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万見
- PDB-6z8o: Structure of [NiFeSe] hydrogenase G491A variant from Desulfovibri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z8o
タイトルStructure of [NiFeSe] hydrogenase G491A variant from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough pressurized with Krypton gas - structure G491A-Kr
要素(Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / Selenium / gas channels / high-pressure derivatization
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / cell envelope / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / cell envelope / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site ...: / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
oxygen-damaged SF4 / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / : / HYDROSULFURIC ACID / KRYPTON / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit / cytochrome-c3 hydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BBB-BEP/2885/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaLISBOA-01-0145-FEDER-007660 ポルトガル
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2020
タイトル: Exploring the gas access routes in a [NiFeSe] hydrogenase using crystals pressurized with krypton and oxygen.
著者: Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
B: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
C: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
D: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,44642
ポリマ－167,2534
非ポリマー5,19338
水68538
1
A: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
B: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,30722
ポリマ－83,6272
非ポリマー2,68020
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10260 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
2
C: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
D: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,13920
ポリマ－83,6272
非ポリマー2,51318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9960 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area24290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.716, 97.022, 121.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.656, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 7 through 20 or resid 22 through 241 or resid 243 through 285))
d_2ens_1(chain "C" and (resid 7 through 20 or resid 22 through 241 or resid 243 through 285))
d_1ens_2(chain "B" and (resid 15 through 47 or resid 49...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 15 through 47 or resid 49...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ARGGLYA1 - 14
d_12ens_1SERSERA17
d_13ens_1VALPROA20 - 238
d_14ens_1THRALAA242 - 282
d_15ens_1FS4FS4B
d_16ens_1FS4FS4C
d_21ens_1ARGGLYL2 - 15
d_22ens_1SERSERL18
d_23ens_1VALPROL21 - 239
d_24ens_1THRALAL243 - 283
d_25ens_1FS4FS4M
d_26ens_1FS4FS4N
d_11ens_2GLYLEUF1 - 33
d_12ens_2GLYASPF37 - 260
d_13ens_2PROTYRF264 - 374
d_14ens_2LEUPROF378 - 480
d_15ens_2LEULEUF484
d_16ens_2ALAHISF488 - 492
d_17ens_2FCOFCOG
d_18ens_2NINIH
d_19ens_2FE2FE2I
d_110ens_2H2SH2SJ
d_21ens_2GLYLEUQ1 - 33
d_22ens_2GLYASPQ37 - 260
d_23ens_2PROTYRQ264 - 374
d_24ens_2LEUPROQ378 - 480
d_25ens_2LEULEUQ484
d_26ens_2ALAHISQ488 - 492
d_27ens_2FCOFCOR
d_28ens_2NINIS
d_29ens_2FE2FE2T
d_210ens_2H2SH2SU

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

-
Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit


分子量: 30261.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: hysB, DVU_1917
発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
参照: UniProt: Q72AS4, ferredoxin hydrogenase
#2: タンパク質 Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing


分子量: 53365.086 Da / 分子数: 2 / Mutation: G491A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: hysA, DVU_1918
発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
参照: UniProt: Q72AS3, ferredoxin hydrogenase

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非ポリマー , 9種, 76分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-6ML / oxygen-damaged SF4


分子量: 383.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O2S4
#5: 化合物
ChemComp-KR / KRYPTON


分子量: 83.798 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Kr / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#7: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 20% PEG 1500 (w/v) and 0.1 mM Tris-HCl pH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→43.9 Å / Num. obs: 33895 / % possible obs: 49.1 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 67.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.56 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1695 / CC1/2: 0.684 / Rpim(I) all: 0.404 / % possible all: 7.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JSK

5jsk


解像度: 2.2→39.12 Å / SU ML: 0.2872 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 38.3482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Hydrogen atoms were included in calculated positions, solvent molecules were added manually in COOT using 2|Fo|-|Fc| and |Fo|-|Fc| maps and occupancy factors were refined for disordered ...詳細: Hydrogen atoms were included in calculated positions, solvent molecules were added manually in COOT using 2|Fo|-|Fc| and |Fo|-|Fc| maps and occupancy factors were refined for disordered residues and Kr atoms; isotropic atomic displacement parameters were refined. Non-crystallographic symmetry restraints were used and weight optimization was applied to lower the gap between the R-factor and the R-free.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 1684 4.97 %
Rwork0.2258 32192 -
obs0.2282 33852 46.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11643 0 110 38 11791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004212119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.930516490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04911795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00542136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.92054510
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.36480263182
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.39526890243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.29140.403961X-RAY DIFFRACTION1.08
2.26-2.330.285760.3674173X-RAY DIFFRACTION3.02
2.33-2.420.3669170.3589390X-RAY DIFFRACTION6.79
2.42-2.510.4546320.3532665X-RAY DIFFRACTION11.52
2.51-2.630.3013440.3527906X-RAY DIFFRACTION15.68
2.63-2.770.3217760.34841335X-RAY DIFFRACTION23.12
2.77-2.940.38271160.32232169X-RAY DIFFRACTION37.96
2.94-3.170.33662150.30584411X-RAY DIFFRACTION76.17
3.17-3.490.30053120.27015611X-RAY DIFFRACTION97.48
3.49-3.990.29193060.2245533X-RAY DIFFRACTION95.55
3.99-5.020.23932720.1865103X-RAY DIFFRACTION88.07
5.02-39.120.23742840.18555835X-RAY DIFFRACTION98.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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