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万見
- PDB-6z70: Structure of the MATE family multidrug resistance transporter Aq_... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z70
タイトルStructure of the MATE family multidrug resistance transporter Aq_128 from Aquifex aeolicus in the outward-facing state
要素Aq128
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MATE class transporter
機能・相同性: / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Multidrug-efflux transporter
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhao, J. / Safarian, S. / Thielmann, Y. / Xie, H. / Wang, J. / Michel, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: The structure of the Aquifex aeolicus MATE family multidrug resistance transporter and sequence comparisons suggest the existence of a new subfamily.
著者: Zhao, J. / Xie, H. / Mehdipour, A.R. / Safarian, S. / Ermler, U. / Munke, C. / Thielmann, Y. / Hummer, G. / Ebersberger, I. / Wang, J. / Michel, H.
履歴
登録2020年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aq128
B: Aq128
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6309
ポリマ－111,1342
非ポリマー2,4967
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Dimer in solution confirmed by BN_PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area34360 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)72.100, 116.100, 137.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 1 through 236 or (resid 237...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEUchain AAA1 - 4441 - 444
21METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 236 or (resid 237...BB1 - 2361 - 236
22PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 1 through 236 or (resid 237...BB237237
23METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 236 or (resid 237...BB1 - 4441 - 444

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要素

#1: タンパク質 Aq128


分子量: 55567.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
遺伝子: aq_128 / 細胞株 (発現宿主): Top10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66528
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Sodium Citrate-Citric acid 30% PEG 500 DME (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.76 Å / Num. obs: 78497 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.113 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7755 / CC1/2: 0.855 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 1.217 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FV6

6fv6


解像度: 2→19.986 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.92 / 位相誤差: 36.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 1427 5 %
Rwork0.2657 147576 -
obs0.2659 78497 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.87 Å2 / Biso mean: 41.4618 Å2 / Biso min: 19.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→19.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6973 0 175 6 7154
Biso mean--53.49 41.71 -
残基数----888
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2676X-RAY DIFFRACTION6.856TORSIONAL
12B2676X-RAY DIFFRACTION6.856TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.07140.3711600.3571481799
2.0714-2.15430.3311240.32631481599
2.1543-2.25220.34881580.30081484099
2.2522-2.37070.28491580.28331471499
2.3707-2.5190.27441100.26871479899
2.519-2.71310.34291350.26381481999
2.7131-2.98530.33711680.26891482599
2.9853-3.41540.26611590.27051476999
3.4154-4.2960.3111230.24751475299
4.296-19.9860.21021320.24721442797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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