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- PDB-6z3u: Structure of the CAK complex form Chaetomium thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z3u
タイトルStructure of the CAK complex form Chaetomium thermophilum
要素
  • CYCLIN domain-containing protein
  • Protein kinase domain-containing protein
  • RING-type domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / CAK complex / Kinase / TFIIK / cell cycle / trnascription / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFIIK complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity ...transcription factor TFIIK complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / nucleotide-excision repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / Protein kinase domain-containing protein / Cyclin-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Peissert, S. / Kuper, J. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for CDK7 activation by MAT1 and Cyclin H.
著者: Peissert, S. / Schlosser, A. / Kendel, R. / Kuper, J. / Kisker, C.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN domain-containing protein
B: Protein kinase domain-containing protein
C: RING-type domain-containing protein
D: CYCLIN domain-containing protein
E: Protein kinase domain-containing protein
F: RING-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,0547
ポリマ－208,0186
非ポリマー351
水37821
1
A: CYCLIN domain-containing protein
B: Protein kinase domain-containing protein
C: RING-type domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0093
ポリマ－104,0093
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8590 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30240 Å2
手法PISA
2
D: CYCLIN domain-containing protein
E: Protein kinase domain-containing protein
F: RING-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0444
ポリマ－104,0093
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area30500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.436, 85.240, 160.401
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.931, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "D" and (resid 5 through 262 or resid 312 through 390))
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2(chain "E" and resid 78 through 399)
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3(chain "F" and resid 273 through 338)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILEGLYA1 - 312
d_21ens_1ILETYRD2 - 234
d_22ens_1SERGLYD236 - 314
d_11ens_2PROSERB1 - 322
d_21ens_2PROSERE2 - 323
d_11ens_3ASPGLYC1 - 66
d_21ens_3ASPGLYF2 - 67

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

-
要素

#1: タンパク質 CYCLIN domain-containing protein


分子量: 46931.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0069020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SH78
#2: タンパク質 Protein kinase domain-containing protein


分子量: 49133.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0061570
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G0SFC6
#3: タンパク質 RING-type domain-containing protein


分子量: 7944.815 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0060790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SF48
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0-8.0, 0.2 M sodium formate, 15-22% PEG 3350.
PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→75.9 Å / Num. obs: 33808 / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.25 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.314 / Rpim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.604→2.816 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.776 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1690 / CC1/2: 0.249 / Rpim(I) all: 1.164 / % possible all: 64.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.18rc4_3812精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ua2

