PDB-6z3x: Crystal structure of the designed antibody DesAb-anti-HSA-P1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z3x

タイトル

Crystal structure of the designed antibody DesAb-anti-HSA-P1

要素

DesAb-anti-HSA-P1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / protein design / artificial antibody / specific interaction

機能・相同性

CACODYLATE ION / IMIDAZOLE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Costanzi, E. / Sormanni, P. / Ricagno, S.

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Fragment-based computational design of antibodies targeting structured epitopes.
著者: Aguilar Rangel, M. / Bedwell, A. / Costanzi, E. / Taylor, R.J. / Russo, R. / Bernardes, G.J.L. / Ricagno, S. / Frydman, J. / Vendruscolo, M. / Sormanni, P.

履歴

登録	2020年5月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6z3x.ent.gz	87.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6z3x_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z3x_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
XML形式データ	6z3x_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	6z3x_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3b9vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7lvu-3 1f2x-2 6dba-2 3qxw-2 3qxw-1 3qxv-5 7lvu-1 7lvu-4 3dj3-4 4zg1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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類似性 (1)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DesAb-anti-HSA-P1

B: DesAb-anti-HSA-P1

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
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1

A: DesAb-anti-HSA-P1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DesAb-anti-HSA-P1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	40.718, 52.411, 99.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...	A	A	2 - 21	2 - 21
1	2	CYS	CYS	PHE	PHE	(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...	A	A	23 - 28	23 - 28
1	3	ILE	ILE	GLN	GLN	(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...	A	A	30 - 40	30 - 40
1	4	LYS	LYS	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...	A	A	44 - 96	44 - 96
1	5	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...	A	A	98 - 102	98 - 102
1	6	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'A' and (resid 2 through 21 or resid 23...	A	A	113 - 128	113 - 128
2	7	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...	B	B	2 - 21	2 - 21
2	8	CYS	CYS	PHE	PHE	(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...	B	B	23 - 28	23 - 28
2	9	ILE	ILE	GLN	GLN	(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...	B	B	30 - 40	30 - 40
2	10	LYS	LYS	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...	B	B	44 - 96	44 - 96
2	11	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...	B	B	98 - 102	98 - 102
2	12	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'B' and (resid 2 through 21 or resid 23...	B	B	113 - 128	113 - 128

#1: 抗体	DesAb-anti-HSA-P1 分子量: 15033.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium cacodylate ph 6.5, 27% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→46.34 Å / Num. obs: 45160 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.12 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / R_merge(I) obs: 0.776 / Num. unique obs: 2432 / CC_1/2: 0.915

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
PHENIX	1.17_3644	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B9V

3b9v

解像度: 1.74→46.34 Å / SU ML: 0.2058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.9832
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	2104	5.01 %
R_work	0.1925	39898	-
obs	0.1939	42002	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→46.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1826	0	36	136	1998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	1938
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0489	2639
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.5452	286
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	338
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.3278	672

