
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Displacement parameters | Biso max: 293.76 Å2 / Biso mean: 140.3 Å2 / Biso min: 62.19 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.35→88.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.35→3.44 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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