PDB-6z7c: Variant Surface Glycoprotein VSGsur mutant H122A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z7c

タイトル

Variant Surface Glycoprotein VSGsur mutant H122A

要素

Variant surface glycoprotein Sur

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Drug resistance Glycosylation VSG

機能・相同性

Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / plasma membrane / Variant surface glycoprotein Sur

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Zeelen, J.P. / Straaten van, M. / Stebbins, C.E.

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Structure of trypanosome coat protein VSGsur and function in suramin resistance.
著者: Zeelen, J. / van Straaten, M. / Verdi, J. / Hempelmann, A. / Hashemi, H. / Perez, K. / Jeffrey, P.D. / Halg, S. / Wiedemar, N. / Maser, P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2020年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z7c.cif.gz	161.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z7c.ent.gz	124.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z7c_validation.pdf.gz	824.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z7c_full_validation.pdf.gz	824.8 KB	表示
XML形式データ	6z7c_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	6z7c_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z79SC 6z7bC 6z7dC 6z7eC 6z8gC 6z8hC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z7d-1 6z7b-d 6z7e-1 4f2m-1 6dfs-d 4jpj-d 248 249 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Variant surface glycoprotein Sur

ヘテロ分子

53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Variant surface glycoprotein Sur

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein Sur

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.945, 70.919, 130.503
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-872- HOH
2	1	A-878- HOH
3	1	A-926- HOH

#1: タンパク質

Variant surface glycoprotein Sur

分子量: 52401.016 Da / 分子数: 1 / 変異: H122A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
遺伝子: VSGsur
発現宿主:

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A291L8F4

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 19-24 % PEG 400 100 mM TEA/HCl pH=7.5 10 % (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→65.31 Å / Num. obs: 75184 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.97 Å² / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 990624

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all
1.47-1.5	13.4	0.4	48830	3652	0.851	3.118
3.99-65.38	12.7	62.3	51716	4066	0.012	0.041

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Coot	0.9-per EL(ccpem)	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Z79

6z79

解像度: 1.64→65.25 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	2259	5.06 %
R_work	0.187	42348	-
obs	0.1885	44607	81.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.85 Å² / B_iso mean: 37.7557 Å² / B_iso min: 14.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.64→65.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2627	0	83	329	3039
B_iso mean	-	-	39.39	40.65	-
残基数	-	-	-	-	357

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.64-1.67	0.4676	12	0.3218	183	195	6
1.67-1.71	0.2644	20	0.26	381	401	12
1.71-1.76	0.2807	61	0.2528	983	1044	31
1.76-1.8	0.2602	95	0.2642	2214	2309	68
1.8-1.86	0.2685	175	0.2399	3079	3254	97
1.86-1.92	0.2493	165	0.2264	3135	3300	98
1.92-1.98	0.2687	167	0.2042	3163	3330	99
1.98-2.06	0.2056	171	0.1787	3192	3363	99
2.06-2.16	0.2149	175	0.1662	3147	3322	98
2.16-2.27	0.1768	162	0.1698	3188	3350	99
2.27-2.41	0.225	175	0.1716	3186	3361	99
2.41-2.6	0.2226	175	0.1825	3223	3398	99
2.6-2.86	0.2376	165	0.1928	3237	3402	99
2.86-3.28	0.226	168	0.1973	3263	3431	100
3.28-4.13	0.1991	169	0.1701	3312	3481	100
4.13-65.25	0.202	204	0.1883	3462	3666	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5009	0.3407	0.0532	1.1796	-0.7565	3.2122	0.0752	-0.2403	0.028	0.3491	-0.0991	-0.0827	-0.1993	0.206	0.0574	0.1874	-0.0041	-0.0299	0.257	-0.0081	0.1809	6.1433	44.5405	92.746
2	0.7935	0.3099	0.141	1.1712	-0.1039	3.3445	0.1097	-0.2892	0.0324	0.4244	-0.0537	0.0184	-0.0505	-0.2818	-0.0686	0.1959	-0.0171	-0.0062	0.179	0.0025	0.1483	-0.5686	42.6655	93.9788
3	0.6647	-0.0745	0.9225	1.6716	0.5827	3.0198	0.1627	0.1225	-0.1049	-0.4114	-0.0203	-0.0218	0.2628	-0.0163	-0.1684	0.3197	0.0087	0.0022	0.2031	-0.0084	0.1937	3.3077	31.7254	44.277
4	6.7716	-1.2324	-2.0411	2.0566	0.1249	2.303	0.0931	-0.5185	0.5589	0.0677	0.0146	-0.34	-0.1401	0.2664	-0.1057	0.2008	-0.0436	-0.0438	0.2442	-0.0397	0.2837	11.1005	54.0966	78.8324
5	0.9458	-0.4223	-0.4943	1.8473	1.107	3.5564	0.0925	0.2326	-0.0105	-0.5703	-0.0212	-0.1889	0.0155	0.123	-0.0756	0.2907	0.0255	0.05	0.1731	0.0051	0.1609	3.5311	38.1119	42.9062
6	2.7851	-0.5425	1.6891	0.7222	-0.9279	1.5496	-0.0694	-0.3639	0.088	0.1142	0.0593	0.1275	-0.1765	-0.3599	0.0187	0.1671	0.0353	0.02	0.2166	-0.0039	0.237	-10.2202	52.7895	76.8173
7	1.7872	0.2066	1.0093	1.4221	-0.441	1.9082	0.2049	-0.0946	0.0093	0.2835	-0.209	0.1768	-1.1554	0.4103	0.1605	0.5553	-0.1343	-0.0311	0.4602	0.0673	0.2589	5.284	51.7084	107.2579
8	2.0484	0.4584	-0.3315	1.5023	-0.3498	2.5152	0.5615	-0.6198	0.3061	1.0985	-0.6125	-0.3585	-0.5563	0.4622	0.1536	0.8005	-0.2777	-0.1422	0.5353	0.0556	0.3116	9.231	47.0921	119.9432
9	1.3846	2.2819	-0.5614	3.9361	-0.0709	4.3406	0.38	-0.1502	-0.6915	0.6992	-0.47	-1.0468	0.3186	-0.0881	0.2309	0.5552	-0.0645	-0.1606	0.5418	0.1571	0.5011	11.0947	28.8431	115.7657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 85 )	A	30 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 86 through 138 )	A	86 - 138
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 139 through 181 )	A	139 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 182 through 197 )	A	182 - 197
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 198 through 269 )	A	198 - 269
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 270 through 302 )	A	270 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 303 through 322 )	A	303 - 322
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 323 through 383 )	A	323 - 383
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 388 through 409 )	A	388 - 409

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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