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.78	0.3276	108	0.3378	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.78-1.83	0.3251	121	0.321	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.83-1.87	0.3147	138	0.2751	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.87-1.93	0.3212	155	0.2382	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.93-1.99	0.2065	147	0.2087	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.99-2.06	0.2473	137	0.1989	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.06-2.15	0.2274	167	0.1971	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.24	0.2567	126	0.1895	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.24-2.36	0.2344	149	0.195	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.36-2.51	0.2153	151	0.1828	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.51-2.7	0.2425	145	0.1916	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.7-2.97	0.216	130	0.1695	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.98-3.41	0.1658	145	0.166	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-4.29	0.1989	167	0.1564	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-46.34	0.206	118	0.198	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.81216794235	1.37893088269	-0.436329858444	1.69839183871	0.146695694667	0.848747957892	-0.143336709901	0.326525055077	-0.109872998622	-0.195501800672	0.202689866399	-0.0388662621228	0.0263045737279	-0.00747469769315	-0.032536972003	0.199545393185	-0.0096935652626	0.000561691332295	0.246926165922	-0.0244406052089	0.230737072523	-14.1884270059	7.15928141536	-42.654772207
2	3.79824298401	0.856251729214	0.276700304727	1.42967016186	0.230913593231	1.40463418288	-0.0130576685598	0.1374520229	0.118562307408	-0.0301957619373	-0.0230298966039	0.0952392073174	-0.151343876947	-0.0212347744894	0.0267092200549	0.202282937352	0.0178927305509	-0.0118395009064	0.192800101726	0.00562370725042	0.175266407798	-14.2637523338	12.9727960818	-34.0702237802
3	0.00591260986193	-0.00729477877752	0.00306611373985	0.0082206309216	0.00385639883578	0.0681070763241	-0.043089688383	-0.0650306938566	0.13650557687	-0.0204086730515	-0.0714195599557	-0.118733822919	-0.139295405062	0.0631645543575	-2.15767570478E-6	1.50194106203	0.167496324244	-0.37973915233	0.709965859727	-0.101451840554	0.73609168138	8.11563310819	11.7369591933	-25.3060057355
4	1.90243526386	1.66976607143	-1.0754535871	2.96260622349	-0.189425628288	3.18144359222	-0.416235763585	0.888571450103	-0.860142343939	-0.226548213892	0.359521461571	-0.518024975231	0.0223239244097	0.922929196246	0.160601698622	0.295291168351	-0.0320470114374	0.0285276118326	0.501077711391	-0.0794544980909	0.314161437742	3.30385341078	3.87628866759	-19.6671438196
5	2.70341197841	-1.01554115802	-2.5004676675	3.17774909802	1.41192662344	8.22326280965	0.179433514718	-0.398562088671	-0.307418197634	-0.219165104457	0.15316567063	0.196712083198	-0.00758405826831	-1.15350086637	-0.174318381719	0.188562753343	-0.0430152970272	-0.0171166949007	0.322575372738	0.0133237527152	0.303654208735	-19.8716578596	6.9365606701	-15.4948793758
6	2.15083622027	-2.13955015161	0.524931483285	2.6385585513	0.406893859792	1.75779288465	-0.0624204037714	-0.0237350803493	-0.502337559512	-0.0674083881918	0.164245388258	0.112716669999	0.199494991712	0.253621943815	-0.0130544772176	0.219552877462	0.0100967344611	0.0138407130403	0.190694524074	-0.00538034568105	0.203501303723	-0.589773228013	2.78144601597	-13.1629387264
7	5.40616267058	-2.6314167789	2.87194509818	3.52060896016	-1.14018808256	2.77571056503	-0.0206951294581	0.271224189077	0.022788732871	0.189080165461	0.00872709379589	-0.133112679173	-0.16350565493	0.417303117127	0.0407864283907	0.218844653222	-0.0195201860932	-0.0208843055728	0.265246455394	-0.00207867062885	0.206478119369	1.38511007183	10.4902888956	-10.7152239654
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9	7.8294825086	-4.6868252938	2.08629779733	3.19142334058	-0.741708618261	1.38753792065	-0.353777834177	0.0383703637985	0.0833220189634	0.546855343895	0.183946963342	-0.168308477163	-0.0875197333144	-0.0646667040754	0.146260495999	0.253671386584	0.00149984767704	-0.0324215507588	0.301769170818	0.027519058039	0.21725869078	0.798087516742	10.6477426653	-0.81862404944
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15	2.28811524075	0.708156213229	0.0543125409798	3.09913606791	0.699811522679	2.45163416673	0.059966221954	0.133571235552	0.236644376218	0.342135785464	0.0102908114341	-0.131202948064	-0.307258697657	0.0538963479452	-0.105630262437	0.2702555228	0.0143943230378	-0.0446768834476	0.218888652254	0.000725526832261	0.26367764155	-14.180929349	16.1356867281	-33.8480905421
16	6.97850381924	3.61833232855	5.83652303177	4.38199346496	3.19159638094	4.97528255827	-0.159911384795	0.386651997887	0.0985967736693	-0.212355643396	0.0870613215842	0.0585954841824	-0.327702102353	0.0622604560834	0.208877130488	0.215708858106	0.010143212859	-0.00637059749886	0.279782576776	0.0320036700005	0.167759143572	-18.8153052229	13.5622862287	-44.7527874151

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 62 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 85 through 128 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 129 through 131 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 2 through 8 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 9 through 18 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 19 through 29 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 30 through 40 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 41 through 53 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 54 through 61 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 62 through 77 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 78 through 101 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 102 through 128 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1 through 8 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 9 through 33 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 34 through 45 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 46 through 61 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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