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- PDB-6z4d: Crystal Structure of EGFR-T790M/V948R in Complex with Mavelertini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z4d
タイトルCrystal Structure of EGFR-T790M/V948R in Complex with Mavelertinib and EAI001
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / EGFR
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A ...multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / digestive tract morphogenesis / Signaling by EGFR / intracellular vesicle / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / protein tyrosine kinase activator activity / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / embryonic placenta development / salivary gland morphogenesis / Signaling by ERBB2 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / ossification / SHC1 events in ERBB2 signaling / positive regulation of DNA repair / basal plasma membrane / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / Signal transduction by L1 / positive regulation of protein localization to plasma membrane / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to amino acid stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to estradiol stimulus / EGFR downregulation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / cell-cell adhesion / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ERBB2 ECD mutants / negative regulation of protein catabolic process / Signaling by ERBB2 KD Mutants / positive regulation of miRNA transcription / kinase binding / ruffle membrane / Downregulation of ERBB2 signaling / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / cell morphogenesis / neuron differentiation / positive regulation of fibroblast proliferation / HCMV Early Events / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / actin filament binding / cell junction / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / PIP3 activates AKT signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / ATPase binding / virus receptor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / double-stranded DNA binding / protein tyrosine kinase activity / early endosome membrane / protein phosphatase binding / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / learning or memory / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-57N / Chem-8BS / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Niggenaber, J. / Mueller, M.P. / Rauh, D.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchBMBF 01GS08104 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchBMBF 01ZX1303C ドイツ
European Regional Development FundEFRE-800400 ドイツ
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Complex Crystal Structures of EGFR with Third-Generation Kinase Inhibitors and Simultaneously Bound Allosteric Ligands.
著者: Niggenaber, J. / Heyden, L. / Grabe, T. / Muller, M.P. / Lategahn, J. / Rauh, D.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,59210
ポリマ－75,9282
非ポリマー1,6658
水3,135174
1
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5734
ポリマ－37,9641
非ポリマー6103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0196
ポリマ－37,9641
非ポリマー1,0555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.610, 83.900, 89.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37963.910 Da / 分子数: 2 / 変異: T790M, V948R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-8BS / N-[(3R,4R)-4-fluoro-1-{6-[(3-methoxy-1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)amino]-9-methyl-9H-purin-2-yl}pyrrolidin-3-yl]propanamide


分子量: 417.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24FN9O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-57N / (2R)-2-(1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-2-phenyl-N-(1,3-thiazol-2-yl)acetamide


分子量: 349.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 34.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 27.5 % PEG3350, 100 mM MgSO4, 2 % ethylen glycole, 5.0 mg/mL EGFR-T790M/V948R (in 100 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, 10 % glycerol, 1 mM TCEP, pH 8.0) 1 ul reservoir + 1 ul protein solution)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.79 Å / Num. obs: 39566 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.44 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 16.12
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 13.75 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5312 / CC1/2: 0.78 / Rrim(I) all: 1.648 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S8A

6s8a


解像度: 2→47.79 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 1978 5 %
Rwork0.1931 37574 -
obs0.1945 39552 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.88 Å2 / Biso mean: 52.2716 Å2 / Biso min: 27.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4190 0 110 174 4474
Biso mean--57.77 51.77 -
残基数----539
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.050.3751400.313826492789
2.05-2.110.28461390.276826432782
2.11-2.170.28281380.257126222760
2.17-2.240.3051400.239326662806
2.24-2.320.27141390.221126442783
2.32-2.410.28661400.219326772817
2.41-2.520.25081400.225326432783
2.52-2.650.24511400.224126682808
2.65-2.820.25421410.220926722813
2.82-3.040.27331400.220226672807
3.04-3.340.23131430.207727212864
3.34-3.830.18891430.184227102853
3.83-4.820.15521430.147227262869
4.82-47.790.21941520.173828663018
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65170.16330.91731.56750.87852.4227-0.19130.22660.1494-0.22750.16930.2355-0.16440.23540.00730.4994-0.0841-0.00950.4374-0.05330.4489-40.5271-5.367-6.7992
22.35730.2370.27091.63510.95564.5449-0.14330.42970.392-0.17460.04130.0597-0.5641-0.05270.02660.4685-0.0578-0.06170.40060.08050.4198-41.22641.0679-4.0946
31.7009-0.26050.47930.25050.66382.4111-0.09960.0647-0.1620.0609-0.12750.16020.17180.27320.12070.3365-0.00910.05310.29760.00530.4926-41.9052-9.69685.3358
42.53930.1027-0.97741.80510.14281.8409-0.0845-0.0122-0.2080.0892-0.02560.1357-0.0426-0.14410.08490.33320.01730.0220.29840.03840.3875-51.7315-6.560817.2341
52.6598-1.05461.3630.719-0.73062.1606-0.1203-0.3577-0.04290.72840.0144-0.0935-0.0913-0.0522-0.00430.4320.04570.06830.4270.08160.4052-53.8265-5.363529.5315
61.65270.92820.01460.77310.28211.171-0.1599-0.3423-0.47540.6931-0.0252-0.6440.17560.26040.16830.48640.0406-0.03960.48190.15090.5496-41.5711-14.053229.3972
71.14590.15480.3262.0131-0.22471.11560.0978-0.2708-0.58410.8642-0.15070.5577-0.37130.16690.01440.59880.08310.17540.3595-0.1140.6171-22.2062-21.62146.9665
81.21021.3928-0.75083.4912-1.55282.2861-0.75710.4201-0.90480.59050.53080.94380.0626-0.004-0.11690.50080.16210.210.3608-0.12550.6864-23.238-22.96667.5485
92.60571.6231-1.3137.79654.3234.560.206-1.0234-0.46371.21540.2559-0.64170.5979-0.3074-0.33360.97640.08980.04030.4610.10490.5171-18.7967-19.958221.6152
101.7716-0.3127-0.6072.18430.74391.889-0.02680.108-0.0005-0.03970.04790.18280.07640.17-0.02180.3321-0.00390.02040.3445-0.01070.3035-21.3561-4.6267.1966
112.2368-0.42660.55061.8061-0.30131.6701-0.0006-0.0698-0.32180.0245-0.00470.00160.1126-0.0191-0.06540.32780.02020.01290.4512-0.03950.2936-18.9163-3.739910.8189
120.1157-0.0727-0.21270.36420.70971.30580.4349-0.122-0.24750.3574-0.11-0.07690.36160.8772-0.25350.41460.037-0.03140.8116-0.12390.4427-5.0252-3.268516.6339
131.72060.03331.02231.5709-0.71890.9339-0.01580.21250.0849-0.06920.008-0.2008-0.40911.6480.01640.3502-0.08290.04410.7324-0.00260.3276-8.00264.47348.5888
141.7680.3572-0.23942.4303-0.12864.3021-0.0836-0.06750.5190.1178-0.0126-0.0883-0.98950.9429-0.00730.4839-0.23420.04450.4693-0.03250.3949-11.579613.003510.6338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 701 through 731 )A701 - 731
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 732 through 768 )A732 - 768
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 769 through 810 )A769 - 810
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 811 through 940 )A811 - 940
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 941 through 960 )A941 - 960
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 961 through 984 )A961 - 984
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 700 through 732 )B700 - 732
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 733 through 752 )B733 - 752
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 753 through 768 )B753 - 768
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 769 through 830 )B769 - 830
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 831 through 853 )B831 - 853
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 854 through 892 )B854 - 892
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 893 through 919 )B893 - 919
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 920 through 984 )B920 - 984

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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