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- PDB-6z8g: Crystal structure of VSG13 soaked in 0.5 M used to phase VSG13 to... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z8g | ||||||
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Title | Crystal structure of VSG13 soaked in 0.5 M used to phase VSG13 to solve the structure. | ||||||
![]() | Variant surface glycoprotein MITat 1.13 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Variant Surface Glycoprotein / Immune Recognition / Immune Evasion / Trypanosomiasis | ||||||
Function / homology | Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / evasion of host immune response / plasma membrane / BROMIDE ION / Variant surface glycoprotein MITat 1.13![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stebbins, C.E. / Hempelmann, A. / Van Straaten, M. / Zeelen, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of trypanosome coat protein VSGsur and function in suramin resistance. Authors: Zeelen, J. / van Straaten, M. / Verdi, J. / Hempelmann, A. / Hashemi, H. / Perez, K. / Jeffrey, P.D. / Halg, S. / Wiedemar, N. / Maser, P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 297.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 251.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6z79C ![]() 6z7bC ![]() 6z7cC ![]() 6z7dC ![]() 6z7eC ![]() 6z8hC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 53771.410 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Chemical | ChemComp-BR / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 296.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Purified methylated VSG13 N-terminal domain was concentrated to 2.5 mg/ml in 10mM Tris.Cl pH 8.0. Crystals were grown at 23C by vapour diffusion using hanging drops formed from mixing a 1:1 ...Details: Purified methylated VSG13 N-terminal domain was concentrated to 2.5 mg/ml in 10mM Tris.Cl pH 8.0. Crystals were grown at 23C by vapour diffusion using hanging drops formed from mixing a 1:1 volume ratio of the protein with an equilibration buffer consisting of 1.8-2.0M (NH4)2SO4, 100mM Tris.Cl pH 8.5. |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 29, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9198 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.56→52.55 Å / Num. obs: 109295 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 19.34 Å2 / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 18.77 |
Reflection shell | Resolution: 1.56→1.62 Å / Num. unique obs: 109295 / CC1/2: 0.983 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.38 Å2 / Biso mean: 32.92 Å2 / Biso min: 15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.56→52.55 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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