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- PDB-6z6b: Structure of full-length La Crosse virus L protein (polymerase) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z6b
タイトルStructure of full-length La Crosse virus L protein (polymerase)
要素
  • RNA (5'-R(*GP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, orthobunyavirus / : / Virus, RNA-directed RNA polymerase L, thumb ring domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Bunyavirus La Crosse (ウイルス)
La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.961 Å
データ登録者Cusack, S. / Gerlach, P. / Reguera, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Pre-initiation and elongation structures of full-length La Crosse virus polymerase reveal functionally important conformational changes.
著者: Benoît Arragain / Grégory Effantin / Piotr Gerlach / Juan Reguera / Guy Schoehn / Stephen Cusack / Hélène Malet /
要旨: Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and ...Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and transcription of the RNA genome constitute essential processes performed by the virally encoded multi-domain RNA-dependent RNA polymerase. Here, we describe the complete high-resolution cryo-EM structure of La Crosse virus polymerase. It reveals the presence of key protruding C-terminal domains, notably the cap-binding domain, which undergoes large movements related to its role in transcription initiation, and a zinc-binding domain that displays a fold not previously observed. We capture the polymerase structure at pre-initiation and elongation states, uncovering the coordinated movement of the priming loop, mid-thumb ring linker and lid domain required for the establishment of a ten-base-pair template-product RNA duplex before strand separation into respective exit tunnels. These structural details and the observed dynamics of key functional elements will be instrumental for structure-based development of polymerase inhibitors.
履歴
登録2020年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*C)-3')
CCC: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
DDD: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*A)-3')
EEE: RNA-directed RNA polymerase L
HHH: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
PPP: RNA-directed RNA polymerase L
UUU: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*C)-3')
XXX: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)553,77110
ポリマ－553,6408
非ポリマー1312
水00
1
BBB: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*C)-3')
CCC: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
DDD: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*A)-3')
EEE: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,8855
ポリマ－276,8204
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area89630 Å2
手法PISA
2
HHH: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
PPP: RNA-directed RNA polymerase L
UUU: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*C)-3')
XXX: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,8855
ポリマ－276,8204
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7820 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area89190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)371.187, 145.320, 234.193
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.333, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains CCC HHH
22Chains EEE PPP

NCSアンサンブル:
ID
2
1

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*C)-3')


分子量: 3217.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vRNA 5' end (1-10) / 由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')


分子量: 5044.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vRNA 3' end (1-16) / 由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*A)-3')


分子量: 2510.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vRNA 5' end (9-16) / 由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
#4: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 266047.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag / 由来: (組換発現) Bunyavirus La Crosse (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A5HC98, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: LACV-L in complex with pre-annealed 3 prime (1-16) and 5 prime (9-16) vRNA was concentrated to 5 mg/ml. The 5 prime (1-10) vRNA end was later soaked into crystals in 1 to 2 molar ratio. ...詳細: LACV-L in complex with pre-annealed 3 prime (1-16) and 5 prime (9-16) vRNA was concentrated to 5 mg/ml. The 5 prime (1-10) vRNA end was later soaked into crystals in 1 to 2 molar ratio. Mother liquor was 100 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, and 8% PEG 4000. Crystals were soaked in a stepwise manner with increasing concentration of the glycerol cryo-protectant, reaching 30%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.96→209.891 Å / Num. obs: 59211 / % possible obs: 60.8 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.96→4.35 Å / Num. unique obs: 2961 / CC1/2: 0.47 / Rrim(I) all: 1.285

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AMR

5amr


解像度: 3.961→209.891 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.855 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 62.711 / SU ML: 0.824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2988 1514 2.557 %
Rwork0.2638 57697 -
all0.265 --
obs-59211 60.786 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 189.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.243 Å20 Å2-1.674 Å2
2--1.232 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.961→209.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33204 1434 2 0 34640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01335476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01732445
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.2220.012315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1561.62348135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0411.60775587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.01754046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.95423.0121776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.299156441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.11515180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.24769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0237770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.170.26345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1720.229879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1590.215876
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.216211
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0660.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1350.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.30720.3216247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.30420.3216246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.06430.45620272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.06430.45620273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.78120.6519229
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.78120.6519230
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.9830.78927863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.9830.78927864
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it17.253238.3340160
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other17.253238.32740161
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0050.051341
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0390.0566283
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.961-4.0630.3740.3231750.32471860.7940.7582.4910.328
4.063-4.1750.387140.34310.30369480.6970.7686.40470.3
4.175-4.2960.273400.32513540.32468080.7290.72620.47590.324
4.296-4.4280.34790.31122590.31266050.7730.75835.39740.305
4.428-4.5730.367720.28927880.29163450.7790.78845.07490.28
4.573-4.7330.285720.26532830.26662030.7910.82154.08670.251
4.733-4.9120.29770.26336810.26460000.8350.83762.63330.245
4.912-5.1120.2931110.25239060.25357520.840.86469.83660.23
5.112-5.340.2781060.24639930.24755060.8640.86974.44610.223
5.34-5.60.2761060.24340060.24453000.8670.87477.58490.22
5.6-5.9030.2871080.23839860.23950140.840.8781.65140.215
5.903-6.2610.2811150.2440270.24147750.8710.8786.74350.215
6.261-6.6920.2761040.24540430.24644670.8570.86292.83640.22
6.692-7.2280.3011030.24440120.24641750.8580.86998.56290.225
7.228-7.9170.2681010.2337460.23138560.8960.89399.76660.219
7.917-8.850.286750.21133910.21334800.8940.91899.59770.215
8.85-10.2160.232990.20329590.20431100.9250.92898.3280.215
10.216-12.5040.269600.23325570.23426260.8920.90899.65730.26
12.504-17.6530.307360.32119880.3220400.8490.84199.21570.361
17.653-209.8910.554320.56911120.56911830.6960.69396.70330.761

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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