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- PDB-6z79: Variant Surface Glycoprotein VSGsur, I3C ("Magic Triangle") deriv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z79
タイトルVariant Surface Glycoprotein VSGsur, I3C ("Magic Triangle") derivative used for phasing of the structure and subsequently as a model for molecular replacement of native, mutants, and drug soaks.
要素Variant surface glycoprotein Sur
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Drug resistance Glycosylation Magic Triangle I3C
機能・相同性Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / side of membrane / plasma membrane / Chem-I3C / Variant surface glycoprotein Sur
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Zeelen, J.P. / Straaten van, M. / Stebbins, C.E.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Structure of trypanosome coat protein VSGsur and function in suramin resistance.
著者: Zeelen, J. / van Straaten, M. / Verdi, J. / Hempelmann, A. / Hashemi, H. / Perez, K. / Jeffrey, P.D. / Halg, S. / Wiedemar, N. / Maser, P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2020年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein Sur
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9383
ポリマ－52,4681
非ポリマー1,4702
水4,017223
1
A: Variant surface glycoprotein Sur
ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein Sur
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8756
ポリマ－104,9362
非ポリマー2,9394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area10130 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area29740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.955, 70.893, 129.652
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Variant surface glycoprotein Sur


分子量: 52468.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
遺伝子: VSGsur
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A291L8F4
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H4I3NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 19-24 % PEG 400 100 mM TEA/HCl pH=7.5 10 % (v/v) Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 2.066 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月3日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→44.15 Å / Num. obs: 27999 / % possible obs: 82.57 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 30.05 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 13.99
反射 シェル解像度: 1.92→1.989 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 845 / CC1/2: 0.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSdata processing
Cootモデル構築
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→44.15 Å / SU ML: 0.1817 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3928
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 1124 4.02 %
Rwork0.2343 26869 -
obs0.235 27993 82.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→44.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2455 0 77 223 2755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9943550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0644430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1136952
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-2.010.3822470.33061120X-RAY DIFFRACTION28.2
2.01-2.110.28651000.29292405X-RAY DIFFRACTION59.81
2.11-2.250.27771500.23973573X-RAY DIFFRACTION88.79
2.25-2.420.25271570.23833765X-RAY DIFFRACTION93.78
2.42-2.660.23091610.23973841X-RAY DIFFRACTION95.1
2.66-3.050.28471630.24163912X-RAY DIFFRACTION96.38
3.05-3.840.23871680.2114008X-RAY DIFFRACTION97.34
3.84-44.150.24431780.23534245X-RAY DIFFRACTION98.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.385699351220.132950763530.3496494152631.06520629552-0.08824896571183.558866169280.101471470477-0.6000287706030.01208800362710.443289694981-0.02437829169110.00262931284572-0.0242092416918-0.1250553189340.001447750601350.257226306448-0.0169845074541-0.003019699704550.365627513905-0.01880177797480.1496068983432.7337290219343.393170975791.9185001263
21.249941249110.4336608580542.136996759211.781845807281.947752585036.502888503850.008169984401590.237233765049-0.121228751702-0.4789369283940.109593042073-0.0506529372383-0.04130481910270.0481524531379-0.1117588023340.361749845799-0.0425305526890.04599107386560.2639940360050.0126123715670.1990061490823.2975032153131.717607845943.899518314
32.67254530695-2.05763896442-2.365553909935.22118030601-0.06658741723395.149338695030.453267899193-1.100823315280.8381077855940.328120934225-0.151167704357-0.604900678948-0.5082702399720.457424096094-0.2902745084420.331177548809-0.160326880940.0165133346540.431825574182-0.1232551651820.35137560173811.110953243954.259766242178.3403758351
41.1255391506-0.436016341538-1.247345845532.417119325492.696050580517.46093465990.04706195098940.1956867673870.0913515688451-0.5809548426740.151730851795-0.16855240636-0.2116511250340.332079529619-0.1623004333910.2891934678360.01294133439060.02788857488010.2310973048090.04050795840610.1866718177113.4009238646538.423826467143.0088959551
56.00651618986-0.4373259898622.304562176381.98158847584-2.834189862714.54289694327-0.0480116830795-0.4732026233080.4172195822930.3419310770140.07840774205870.215837783628-0.312016899834-0.3752134105290.006460671143350.2205848114340.03717439091220.06176573134020.249041219103-0.0232870515150.239466237527-10.395885890253.341334189776.5446387878
60.1967422908180.4926987922950.4003622578011.254077877441.070081156390.8707328089960.407336950427-0.3384293262520.3120099284240.78139602864-0.1614980398590.15644631841-0.604361073010.351429941309-0.173972377030.897645372971-0.178791871038-0.0011198978920.969868222298-0.009474194168330.258958962126.3121642404952.219447558114.225829253
73.006842080550.517862126060.4593481160289.6701735229-1.166605566910.7789715071510.515373167574-0.0955750093935-0.2802047440730.341644208659-0.796617947512-0.304074899211-0.06063022419120.7370157390570.4247623326810.8387690046-0.149936333642-0.1073671784610.8962201615340.2447027661110.49932625724611.699267429331.7724097127115.2437748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 138 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 139 through 181 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 182 through 197 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 198 through 269 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 270 through 302 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 303 through 370 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 371 through 409 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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