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- PDB-6z3x: Crystal structure of the designed antibody DesAb-anti-HSA-P1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z3x
タイトルCrystal structure of the designed antibody DesAb-anti-HSA-P1
要素DesAb-anti-HSA-P1
キーワードIMMUNE SYSTEM / protein design / artificial antibody / specific interaction
機能・相同性CACODYLATE ION / IMIDAZOLE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Costanzi, E. / Sormanni, P. / Ricagno, S.
引用ジャーナル: Sci Adv / : 2022
タイトル: Fragment-based computational design of antibodies targeting structured epitopes.
著者: Aguilar Rangel, M. / Bedwell, A. / Costanzi, E. / Taylor, R.J. / Russo, R. / Bernardes, G.J.L. / Ricagno, S. / Frydman, J. / Vendruscolo, M. / Sormanni, P.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DesAb-anti-HSA-P1
B: DesAb-anti-HSA-P1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,98110
ポリマ-30,0672
非ポリマー9148
2,450136
1
A: DesAb-anti-HSA-P1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1702
ポリマ-15,0341
非ポリマー1371
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DesAb-anti-HSA-P1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8118
ポリマ-15,0341
非ポリマー7777
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.718, 52.411, 99.176
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEU(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...AA2 - 212 - 21
12CYSCYSPHEPHE(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...AA23 - 2823 - 28
13ILEILEGLNGLN(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...AA30 - 4030 - 40
14LYSLYSTYRTYR(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...AA44 - 9644 - 96
15ALAALAILEILE(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...AA98 - 10298 - 102
16LEULEUSERSER(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...AA113 - 128113 - 128
27GLUGLULEULEU(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...BB2 - 212 - 21
28CYSCYSPHEPHE(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...BB23 - 2823 - 28
29ILEILEGLNGLN(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...BB30 - 4030 - 40
210LYSLYSTYRTYR(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...BB44 - 9644 - 96
211ALAALAILEILE(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...BB98 - 10298 - 102
212LEULEUSERSER(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...BB113 - 128113 - 128

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要素

#1: 抗体 DesAb-anti-HSA-P1


分子量: 15033.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6AsO2
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium cacodylate ph 6.5, 27% PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→46.34 Å / Num. obs: 45160 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 22.12 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.776 / Num. unique obs: 2432 / CC1/2: 0.915

