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- PDB-6z55: Crystal structure of CLK3 in complex with macrocycle ODS2004070 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z55
タイトルCrystal structure of CLK3 in complex with macrocycle ODS2004070
要素Dual specificity protein kinase CLK3
キーワードTRANSFERASE / kinase / kinase inhibitor / clk3 / macrocycle / nanocyclic / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


intermediate filament cytoskeleton / dual-specificity kinase / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / protein tyrosine kinase activity / protein phosphorylation / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...intermediate filament cytoskeleton / dual-specificity kinase / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / protein tyrosine kinase activity / protein phosphorylation / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-PQ5 / Dual specificity protein kinase CLK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Benderitter, P. / Hoflack, J. / Denis, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CLK3 in complex with macrocycle ODS2004070
著者: Chaikuad, A. / Benderitter, P. / Hoflack, J. / Denis, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase CLK3
B: Dual specificity protein kinase CLK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,41337
ポリマ－84,6372
非ポリマー2,77635
水16,718928
1
A: Dual specificity protein kinase CLK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,79720
ポリマ－42,3181
非ポリマー1,47819
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity protein kinase CLK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,61617
ポリマ－42,3181
非ポリマー1,29816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.730, 131.360, 83.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

PO4

21B-502-

PO4

31B-928-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 128 - 481 / Label seq-ID: 4 - 357

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK3 / CDC-like kinase 3


分子量: 42318.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P49761, dual-specificity kinase

-
非ポリマー , 5種, 963分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PQ5 / 7,10-Dioxa-13,17,18,21-tetrazatetracyclo[12.5.2.12,6.017,20]docosa-1(20),2(22),3,5,14(21),15,18-heptaene-5-carboxylic acid


分子量: 340.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG 3350, 0.2M potassium/sodium phosphate, 0.1M bis-tris-propane pH 7.0, 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→79.788 Å / Num. all: 104048 / Num. obs: 104048 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.5 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.073 / Net I/av σ(I): 7.5 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 469469
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.794.50.733169001153080.3820.830.733296.5
1.79-1.94.20.4681.657818137310.2530.5360.4682.891.2
1.9-2.034.60.2892.662091134900.1490.3260.2894.695.8
2.03-2.194.70.1764.360387129130.090.1980.1767.298.1
2.19-2.44.60.1226.154374118500.0630.1370.1229.897.8
2.4-2.694.20.0868.442798101900.0460.0990.08612.293.3
2.69-3.14.60.06211.14236892260.0320.070.06217.795.3
3.1-3.84.70.04713.83795980260.0230.0530.0472698.3
3.8-5.384.30.03916.42523358420.020.0440.0393092
5.38-37.95850.0413.71744034720.0190.0450.0430.798.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2eu9

2eu9


解像度: 1.7→37.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.1919 / WRfactor Rwork: 0.1527 / FOM work R set: 0.8556 / SU B: 4.266 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.0879 / SU Rfree: 0.0923 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 5204 5 %RANDOM
Rwork0.1565 ---
obs0.1584 98842 95.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.24 Å2 / Biso mean: 26.552 Å2 / Biso min: 8.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å2-0 Å2-0.84 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→37.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5885 0 195 929 7009
Biso mean--42.01 41.36 -
残基数----715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0136393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8071.6578612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4411.58113642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3315773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.68121.865370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.503151141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5421545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021424
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12044 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 385 -
Rwork0.295 7353 -
all-7738 -
obs--96.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1057-0.01080.1660.1956-0.30241.27220.01980.0594-0.0407-0.01590.01340.01460.12080.1326-0.03330.03170.0352-0.0070.0594-0.02060.020712.728677.26185.0161
20.2520.011-0.05260.21770.03110.14480.0473-0.02680.00640.0457-0.0258-0.01050.04230.0091-0.02150.05770.00710.00470.04430.01230.01043.470582.354729.8344
31.8910.31491.47060.56111.23933.1069-0.2345-0.10290.29160.0419-0.08340.09240.0041-0.23230.31790.10320.0079-0.03490.0706-0.01320.0509-13.434120.38256.6812
40.23670.19860.0710.16890.09020.6489-0.0747-0.00720.0274-0.0668-0.00970.0297-0.1752-0.00060.08430.09230.0022-0.04080.0095-0.01550.04185.195126.69718.3281
50.08890.0481-0.14141.00380.48060.6350.0201-0.088-0.00590.0357-0.0108-0.0872-0.10620.1596-0.00920.0706-0.0209-0.03370.0907-0.00250.026219.2194124.584826.9137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2A322 - 482
3X-RAY DIFFRACTION3B128 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4B217 - 385
5X-RAY DIFFRACTION5B386 - 484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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