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- PDB-6z5u: Cryo-EM structure of the A. baumannii MlaBDEF complex bound to APPNHP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z5u
タイトルCryo-EM structure of the A. baumannii MlaBDEF complex bound to APPNHP
要素
  • (ABC transporter ...) x 2
  • Anti-sigma factor antagonist
  • MCE family protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / lipid transport / antibiotic resistance / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phospholipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / : / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain / STAS domain superfamily ...: / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / : / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain / STAS domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ABC transporter ATP-binding protein / ABC transporter periplasmic substrate-binding protein / Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE / Anti-sigma factor antagonist
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Mann, D. / Bergeron, J.R.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R019061/1 英国
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structure and lipid dynamics in the maintenance of lipid asymmetry inner membrane complex of A. baumannii.
著者: Daniel Mann / Junping Fan / Kamolrat Somboon / Daniel P Farrell / Andrew Muenks / Svetomir B Tzokov / Frank DiMaio / Syma Khalid / Samuel I Miller / Julien R C Bergeron /
要旨: Multi-resistant bacteria are a major threat in modern medicine. The gram-negative coccobacillus Acinetobacter baumannii currently leads the WHO list of pathogens in critical need for new therapeutic ...Multi-resistant bacteria are a major threat in modern medicine. The gram-negative coccobacillus Acinetobacter baumannii currently leads the WHO list of pathogens in critical need for new therapeutic development. The maintenance of lipid asymmetry (MLA) protein complex is one of the core machineries that transport lipids from/to the outer membrane in gram-negative bacteria. It also contributes to broad-range antibiotic resistance in several pathogens, most prominently in A. baumannii. Nonetheless, the molecular details of its role in lipid transport has remained largely elusive. Here, we report the cryo-EM maps of the core MLA complex, MlaBDEF, from the pathogen A. baumannii, in the apo-, ATP- and ADP-bound states, revealing multiple lipid binding sites in the cytosolic and periplasmic side of the complex. Molecular dynamics simulations suggest their potential trajectory across the membrane. Collectively with the recently-reported structures of the E. coli orthologue, this data also allows us to propose a molecular mechanism of lipid transport by the MLA system.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structure and lipid dynamics in the A. baumannii maintenance of lipid asymmetry (MLA) inner membrane complex
著者: Mann, D. / Fan, J. / Farrell, D.P. / Somboon, K. / Muenks, A. / Tzokov, S.B. / Khalid, S. / Dimaio, F. / Miller, S.I. / Bergeron, J.R.C.
履歴
登録2020年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11082
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter permease
B: ABC transporter permease
C: Anti-sigma factor antagonist
D: Anti-sigma factor antagonist
E: MCE family protein
G: MCE family protein
H: MCE family protein
I: MCE family protein
J: MCE family protein
K: ABC transporter ATP-binding protein
L: ABC transporter ATP-binding protein
F: MCE family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,00316
ポリマ－281,94212
非ポリマー1,0614
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ABC transporter ... , 2種, 4分子 ABKL

#1: タンパク質 ABC transporter permease / Lipid asymmetry maintenance ABC transporter permease subunit MlaE / Phospholipid/cholesterol/gamma- ...Lipid asymmetry maintenance ABC transporter permease subunit MlaE / Phospholipid/cholesterol/gamma-HCH transport system permease protein / Putative phospholipid ABC transporter permease protein MlaE / Toluene tolerance efflux ABC transporter


分子量: 27322.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: mlaE, ttg2B, A7M79_03105, A7M90_14775, ABCAM1_3325, APD33_11020, B4R90_07005, B9X95_19830, BGC29_10505, C2U32_12245, CHQ89_09020, CPI82_03200, DLI75_08555, E5294_02070, E5979_07650, EA685_ ...遺伝子: mlaE, ttg2B, A7M79_03105, A7M90_14775, ABCAM1_3325, APD33_11020, B4R90_07005, B9X95_19830, BGC29_10505, C2U32_12245, CHQ89_09020, CPI82_03200, DLI75_08555, E5294_02070, E5979_07650, EA685_00455, EA706_02625, EA722_02115, EA746_009620, EKS29_03575, EWO92_15675, EWO96_10890, EWP49_16265, FD887_10930, FJU42_03310, FJU87_05505, FJV14_14505, FR761_17360, LV38_01098, SAMEA104305261_03368, SAMEA104305351_00191
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5V9F4
#4: タンパク質 ABC transporter ATP-binding protein / MlaF


