[English] 日本語
Yorodumi- PDB-2nxx: Crystal Structure of the Ligand-Binding Domains of the T.castaneu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2nxx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Ligand-Binding Domains of the T.castaneum (Coleoptera) Heterodimer EcrUSP Bound to Ponasterone A | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HORMONE/GROWTH FACTOR / Hormone Receptor / apo and holo Ligand Binding Pocket / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / zinc ion binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Tribolium castaneum (red flour beetle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Iwema, T. / Billas, I. / Moras, D. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2007 Title: Structural and functional characterization of a novel type of ligand-independent RXR-USP receptor. Authors: Iwema, T. / Billas, I.M. / Beck, Y. / Bonneton, F. / Nierengarten, H. / Chaumot, A. / Richards, G. / Laudet, V. / Moras, D. | ||||||
History |
| ||||||
Remark 999 | SEQUENCE THE SEQUENCE OF BOTH ENTITIES WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT SEQUENCE DATABASE AT THE ... SEQUENCE THE SEQUENCE OF BOTH ENTITIES WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT SEQUENCE DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2nxx.cif.gz | 377.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb2nxx.ent.gz | 309.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2nxx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2nxx_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 2nxx_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 2nxx_validation.xml.gz | 79.5 KB | Display | |
Data in CIF | 2nxx_validation.cif.gz | 104.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 26576.934 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Ligand Binding Domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tribolium castaneum (red flour beetle) / Strain: San Bernardino / Gene: Ultraspiracle (USP) / Plasmid: pACYC / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): Bl21(DE3) / References: UniProt: A1JUG2 #2: Protein | Mass: 28879.270 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Ligand Binding Domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tribolium castaneum (red flour beetle) / Strain: San Bernardino / Gene: Ecdysone Receptor (EcR) / Plasmid: pHGWA / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): Bl21(DE3) / References: UniProt: A1JUG3 #3: Chemical | ChemComp-P1A / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.95 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 6% PEG 4000, 50 mM Pipes (pH=6.5), 50 mM NaCl, 10 mM Hepes (pH=7.5), 2 mM TCEP against a reservoir containing 12% PEG 4000, 100 mM Pipes (pH=6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.934 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Sep 17, 2005 |
Radiation | Monochromator: Sagitally focusing Ge(220) and a multilayer / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→50 Å / Num. all: 57329 / Num. obs: 56221 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 60.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 7.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 5654 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 95 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PonA-bound HvEcR/HsRXRa (no H12), BtEcR/BtUSP (no H12) Resolution: 2.75→50 Å / FOM work R set: 0.765 / Cross valid method: Free R / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Bsol: 47.594 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 66.876 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|