+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z7b | ||||||
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Title | Variant Surface Glycoprotein VSGsur bound to suramin | ||||||
Components | Variant surface glycoprotein Sur | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Drug resistance Glycosylation VSG | ||||||
Function / homology | Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / plasma membrane / Chem-SVR / Variant surface glycoprotein Sur Function and homology information | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei rhodesiense (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.86 Å | ||||||
Authors | Zeelen, J.P. / Straaten van, M. / Stebbins, C.E. / Jeffrey, P. | ||||||
Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2021 Title: Structure of trypanosome coat protein VSGsur and function in suramin resistance. Authors: Zeelen, J. / van Straaten, M. / Verdi, J. / Hempelmann, A. / Hashemi, H. / Perez, K. / Jeffrey, P.D. / Halg, S. / Wiedemar, N. / Maser, P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6z7b.cif.gz | 318.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6z7b.ent.gz | 255 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6z7b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6z7b_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6z7b_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 6z7b_validation.xml.gz | 36.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6z7b_validation.cif.gz | 55.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6z79SC 6z7cC 6z7dC 6z7eC 6z8gC 6z8hC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52468.086 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei rhodesiense (eukaryote) Gene: VSGsur / Production host: Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) / References: UniProt: A0A291L8F4 #2: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Chemical | ChemComp-SVR / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 19-24 % PEG 400 100 mM TEA/HCl pH=7.5 10 % (v/v) isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 16, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.86→48.35 Å / Num. obs: 81517 / % possible obs: 99.91 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.25 |
Reflection shell | Resolution: 1.86→1.926 Å / Redundancy: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 8077 / CC1/2: 0.725 / % possible all: 99.77 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6Z79 Resolution: 1.86→48.35 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / Phase error: 25.05 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.85 Å2 / Biso mean: 21.5358 Å2 / Biso min: 2.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.86→48.35 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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