分子量: 30367.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: ttg2A, NU60_03710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P2WWN2

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タンパク質 , 2種, 8分子 CDEGHIJF

#2: タンパク質 Anti-sigma factor antagonist / Phospholipid transport system transporter-binding protein / STAS domain protein / STAS domain- ...Phospholipid transport system transporter-binding protein / STAS domain protein / STAS domain-containing protein / Toluene tolerance protein / Ttg2E


分子量: 10874.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: mlaB, A7M79_03090, A7M90_14790, A9843_11720, AA954_03140, ABCAM1_3322, ABUW_0387, APD33_11035, B4R90_07020, B9W69_03450, B9X95_19845, BGC29_10490, C2U32_12230, CEJ64_02055, CHQ89_09005, ...遺伝子: mlaB, A7M79_03090, A7M90_14790, A9843_11720, AA954_03140, ABCAM1_3322, ABUW_0387, APD33_11035, B4R90_07020, B9W69_03450, B9X95_19845, BGC29_10490, C2U32_12230, CEJ64_02055, CHQ89_09005, CPI82_03185, CSB70_3293, DLI69_20965, DLI75_08570, DOL94_03255, DVA79_09290, E2533_15225, E2536_07480, E5294_02085, E5979_07665, EA685_00440, EA686_18495, EA706_02640, EA722_02130, EA746_009635, EKS29_03590, EWO92_15660, EWO96_10875, EWP49_16250, FD887_10915, FD913_07380, FJU36_09990, FJU42_03325, FJU76_08875, FJU79_12020, FJU87_05520, FJV14_14520, FR761_17345, LV38_01095, NCTC13305_02846, NCTC13420_03382, SAMEA104305261_03371, SAMEA104305351_00188
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5V9K5
#3: タンパク質
MCE family protein / Mammalian cell entry protein / Mce related family protein / Outer membrane lipid asymmetry ...Mammalian cell entry protein / Mce related family protein / Outer membrane lipid asymmetry maintenance protein MlaD / Phospholipid/cholesterol/gamma-HCH transport system substrate-binding protein / Putative phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / Toluene tolerance efflux transporter / Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily / PerI-bind)


分子量: 24135.322 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: mlaD, ttg2C, A7M79_03100, A7M90_14780, A9843_11730, AA954_03130, ABCAM1_3324, ABUW_0385, APD33_11025, B4R90_07010, B9W69_03440, B9X95_19835, BGC29_10500, C2U32_12240, CEJ64_02065, CHQ89_ ...遺伝子: mlaD, ttg2C, A7M79_03100, A7M90_14780, A9843_11730, AA954_03130, ABCAM1_3324, ABUW_0385, APD33_11025, B4R90_07010, B9W69_03440, B9X95_19835, BGC29_10500, C2U32_12240, CEJ64_02065, CHQ89_09015, CPI82_03195, CSB70_3295, DLI69_20975, DLI75_08560, DOL94_03245, DVA79_09280, E2533_15215, E2536_07470, E5294_02075, E5979_07655, EA685_00450, EA706_02630, EA722_02120, EA746_009625, EKS29_03580, EWO92_15670, EWO96_10885, EWP49_16260, FD887_10925, FD913_07390, FJU36_10000, FJU76_08865, FJU79_12010, FJU87_05510, FJV14_14510, FR761_17355, LV38_01097, NCTC13305_02844, NCTC13420_03380, SAMEA104305318_02183, SAMEA104305351_00190
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5V921

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非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MlaBDEF complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 47 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 93295 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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