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- PDB-6z5f: CRYSTAL STRUCTURE OF RAT PEROXISOMAL MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z5f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAT PEROXISOMAL MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE-1 (RPMFE1) COMPLEXED WITH 3-KETODECANOYL-COA AND OXIDISED NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
要素Peroxisomal bifunctional enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-KETODECANOYL-COA / beta-oxidation / peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-oxidation of very long chain fatty acids / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / Peroxisomal protein import / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity ...Beta-oxidation of very long chain fatty acids / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / Peroxisomal protein import / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / peroxisome / enzyme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase ...3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-KETO-DECANOYL-COA / Peroxisomal bifunctional enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Wierenga, R.K. / Sridhar, S. / Kiema, T.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystallographic binding studies of rat peroxisomal multifunctional enzyme type 1 with 3-ketodecanoyl-CoA: capturing active and inactive states of its hydratase and dehydrogenase catalytic sites.
著者: Sridhar, S. / Schmitz, W. / Hiltunen, J.K. / Venkatesan, R. / Bergmann, U. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年4月21日Group: Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_related_exp_data_set
Item: _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Peroxisomal bifunctional enzyme
BBB: Peroxisomal bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,37311
ポリマ－161,8632
非ポリマー4,5109
水2,936163
1
AAA: Peroxisomal bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7477
ポリマ－80,9311
非ポリマー2,8156
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Peroxisomal bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6274
ポリマ－80,9311
非ポリマー1,6953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.155, 125.977, 223.527
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Peroxisomal bifunctional enzyme / PBFE


分子量: 80931.352 Da / 分子数: 2 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Peroxisome / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ehhadh / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P07896, enoyl-CoA hydratase, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 172分子

#2: 化合物 ChemComp-ZOZ / 3-KETO-DECANOYL-COA


分子量: 935.767 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H52N7O18P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM MES, pH 6; 15%w/v PEG 4000; 150.91mM ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→62.63 Å / Num. obs: 88285 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.45 % / Biso Wilson estimate: 51.3 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 1.388 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4441 / CC1/2: 0.671 / Rpim(I) all: 0.587

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OMO

5omo


解像度: 2.25→62.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.209 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 4428 5.021 %
Rwork0.2093 83761 -
all0.211 --
obs-88189 99.931 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.711 Å2-0 Å20 Å2
2--2.337 Å2-0 Å2
3----0.626 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→62.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11006 0 290 163 11459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01211612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.64215768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29351442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6221.08537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.171151939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.461580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.25154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.27749
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2030.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2510.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2263.6185738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0855.4237169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7944.1745874
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9476.2078592
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.52550.96817001
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.3080.4462850.4086088X-RAY DIFFRACTION99.7808
2.308-2.3720.3543200.3275967X-RAY DIFFRACTION100
2.372-2.440.2882930.2885843X-RAY DIFFRACTION99.9837
2.44-2.5150.3122750.2755673X-RAY DIFFRACTION100
2.515-2.5980.2973010.2775459X-RAY DIFFRACTION100
2.598-2.6890.3062780.2555286X-RAY DIFFRACTION100
2.689-2.7910.3052850.2525120X-RAY DIFFRACTION100
2.791-2.9050.2462730.2264923X-RAY DIFFRACTION100
2.905-3.0340.282520.2254731X-RAY DIFFRACTION100
3.034-3.1820.2782570.2234508X-RAY DIFFRACTION100
3.182-3.3540.2542350.2124332X-RAY DIFFRACTION99.9781
3.354-3.5570.2452220.2074090X-RAY DIFFRACTION100
3.557-3.8030.2482170.2013874X-RAY DIFFRACTION100
3.803-4.1070.1961950.1873611X-RAY DIFFRACTION99.9737
4.107-4.4990.2121570.1713341X-RAY DIFFRACTION99.9714
4.499-5.030.1861720.1543039X-RAY DIFFRACTION100
5.03-5.8080.2541470.1962679X-RAY DIFFRACTION99.9646
5.808-7.1120.241300.2142294X-RAY DIFFRACTION99.8764
7.112-10.0520.189790.1451835X-RAY DIFFRACTION99.9478
10.052-62.60.251550.2131069X-RAY DIFFRACTION98.8566
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9980.79680.85681.82290.79681.9783-0.00250.257-0.205-0.1275-0.0221-0.0140.0738-0.00120.02470.02470.01190.0290.04170.02650.2381-103.5049.208-113.921
22.3723-0.90140.30064.1499-0.20735.5337-0.1282-0.4347-0.76310.58490.22470.36580.8952-0.3305-0.09660.3845-0.02930.03650.12110.15450.4981-71.32-5.253-93.284
31.6402-0.02090.48922.5373-0.68024.0817-0.0139-0.34970.19910.7147-0.0302-0.1358-0.28550.04690.04420.204-0.008-0.02840.09210.00630.2353-68.28122.841-88.829
44.00270.6164-2.01472.9493-0.63882.74990.23880.26710.78370.25830.15970.6513-0.5345-0.3093-0.39850.30330.05170.07970.21180.16660.6711-88.22513.938-17.827
53.2032-0.52491.32923.3612-0.55216.28770.19930.05180.0487-0.1939-0.08450.3939-1.0729-0.4167-0.11470.96640.01430.09150.1164-0.0440.4231-71.5433.882-47.217
61.37580.1176-0.05941.8331-0.87685.47150.1081-0.0025-0.129-0.5447-0.1675-0.08060.19080.6560.05950.3918-0.03730.03480.1920.07060.3386-55.0688.427-47.808
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA-4 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA276 - 478
3X-RAY DIFFRACTION3ALLAAA479 - 720
4X-RAY DIFFRACTION4ALLBBB0 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5ALLBBB276 - 478
6X-RAY DIFFRACTION6ALLBBB479 - 717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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