1ua2


解像度: 2.6→75.87 Å / SU ML: 0.2901 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.8692
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1653 4.89 %
Rwork0.2027 32121 -
obs0.205 33774 50.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→75.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11376 0 1 21 11398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002511651
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.507415740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03781667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00342042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.15224421
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.572901775633
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.751849955081
ens_3d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.495517563851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.680.4346210.3104526X-RAY DIFFRACTION9.86
2.68-2.770.3344350.3444651X-RAY DIFFRACTION12.44
2.77-2.870.3744470.3108957X-RAY DIFFRACTION18.04
2.87-2.980.3546780.28811292X-RAY DIFFRACTION24.79
2.98-3.120.3681710.28671686X-RAY DIFFRACTION31.45
3.12-3.280.26661080.27662042X-RAY DIFFRACTION38.6
3.28-3.490.31581240.24792515X-RAY DIFFRACTION47.68
3.49-3.760.28531830.21993215X-RAY DIFFRACTION61.12
3.76-4.130.23091990.18654110X-RAY DIFFRACTION76.97
4.13-4.730.21352440.16644602X-RAY DIFFRACTION86.14
4.73-5.960.2312680.19595081X-RAY DIFFRACTION95.36
5.96-75.870.22542750.17975444X-RAY DIFFRACTION99.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.601178103820.4107484496250.6943312697684.221492255950.9206380435721.95313221098-0.0885921668432-1.10657651498-0.2560397557170.295178752601-0.0856562274664-0.0773283676074-0.2707206564960.3314762549920.1623209245850.7003231272430.09514172948340.2007812705280.716154538775-0.05774636207530.35731402069765.620890202819.362417113722.4327424277
28.294202679936.620932770686.776807310625.285981707565.412164774675.544265772480.599941586810.027096568004-1.31890682154-0.07635766305660.433720471302-1.473911482070.4320250754580.915740825613-0.855024456160.5253803377120.08342859088320.03669072775550.786167733798-0.07619257718830.61549158177967.94123779610.4098332891493.83763461711
32.54191457533-0.246162870718-0.3557236015261.745803866110.3125953107971.158627281130.03903213813050.10327875101-0.133217424035-0.5329415066120.238948215794-0.3784922111920.1581468708970.773498214888-0.1343039340870.57337712897-0.003622158062690.2370202468220.549959487255-0.1106399466790.27525021328460.121925110714.2674327898-0.6654673269
42.93327059592-0.624014292792-0.5677767818223.36206667528-0.3816840766640.2544096362360.19091317140.610121102443-0.102982210148-0.43864812389-0.251994471340.2862017071060.1844773042850.353934691042-0.1455010243070.590504854254-0.03517931962090.2519975305420.414386592368-0.1636935047960.24103221386849.235227918916.83767216712.88932199743
54.33065664771-1.289051074830.6185085350290.449943119679-0.04100279065610.3996367401610.153362771686-0.3659805878690.940253333689-0.594028916835-0.0321320411279-0.46120139189-0.7708238321610.471834248482-0.4718988152720.972492975064-0.4215146192990.3765090041210.778739717635-0.2012889299970.57557933817968.815551298241.844589424611.7538473438
62.139693855950.4513968020080.6363062196962.898841966311.976863433982.428192712170.1707513054630.513307115784-0.211410945873-0.3267724043120.0272837232075-0.795858613853-0.6049216757470.726877956184-0.1696386972030.365429410999-0.2200735370150.04184642736170.818907438629-0.07810255664340.41869059272270.762651087327.17038651299.54623108128
71.00690337558-0.926160370791-0.7275463800651.25759329596-0.2173610786142.51034949324-0.12135109382-0.2311621103210.297824899603-0.1480770280360.180495125574-0.746787953221-0.337510661371.07433611721-0.297620309010.495725172667-0.2793694403030.2279361217621.03662783094-0.2691005618430.73896388302676.07547981328.69776111427.36050432832
81.105045844810.2295310775331.755029284694.972014303771.283061145092.957941737-0.2111820586880.326670874887-0.425818259477-0.2096548932550.0174975863534-0.2291044414380.9792613620750.5303223797730.03347964771150.846449653884-0.01227306122720.2887113394550.593701834219-0.2346311193810.51416771352861.19283167533.335411432-9.44308189387
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107.17536651517-0.440679715029-3.144049655632.327859341810.241772250776.56817939057-0.5766288646630.383690464213-1.25493408536-0.1574780365240.135606956378-0.05150987454181.766294671120.09070679372190.3579196995340.9899569433330.01807161072770.05877885750450.336690036396-0.07026033999810.50851734338546.65618518051.0266934336722.6870639061
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 24 )AA5 - 241 - 20
22chain 'A' and (resid 25 through 47 )AA25 - 4721 - 43
33chain 'A' and (resid 48 through 147 )AA48 - 14744 - 118
44chain 'A' and (resid 148 through 188 )AA148 - 188119 - 159
55chain 'A' and (resid 189 through 221 )AA189 - 221160 - 192
66chain 'A' and (resid 222 through 248 )AA222 - 248193 - 219
77chain 'A' and (resid 249 through 350 )AA249 - 350220 - 272
88chain 'A' and (resid 351 through 367 )AA351 - 367273 - 289
99chain 'A' and (resid 368 through 390 )AA368 - 390290 - 312
1010chain 'B' and (resid 78 through 124 )BB78 - 1241 - 47
1111chain 'B' and (resid 125 through 233 )BB125 - 23348 - 156
1212chain 'B' and (resid 234 through 399 )BB234 - 399157 - 322
1313chain 'C' and (resid 273 through 282 )CC273 - 2821 - 10
1414chain 'C' and (resid 283 through 338 )CC283 - 33811 - 66
1515chain 'D' and (resid 4 through 48 )DD4 - 481 - 45
1616chain 'D' and (resid 49 through 188 )DD49 - 18846 - 160
1717chain 'D' and (resid 189 through 332 )DD189 - 332161 - 256
1818chain 'D' and (resid 333 through 367 )DD333 - 367257 - 291
1919chain 'D' and (resid 368 through 390 )DD368 - 390292 - 314
2020chain 'E' and (resid 77 through 172 )EE77 - 1721 - 96
2121chain 'E' and (resid 173 through 399 )EE173 - 39997 - 323
2222chain 'F' and (resid 272 through 281 )FF272 - 2811 - 10
2323chain 'F' and (resid 282 through 286 )FF282 - 28611 - 15
2424chain 'F' and (resid 287 through 293 )FF287 - 29316 - 22
2525chain 'F' and (resid 294 through 311 )FF294 - 31123 - 40
2626chain 'F' and (resid 312 through 324 )FF312 - 32441 - 53
2727chain 'F' and (resid 325 through 338 )FF325 - 33854 - 67

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万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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