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万見
- PDB-6z6w: Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z6w
タイトルPoliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle (PV3 SC8) from a mammalian expression system.
要素
  • Capsid proteins, VP0
  • Capsid proteins, VP1
  • Capsid proteins, VP3
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SPHINGOSINE / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bahar, M.W. / Porta, C. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationRG.IMCB.I8-TSA-083 英国
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2021
タイトル: Mammalian expression of virus-like particles as a proof of principle for next generation polio vaccines.
著者: Mohammad W Bahar / Claudine Porta / Helen Fox / Andrew J Macadam / Elizabeth E Fry / David I Stuart /
要旨: Global vaccination programs using live-attenuated oral and inactivated polio vaccine (OPV and IPV) have almost eradicated poliovirus (PV) but these vaccines or their production pose significant risk ...Global vaccination programs using live-attenuated oral and inactivated polio vaccine (OPV and IPV) have almost eradicated poliovirus (PV) but these vaccines or their production pose significant risk in a polio-free world. Recombinant PV virus-like particles (VLPs), lacking the viral genome, represent safe next-generation vaccines, however their production requires optimisation. Here we present an efficient mammalian expression strategy producing good yields of wild-type PV VLPs for all three serotypes and a thermostabilised variant for PV3. Whilst the wild-type VLPs were predominantly in the non-native C-antigenic form, the thermostabilised PV3 VLPs adopted the native D-antigenic conformation eliciting neutralising antibody titres equivalent to the current IPV and were indistinguishable from natural empty particles by cryo-electron microscopy with a similar stabilising lipidic pocket-factor in the VP1 β-barrel. This factor may not be available in alternative expression systems, which may require synthetic pocket-binding factors. VLPs equivalent to these mammalian expressed thermostabilized particles, represent safer non-infectious vaccine candidates for the post-eradication era.
履歴
登録2020年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年9月21日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11106
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11106
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Capsid proteins, VP1
0: Capsid proteins, VP0
3: Capsid proteins, VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8004
ポリマ－97,5013
非ポリマー2991
水00
1
1: Capsid proteins, VP1
0: Capsid proteins, VP0
3: Capsid proteins, VP3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,868,024240
ポリマ－5,850,054180
非ポリマー17,97060
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Capsid proteins, VP1


分子量: 33562.785 Da / 分子数: 1 / 変異: VP1 T105M, VP1 F132L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
Variant: Saukett / プラスミド: pMVA_PV3 SC8_PV-IRES / 詳細 (発現宿主): Vaccinia virus transfer vector / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: mammal environmental sample (環境試料) / 参照: UniProt: Q84895
#2: タンパク質 Capsid proteins, VP0


分子量: 37623.023 Da / 分子数: 1 / 変異: VP2 L18I, VP2 L215M, VP2 D241E, VP4 T67A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence is given for the VP0 polypeptide. Mutations are numbered according to sequence numbering for mature polypeptides VP2 and VP4.
由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
Variant: Saukett / プラスミド: pMVA_PV3 SC8_PV-IRES / 詳細 (発現宿主): Vaccinia virus transfer vector / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: mammal environmental sample (環境試料) / 参照: UniProt: Q84895, UniProt: P03302*PLUS
#3: タンパク質 Capsid proteins, VP3


分子量: 26315.100 Da / 分子数: 1 / 変異: VP3 H19Y, VP3 L85F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
Variant: Saukett / プラスミド: pMVA_PV3 SC8_PV-IRES / 詳細 (発現宿主): Vaccinia virus transfer vector / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: mammal environmental sample (環境試料) / 参照: UniProt: Q84895, UniProt: P03302*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human poliovirus 3 / タイプ: VIRUS
詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of PV3 (strain Saukett).
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 5.85 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) / 株: Saukett
由来(組換発現)生物種: mammal environmental sample (環境試料) / 細胞: BHK-21 / プラスミド: pMVA_PV3 SC8_PV-IRES
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Virus shell 1 / 直径: 310 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7 / 詳細: 1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
11 xDPBS1
220 mMEDTA1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Recombinantly expressed VLP of PV3.
試料支持詳細: The specific type of grid used was Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon AGS187-4 from Agar Scientific.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Double blotting with 4 ul of sample, followed by 4 second blot, before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 160000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1465
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_3699精密化
PHENIXdev_3699精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO1.5.6粒子像選択crYOLO was used to pick particles automatically
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正CTFFIND4 in RELION was used for CTF correction
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9PHENIXdev-3699モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
画像処理詳細: Pixels size was 1.35 A/pixel
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 14021
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9630 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: Final reconstruction was sharpened with Post-processing in RELION using an inverse B-factor of -82.6 Angstroms.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera, and the refined in real space using Phenix_real.space.refine.
原子モデル構築PDB-ID: 5O5B

5o5b


Accession code: 5O5B / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 30.77 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00215799
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.43817900
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0403869
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00381013
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.23262106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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