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万見
- PDB-6z5j: Arrangement of the matrix protein M1 in influenza A/Hong Kong/1/1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z5j
タイトルArrangement of the matrix protein M1 in influenza A/Hong Kong/1/1968 VLPs (HA,NA,M1,M2)
要素Matrix protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral matrix protein / Membrane binding / pH Sensor / Polymer
機能・相同性
機能・相同性情報


virion assembly / viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å
データ登録者Peukes, J. / Xiong, X. / Erlendsson, S. / Qu, K. / Wan, W. / Kraeusslich, H.-G. / Briggs, J.A.G.
資金援助European Union, 英国, ドイツ, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
German Research Foundation (DFG)project number 240245660 - SFB1129 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: The native structure of the assembled matrix protein 1 of influenza A virus.
著者: Julia Peukes / Xiaoli Xiong / Simon Erlendsson / Kun Qu / William Wan / Leslie J Calder / Oliver Schraidt / Susann Kummer / Stefan M V Freund / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: Influenza A virus causes millions of severe cases of disease during annual epidemics. The most abundant protein in influenza virions is matrix protein 1 (M1), which mediates virus assembly by ...Influenza A virus causes millions of severe cases of disease during annual epidemics. The most abundant protein in influenza virions is matrix protein 1 (M1), which mediates virus assembly by forming an endoskeleton beneath the virus membrane. The structure of full-length M1, and how it oligomerizes to mediate the assembly of virions, is unknown. Here we determine the complete structure of assembled M1 within intact virus particles, as well as the structure of M1 oligomers reconstituted in vitro. We find that the C-terminal domain of M1 is disordered in solution but can fold and bind in trans to the N-terminal domain of another M1 monomer, thus polymerizing M1 into linear strands that coat the interior surface of the membrane of the assembling virion. In the M1 polymer, five histidine residues-contributed by three different monomers of M1-form a cluster that can serve as the pH-sensitive disassembly switch after entry into a target cell. These structures therefore reveal mechanisms of influenza virus assembly and disassembly.
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11078
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11078
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Matrix protein 1
F: Matrix protein 1
D: Matrix protein 1
C: Matrix protein 1
B: Matrix protein 1
A: Matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,5706
ポリマ－167,5706
非ポリマー00
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, The assembly has been determined by tomography and subtomogram averaging
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Matrix protein 1 / M1


分子量: 27928.301 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The PDB model was generated by rigid body fitting of the M1 NTD crystal structure (PBD: 1ea3, from PR8 influenza virus) into the EM density map obtained for HK68 VLPs.
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Puerto Rico/8-9NMC3/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8-9NMC3/1934(H1N1) / 遺伝子: M1, M / 細胞株 (発現宿主): HEK293-T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F0TTD6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Influenza A virusVIRUSvirus like particles were formed by expressing plasmids coding for a subset (HA,NA,M1,M2) of the viral proteins#10RECOMBINANT
2Matrix protein 1COMPLEXThe M1 map was generated by subtomogram averaging of the M1 protein density in tomograms of influenza A (HK68) virus like particles (VLPs) that were generated by expression of the viral protein HA,NA,M1,M2#11RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)11320A/Hong Kong/1/1968 (H3N2)
32Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)11320A/Hong Kong/1/1968 (H3N2)
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
21Homo sapiens (ヒト)9606HEK293-T
32Homo sapiens (ヒト)9606HEK293-T
ウイルスについての詳細
IDEntity assembly-ID中空かエンベロープを持つか単離タイプ
11YESYESOTHERVIRUS-LIKE PARTICLE
22
天然宿主
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens9606
12
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 2.9 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1TOMvolume selection
2MATLABvolume selection
3UCSF Chimeravolume selection
4SerialEM画像取得
6CTFFINDCTF補正
7NOVACTFCTF補正
10UCSF Chimeraモデルフィッティング
16NOVACTF３次元再構成
CTF補正詳細: CTF determination was performed using CTFFIND4. CTF correction was performed by 3D-CTF correction by CTF multiplication in NovaCTF.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14767 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: Volumes picked semi-automatically along the particles membrane
詳細: Initial positions were generated along the surface of a cylinder simulated around the manually determined central axis of each particle. Initial positions were at least 2X oversampled.
Num. of tomograms: 4 / Num. of volumes extracted: 120000
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
詳細: Multiple copies of the M1 NTD crystal structure (PDB:1ea3) were fitted as rigid bodies into the EM map to understand the relative arrangement of M1 monomers in the context of the matrix layer inside the virus
原子モデル構築PDB-ID: 1EA3

1ea3


PDB chain-ID: A / Accession code: 1EA3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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