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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z68 | ||||||
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タイトル | A novel metagenomic alpha/beta-fold esterase | ||||||
要素 | Acetyl esterase/lipase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta-fold hydrolase / esterase / metagenome / inhibitor-bound / substrate promiscuity | ||||||
機能・相同性 | Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Acetyl esterase/lipase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudonocardia thermophila (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Bollinger, A. / Thies, S. / Hoeppner, A. / Kobus, S. / Jaeger, K.-E. / Smits, S.H.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2021 タイトル: Crystal structures of a novel family IV esterase in free and substrate-bound form. 著者: Hoppner, A. / Bollinger, A. / Kobus, S. / Thies, S. / Coscolin, C. / Ferrer, M. / Jaeger, K.E. / Smits, S.H.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z68.cif.gz | 323.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z68.ent.gz | 262.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z68.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6z68_validation.pdf.gz | 441.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6z68_full_validation.pdf.gz | 449 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6z68_validation.xml.gz | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6z68_validation.cif.gz | 58 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z68 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40513.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア) 遺伝子: SAMN05443637_118146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M6Y2K1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.25 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5 and 35 % (w/v) PEG 4000 with 0.01 M TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976246 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976246 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→55.28 Å / Num. obs: 155980 / % possible obs: 96.69 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.64 |
反射 シェル | 解像度: 1.353→1.402 Å / Rmerge(I) obs: 0.488 / Num. unique obs: 10966 / CC1/2: 0.804 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: xxxx 解像度: 1.35→55.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 3.086 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 126.09 Å2 / Biso mean: 18.011 Å2 / Biso min: 7.23 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→55.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.353→1.388 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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