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PHENIX1.17_3644精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B9V
解像度: 1.74→46.34 Å / SU ML: 0.2058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.9832
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 2104 5.01 %
Rwork0.1925 39898 -
obs0.1939 42002 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→46.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1826 0 36 136 1998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00951938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04892639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.5452286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3278672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.780.32761080.33782736X-RAY DIFFRACTION99.75
1.78-1.830.32511210.3212640X-RAY DIFFRACTION99.53
1.83-1.870.31471380.27512683X-RAY DIFFRACTION99.86
1.87-1.930.32121550.23822636X-RAY DIFFRACTION99.54
1.93-1.990.20651470.20872622X-RAY DIFFRACTION99.75
1.99-2.060.24731370.19892683X-RAY DIFFRACTION99.65
2.06-2.150.22741670.19712642X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.240.25671260.18952663X-RAY DIFFRACTION99.96
2.24-2.360.23441490.1952654X-RAY DIFFRACTION99.93
2.36-2.510.21531510.18282653X-RAY DIFFRACTION99.93
2.51-2.70.24251450.19162657X-RAY DIFFRACTION99.93
2.7-2.970.2161300.16952660X-RAY DIFFRACTION99.82
2.98-3.410.16581450.1662671X-RAY DIFFRACTION100
3.41-4.290.19891670.15642630X-RAY DIFFRACTION100
4.29-46.340.2061180.1982668X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.812167942351.37893088269-0.4363298584441.698391838710.1466956946670.848747957892-0.1433367099010.326525055077-0.109872998622-0.1955018006720.202689866399-0.03886626212280.0263045737279-0.00747469769315-0.0325369720030.199545393185-0.00969356526260.0005616913322950.246926165922-0.02444060520890.230737072523-14.18842700597.15928141536-42.654772207
23.798242984010.8562517292140.2767003047271.429670161860.2309135932311.40463418288-0.01305766855980.13745202290.118562307408-0.0301957619373-0.02302989660390.0952392073174-0.151343876947-0.02123477448940.02670922005490.2022829373520.0178927305509-0.01183950090640.1928001017260.005623707250420.175266407798-14.263752333812.9727960818-34.0702237802
30.00591260986193-0.007294778777520.003066113739850.00822063092160.003856398835780.0681070763241-0.043089688383-0.06503069385660.13650557687-0.0204086730515-0.0714195599557-0.118733822919-0.1392954050620.0631645543575-2.15767570478E-61.501941062030.167496324244-0.379739152330.709965859727-0.1014518405540.736091681388.1156331081911.7369591933-25.3060057355
41.902435263861.66976607143-1.07545358712.96260622349-0.1894256282883.18144359222-0.4162357635850.888571450103-0.860142343939-0.2265482138920.359521461571-0.5180249752310.02232392440970.9229291962460.1606016986220.295291168351-0.03204701143740.02852761183260.501077711391-0.07945449809090.3141614377423.303853410783.87628866759-19.6671438196
52.70341197841-1.01554115802-2.50046766753.177749098021.411926623448.223262809650.179433514718-0.398562088671-0.307418197634-0.2191651044570.153165670630.196712083198-0.00758405826831-1.15350086637-0.1743183817190.188562753343-0.0430152970272-0.01711669490070.3225753727380.01332375271520.303654208735-19.87165785966.9365606701-15.4948793758
62.15083622027-2.139550151610.5249314832852.63855855130.4068938597921.75779288465-0.0624204037714-0.0237350803493-0.502337559512-0.06740838819180.1642453882580.1127166699990.1994949917120.253621943815-0.01305447721760.2195528774620.01009673446110.01384071304030.190694524074-0.005380345681050.203501303723-0.5897732280132.78144601597-13.1629387264
75.40616267058-2.63141677892.871945098183.52060896016-1.140188082562.77571056503-0.02069512945810.2712241890770.0227887328710.1890801654610.00872709379589-0.133112679173-0.163505654930.4173031171270.04078642839070.218844653222-0.0195201860932-0.02088430557280.265246455394-0.002078670628850.2064781193691.3851100718310.4902888956-10.7152239654
82.08789239037-0.4583179074742.90959873832.47599496325-1.957113067536.988994403430.03965790038060.1879397671490.0434966222665-0.1012481948960.08554255520060.604993535257-0.5936911824440.32111886174-0.001648758204170.293170197889-0.0107287906817-0.05330722290410.2053596706680.006272441925430.28183625485-5.5928957256517.6596938881-13.8476561377
97.8294825086-4.68682529382.086297797333.19142334058-0.7417086182611.38753792065-0.3537778341770.03837036379850.08332201896340.5468553438950.183946963342-0.168308477163-0.0875197333144-0.06466670407540.1462604959990.2536713865840.00149984767704-0.03242155075880.3017691708180.0275190580390.217258690780.79808751674210.6477426653-0.81862404944
102.02139975032-1.7478676804-0.5010873652843.54522127443-0.03111660105141.21990658483-0.0973701083562-0.148376787153-0.1765513189940.5098840319580.1315581704820.06136108616550.037058244722-0.0318563648751-0.006539644512480.263944744120.03582537982010.008178555149920.2372202295780.008797668493070.225898716133-6.643345359668.71341491496-5.2669246605
112.77352879005-0.9626896263780.1702527476871.25059600862-0.1110129720752.232373948780.029479719683-0.147640513504-0.2123413826860.112448719003-0.03399889899820.0649034244545-0.142022611416-0.00917626997970.05895667152530.197710651651-0.0139716453574-0.006053336756460.167614020275-0.0152742704040.158953229811-8.2027461409710.1992435246-12.7447259103
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144.441073762510.07582406950360.4984147545160.781264581051-0.2711042388631.22924748659-0.003516151375950.389365389904-0.2354953705170.07838974826960.03720361050540.03571704773970.1024121291890.024700977107-0.03395671147790.1970707651850.0136119953312-0.02096557461980.218083772428-0.0277284393310.233920603151-15.99903525424.61780927383-36.4655111975
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166.978503819243.618332328555.836523031774.381993464963.191596380944.97528255827-0.1599113847950.3866519978870.0985967736693-0.2123556433960.08706132158420.0585954841824-0.3277021023530.06226045608340.2088771304880.2157088581060.010143212859-0.006370597498860.2797825767760.03200367000050.167759143572-18.815305222913.5622862287-44.7527874151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 62 through 84 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 85 through 128 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 129 through 131 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 2 through 8 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 9 through 18 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 19 through 29 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 30 through 40 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 41 through 53 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 54 through 61 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 62 through 77 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 78 through 101 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 102 through 128 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 8 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 9 through 33 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 34 through 45 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 46 through 61 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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